Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0023_3content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0023_3
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0023_3
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0023_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTGCATTAGGACAACA-P0023_3, GAGGCAAGTTGTTGCT-P0023_3, GAGTGATCATCACAGC-P0023_3, TAGTAGGAGTATCGCG-P0023_3, AAGCGCTGTTAGAGCC-P0023_3 (top 5 of 6163 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
211,490,677
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 211490677
chr1 16791854
chr2 13627163
chr3 9526013
chr4 11553635
chr5 17870813
chr6 10230922
chr7 13949646
chr8 8229358
chr9 10537309
chr10 11749608
chr11 11674801
chr12 11353060
chr13 7975320
chr14 8263407
chr15 8270383
chr16 5986935
chr17 4609438
chr18 4077925
chr19 4573698
chr20 4216488
chr21 2947581
chr22 9403307
chrUn_NW_026528016v1 24
chrUn_NW_026528017v1 241
chrUn_NW_026528021v1 744
chrUn_NW_026528026v1 282
chrUn_NW_026528029v1 440
chrUn_NW_026528038v1 433
chrUn_NW_026528039v1 726
chrUn_NW_026528065v1 261
chrUn_NW_026528075v1 110
chrUn_NW_026528103v1 30
chrUn_NW_026528123v1 5
chrUn_NW_026528125v1 51
chrUn_NW_026528140v1 665
chrUn_NW_026528210v1 68
chrUn_NW_026528215v1 239
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 12
chrUn_NW_026528219v1 21
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 65
chrUn_NW_026528226v1 140
chrUn_NW_026528228v1 118
chrUn_NW_026528230v1 191
chrUn_NW_026528232v1 1747
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 893
chrUn_NW_026528285v1 38
chrUn_NW_026528292v1 8
chrUn_NW_026528295v1 74
chrUn_NW_026528296v1 15441
chrUn_NW_026528310v1 92
chrUn_NW_026528320v1 36
chrUn_NW_026528327v1 30
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 15
chrUn_NW_026528339v1 19
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 17
chrUn_NW_026528353v1 27
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 154
chrUn_NW_026528370v1 224
chrUn_NW_026528371v1 1151
chrUn_NW_026528372v1 291
chrUn_NW_026528373v1 549
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 31
chrUn_NW_026528385v1 40
chrUn_NW_026528390v1 27
chrUn_NW_026528393v1 24
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 6
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 5
chrUn_NW_026528413v1 15
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 50
chrUn_NW_026528431v1 164
chrUn_NW_026528432v1 445
chrUn_NW_026528433v1 5708
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528480v1 235
chrUn_NW_026528558v1 937
chrUn_NW_026528559v1 76
chrUn_NW_026528561v1 409
chrUn_NW_026528588v1 20
chrUn_NW_026528589v1 28
chrUn_NW_026528590v1 1223
chrUn_NW_026528596v1 1427
chrUn_NW_026528609v1 37
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 57
chrUn_NW_026528631v1 506
chrUn_NW_026528634v1 154
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 18
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 9
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 313
chrUn_NW_026528737v1 110
chrUn_NW_026528739v1 23
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 64
chrUn_NW_026528772v1 9
chrUn_NW_026528775v1 17
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 13
chrUn_NW_026528785v1 8
chrUn_NW_026528786v1 15
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 77
chrUn_NW_026528795v1 59
chrUn_NW_026528796v1 139
chrUn_NW_026528797v1 2512
chrUn_NW_026528798v1 1829
chrUn_NW_026528799v1 502
chrUn_NW_026528880v1 45
chrUn_NW_026528882v1 13
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 7
chrUn_NW_026528887v1 110
chrUn_NW_026528888v1 34
chrUn_NW_026528889v1 20
chrUn_NW_026528891v1 38
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 481
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 17
chrUn_NW_026528900v1 209
chrUn_NW_026528902v1 163
chrUn_NW_026528903v1 804
chrUn_NW_026528917v1 188
chrUn_NW_026528926v1 45
chrUn_NW_026528928v1 477
chrUn_NW_026528937v1 48
chrUn_NW_026528938v1 12
chrUn_NW_026528950v1 9
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 576
chrUn_NW_026528960v1 828
chrUn_NW_026528975v1 96
chrUn_NW_026528984v1 72
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 11
chrUn_NW_026528988v1 84
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 18
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 28
chrUn_NW_026529007v1 585
chrUn_NW_026529008v1 4145
chrUn_NW_026529013v1 26
chrUn_NW_026529015v1 64
chrUn_NW_026529016v1 518
chrUn_NW_026529060v1 1792
chrUn_NW_026529081v1 367
chrUn_NW_026529085v1 1361
chrX 3903158
chrX_NW_026527892v1_random 196
chrX_NW_026527894v1_random 603
chrX_NW_026527897v1_random 107
chrY 77998
chrY_NW_026527906v1_random 17
chrY_NW_026527909v1_random 38
chrY_NW_026527911v1_random 336
chrY_NW_026527913v1_random 267
chrY_NW_026527914v1_random 316
chrY_NW_026527915v1_random 15
chrY_NW_026527916v1_random 85
chrY_NW_026527918v1_random 47
chrY_NW_026527919v1_random 449
chrY_NW_026527927v1_random 29
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 100
chrY_NW_026527938v1_random 294
chrY_NW_026527939v1_random 16
chrY_NW_026527942v1_random 426
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 62
chrY_NW_026527949v1_random 204
chrY_NW_026527950v1_random 1248
chrY_NW_026527951v1_random 102
chrY_NW_026527955v1_random 151
chrY_NW_026527956v1_random 3867
chrY_NW_026527958v1_random 1709
chrY_NW_026527960v1_random 45
chrY_NW_026527961v1_random 193
chrY_NW_026527966v1_random 21606
chrY_NW_026527967v1_random 197
chrY_NW_026527968v1_random 1296
chrY_NW_026527969v1_random 162
chrY_NW_026527974v1_random 71
chrY_NW_026527980v1_random 33

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 211490677 1 5037 150.92 127
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0023_3.gz 1.95 GB 02f2f6d4c01882e3853b058004b005ef
P0023_3.gz.tbi 1016.82 KB 9bf5cdbacf7fc90097888fa488376909
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB ca1bc573fd72f68d7043401678c5f8f6
statistics/