Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0023_3.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0023_3.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0023_3.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0023_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTGCATTAGGACAACA-P0023_3, GAGGCAAGTTGTTGCT-P0023_3, GAGTGATCATCACAGC-P0023_3, TAGTAGGAGTATCGCG-P0023_3, AAGCGCTGTTAGAGCC-P0023_3 (top 5 of 6006 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
202,899,191
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 202899191
chr1 16083918
chr2 13050558
chr3 9126128
chr4 11086886
chr5 17141768
chr6 9780684
chr7 13383987
chr8 7893015
chr9 10112679
chr10 11308923
chr11 11226261
chr12 10900670
chr13 7647727
chr14 7936002
chr15 7929862
chr16 5726084
chr17 4415512
chr18 3915862
chr19 4391868
chr20 4052219
chr21 2823007
chr22 9068223
chrUn_NW_026528016v1 24
chrUn_NW_026528017v1 223
chrUn_NW_026528021v1 702
chrUn_NW_026528026v1 256
chrUn_NW_026528029v1 429
chrUn_NW_026528038v1 418
chrUn_NW_026528039v1 687
chrUn_NW_026528065v1 247
chrUn_NW_026528075v1 98
chrUn_NW_026528103v1 29
chrUn_NW_026528123v1 5
chrUn_NW_026528125v1 48
chrUn_NW_026528140v1 630
chrUn_NW_026528210v1 65
chrUn_NW_026528215v1 231
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 11
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 62
chrUn_NW_026528226v1 139
chrUn_NW_026528228v1 108
chrUn_NW_026528230v1 177
chrUn_NW_026528232v1 1704
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 852
chrUn_NW_026528285v1 36
chrUn_NW_026528292v1 8
chrUn_NW_026528295v1 67
chrUn_NW_026528296v1 14947
chrUn_NW_026528310v1 87
chrUn_NW_026528320v1 35
chrUn_NW_026528327v1 29
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 14
chrUn_NW_026528338v1 14
chrUn_NW_026528339v1 18
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 14
chrUn_NW_026528353v1 25
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 142
chrUn_NW_026528370v1 217
chrUn_NW_026528371v1 1100
chrUn_NW_026528372v1 279
chrUn_NW_026528373v1 523
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 29
chrUn_NW_026528385v1 38
chrUn_NW_026528390v1 26
chrUn_NW_026528393v1 23
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 6
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 6
chrUn_NW_026528412v1 5
chrUn_NW_026528413v1 14
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 49
chrUn_NW_026528431v1 155
chrUn_NW_026528432v1 434
chrUn_NW_026528433v1 5591
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 221
chrUn_NW_026528558v1 891
chrUn_NW_026528559v1 75
chrUn_NW_026528561v1 378
chrUn_NW_026528588v1 19
chrUn_NW_026528589v1 27
chrUn_NW_026528590v1 1179
chrUn_NW_026528596v1 1360
chrUn_NW_026528609v1 37
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 53
chrUn_NW_026528631v1 495
chrUn_NW_026528634v1 144
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 17
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 9
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 279
chrUn_NW_026528737v1 107
chrUn_NW_026528739v1 23
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 60
chrUn_NW_026528772v1 8
chrUn_NW_026528775v1 16
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 11
chrUn_NW_026528785v1 8
chrUn_NW_026528786v1 14
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 74
chrUn_NW_026528795v1 55
chrUn_NW_026528796v1 130
chrUn_NW_026528797v1 2356
chrUn_NW_026528798v1 1778
chrUn_NW_026528799v1 495
chrUn_NW_026528880v1 43
chrUn_NW_026528882v1 12
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 7
chrUn_NW_026528887v1 103
chrUn_NW_026528888v1 33
chrUn_NW_026528889v1 19
chrUn_NW_026528891v1 33
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 475
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 14
chrUn_NW_026528900v1 197
chrUn_NW_026528902v1 153
chrUn_NW_026528903v1 753
chrUn_NW_026528917v1 178
chrUn_NW_026528926v1 41
chrUn_NW_026528928v1 436
chrUn_NW_026528937v1 46
chrUn_NW_026528938v1 12
chrUn_NW_026528950v1 8
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 536
chrUn_NW_026528960v1 816
chrUn_NW_026528975v1 88
chrUn_NW_026528984v1 64
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 11
chrUn_NW_026528988v1 82
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 16
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 26
chrUn_NW_026529007v1 562
chrUn_NW_026529008v1 3910
chrUn_NW_026529013v1 24
chrUn_NW_026529015v1 62
chrUn_NW_026529016v1 488
chrUn_NW_026529060v1 1705
chrUn_NW_026529081v1 325
chrUn_NW_026529085v1 1246
chrX 3735387
chrX_NW_026527892v1_random 176
chrX_NW_026527894v1_random 571
chrX_NW_026527897v1_random 101
chrY 74671
chrY_NW_026527906v1_random 16
chrY_NW_026527909v1_random 36
chrY_NW_026527911v1_random 327
chrY_NW_026527913v1_random 249
chrY_NW_026527914v1_random 299
chrY_NW_026527915v1_random 15
chrY_NW_026527916v1_random 79
chrY_NW_026527918v1_random 43
chrY_NW_026527919v1_random 440
chrY_NW_026527927v1_random 26
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 92
chrY_NW_026527938v1_random 275
chrY_NW_026527939v1_random 16
chrY_NW_026527942v1_random 396
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 60
chrY_NW_026527949v1_random 197
chrY_NW_026527950v1_random 1168
chrY_NW_026527951v1_random 99
chrY_NW_026527955v1_random 141
chrY_NW_026527956v1_random 3810
chrY_NW_026527958v1_random 1669
chrY_NW_026527960v1_random 40
chrY_NW_026527961v1_random 176
chrY_NW_026527966v1_random 20957
chrY_NW_026527967v1_random 181
chrY_NW_026527968v1_random 1213
chrY_NW_026527969v1_random 156
chrY_NW_026527974v1_random 67
chrY_NW_026527980v1_random 32

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 202899191 1 5037 150.89 127
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0023_3.h5ad.gz 1.87 GB 8450c8a7997c0ce30c214a2242fc4e7f
P0023_3.h5ad.gz.tbi 992.98 KB 72ce137bba7fee32ebd09230de441396
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 0887ae56c025e2e5aef02657056c2fd3
statistics/