Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0023_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0023_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0023_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0023_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TAGCGGACAGCAGGTA-P0023_2, TGCTGGATCCGGTATG-P0023_2, TTCGGTACAACGTGCT-P0023_2, TAGACCAGTTTAGTCC-P0023_2, CAACAATGTTAATGAC-P0023_2 (top 5 of 3359 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
165,608,675
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 165608675
chr1 12887320
chr2 10830281
chr3 7468405
chr4 8883103
chr5 14102155
chr6 8282293
chr7 10948862
chr8 6496371
chr9 8282571
chr10 9175613
chr11 8903547
chr12 8988291
chr13 6325692
chr14 6443428
chr15 6541280
chr16 4755401
chr17 3544258
chr18 3146777
chr19 3511791
chr20 3324548
chr21 2361516
chr22 7090195
chrUn_NW_026528016v1 27
chrUn_NW_026528017v1 373
chrUn_NW_026528021v1 596
chrUn_NW_026528026v1 426
chrUn_NW_026528029v1 432
chrUn_NW_026528038v1 373
chrUn_NW_026528039v1 808
chrUn_NW_026528065v1 294
chrUn_NW_026528075v1 151
chrUn_NW_026528103v1 26
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 65
chrUn_NW_026528140v1 459
chrUn_NW_026528210v1 81
chrUn_NW_026528215v1 289
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 12
chrUn_NW_026528219v1 26
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 16
chrUn_NW_026528225v1 62
chrUn_NW_026528226v1 92
chrUn_NW_026528228v1 140
chrUn_NW_026528230v1 283
chrUn_NW_026528232v1 1472
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 692
chrUn_NW_026528285v1 38
chrUn_NW_026528292v1 13
chrUn_NW_026528295v1 161
chrUn_NW_026528296v1 11439
chrUn_NW_026528310v1 109
chrUn_NW_026528320v1 28
chrUn_NW_026528327v1 19
chrUn_NW_026528332v1 13
chrUn_NW_026528335v1 16
chrUn_NW_026528338v1 30
chrUn_NW_026528339v1 46
chrUn_NW_026528345v1 10
chrUn_NW_026528347v1 13
chrUn_NW_026528350v1 27
chrUn_NW_026528353v1 35
chrUn_NW_026528356v1 32
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 181
chrUn_NW_026528370v1 163
chrUn_NW_026528371v1 894
chrUn_NW_026528372v1 314
chrUn_NW_026528373v1 700
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 13
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 33
chrUn_NW_026528385v1 55
chrUn_NW_026528390v1 39
chrUn_NW_026528393v1 17
chrUn_NW_026528396v1 10
chrUn_NW_026528397v1 5
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 11
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 10
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 10
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 48
chrUn_NW_026528431v1 195
chrUn_NW_026528432v1 616
chrUn_NW_026528433v1 3411
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 408
chrUn_NW_026528558v1 1468
chrUn_NW_026528559v1 87
chrUn_NW_026528561v1 390
chrUn_NW_026528588v1 37
chrUn_NW_026528589v1 30
chrUn_NW_026528590v1 1724
chrUn_NW_026528596v1 1853
chrUn_NW_026528609v1 27
chrUn_NW_026528611v1 7
chrUn_NW_026528615v1 22
chrUn_NW_026528621v1 54
chrUn_NW_026528631v1 369
chrUn_NW_026528634v1 263
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 20
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 15
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 16
chrUn_NW_026528708v1 8
chrUn_NW_026528719v1 480
chrUn_NW_026528737v1 68
chrUn_NW_026528739v1 51
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 16
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 98
chrUn_NW_026528772v1 19
chrUn_NW_026528775v1 26
chrUn_NW_026528777v1 10
chrUn_NW_026528784v1 14
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 28
chrUn_NW_026528788v1 8
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 112
chrUn_NW_026528795v1 62
chrUn_NW_026528796v1 129
chrUn_NW_026528797v1 2197
chrUn_NW_026528798v1 1294
chrUn_NW_026528799v1 371
chrUn_NW_026528880v1 38
chrUn_NW_026528882v1 12
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 9
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 116
chrUn_NW_026528888v1 23
chrUn_NW_026528889v1 23
chrUn_NW_026528891v1 59
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 756
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 24
chrUn_NW_026528900v1 247
chrUn_NW_026528902v1 237
chrUn_NW_026528903v1 909
chrUn_NW_026528917v1 179
chrUn_NW_026528926v1 66
chrUn_NW_026528928v1 669
chrUn_NW_026528937v1 74
chrUn_NW_026528938v1 14
chrUn_NW_026528950v1 15
chrUn_NW_026528952v1 11
chrUn_NW_026528957v1 858
chrUn_NW_026528960v1 587
chrUn_NW_026528975v1 99
chrUn_NW_026528984v1 61
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 18
chrUn_NW_026528988v1 127
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 19
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 30
chrUn_NW_026529007v1 393
chrUn_NW_026529008v1 3655
chrUn_NW_026529013v1 44
chrUn_NW_026529015v1 106
chrUn_NW_026529016v1 846
chrUn_NW_026529060v1 1626
chrUn_NW_026529081v1 392
chrUn_NW_026529085v1 1310
chrX 3166947
chrX_NW_026527892v1_random 273
chrX_NW_026527894v1_random 518
chrX_NW_026527897v1_random 89
chrY 67372
chrY_NW_026527906v1_random 20
chrY_NW_026527909v1_random 56
chrY_NW_026527911v1_random 313
chrY_NW_026527913v1_random 351
chrY_NW_026527914v1_random 294
chrY_NW_026527915v1_random 17
chrY_NW_026527916v1_random 111
chrY_NW_026527918v1_random 72
chrY_NW_026527919v1_random 322
chrY_NW_026527927v1_random 39
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 87
chrY_NW_026527938v1_random 326
chrY_NW_026527939v1_random 9
chrY_NW_026527942v1_random 598
chrY_NW_026527945v1_random 20
chrY_NW_026527948v1_random 71
chrY_NW_026527949v1_random 146
chrY_NW_026527950v1_random 1023
chrY_NW_026527951v1_random 154
chrY_NW_026527955v1_random 209
chrY_NW_026527956v1_random 1844
chrY_NW_026527958v1_random 1002
chrY_NW_026527960v1_random 89
chrY_NW_026527961v1_random 357
chrY_NW_026527966v1_random 18340
chrY_NW_026527967v1_random 319
chrY_NW_026527968v1_random 1764
chrY_NW_026527969v1_random 118
chrY_NW_026527974v1_random 86
chrY_NW_026527980v1_random 66

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 165608675 1 5035 159.8 120
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0023_2.gz 1.49 GB 3bb93b536f8cbc9a42b874b567174991
P0023_2.gz.tbi 900.51 KB 9ad0bb7ce839a9f08dcdb5e7dd3527c9
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 88d9ea853b5243be876d56499860984f
statistics/