Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0023_4.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0023_4.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0023_4.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0023_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTTGTTGCAATTTGGT-P0023_4, ACCTAAATCATGCAAC-P0023_4, ATTGGTTCATTGCAGC-P0023_4, CATTATGAGTCAATCA-P0023_4, CCCGTTGTCACAAGCT-P0023_4 (top 5 of 6124 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
191,781,221
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 191781221
chr1 15187449
chr2 12303390
chr3 8632936
chr4 10497559
chr5 16238899
chr6 9245416
chr7 12694907
chr8 7435130
chr9 9531877
chr10 10678289
chr11 10583244
chr12 10291424
chr13 7208228
chr14 7496038
chr15 7458759
chr16 5440220
chr17 4156105
chr18 3739559
chr19 4124230
chr20 3840987
chr21 2668167
chr22 8633829
chrUn_NW_026528016v1 12
chrUn_NW_026528017v1 215
chrUn_NW_026528021v1 597
chrUn_NW_026528026v1 236
chrUn_NW_026528029v1 444
chrUn_NW_026528038v1 435
chrUn_NW_026528039v1 669
chrUn_NW_026528065v1 278
chrUn_NW_026528075v1 89
chrUn_NW_026528103v1 27
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 37
chrUn_NW_026528140v1 586
chrUn_NW_026528210v1 77
chrUn_NW_026528215v1 193
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 23
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 42
chrUn_NW_026528226v1 117
chrUn_NW_026528228v1 112
chrUn_NW_026528230v1 158
chrUn_NW_026528232v1 1547
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 764
chrUn_NW_026528285v1 34
chrUn_NW_026528292v1 14
chrUn_NW_026528295v1 94
chrUn_NW_026528296v1 14125
chrUn_NW_026528310v1 55
chrUn_NW_026528320v1 25
chrUn_NW_026528327v1 22
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 13
chrUn_NW_026528338v1 18
chrUn_NW_026528339v1 16
chrUn_NW_026528345v1 9
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 11
chrUn_NW_026528353v1 19
chrUn_NW_026528356v1 15
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 131
chrUn_NW_026528370v1 203
chrUn_NW_026528371v1 1065
chrUn_NW_026528372v1 226
chrUn_NW_026528373v1 520
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 27
chrUn_NW_026528385v1 54
chrUn_NW_026528390v1 27
chrUn_NW_026528393v1 19
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 13
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 42
chrUn_NW_026528431v1 185
chrUn_NW_026528432v1 445
chrUn_NW_026528433v1 5281
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 219
chrUn_NW_026528558v1 858
chrUn_NW_026528559v1 52
chrUn_NW_026528561v1 396
chrUn_NW_026528588v1 20
chrUn_NW_026528589v1 29
chrUn_NW_026528590v1 1110
chrUn_NW_026528596v1 1528
chrUn_NW_026528609v1 21
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 15
chrUn_NW_026528621v1 43
chrUn_NW_026528631v1 440
chrUn_NW_026528634v1 153
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 11
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 7
chrUn_NW_026528668v1 7
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 16
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 298
chrUn_NW_026528737v1 75
chrUn_NW_026528739v1 19
chrUn_NW_026528745v1 11
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 7
chrUn_NW_026528755v1 66
chrUn_NW_026528772v1 17
chrUn_NW_026528775v1 17
chrUn_NW_026528777v1 9
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 19
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 63
chrUn_NW_026528795v1 73
chrUn_NW_026528796v1 121
chrUn_NW_026528797v1 2258
chrUn_NW_026528798v1 1553
chrUn_NW_026528799v1 484
chrUn_NW_026528880v1 44
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 10
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 92
chrUn_NW_026528888v1 30
chrUn_NW_026528889v1 23
chrUn_NW_026528891v1 44
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 379
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 18
chrUn_NW_026528900v1 203
chrUn_NW_026528902v1 164
chrUn_NW_026528903v1 701
chrUn_NW_026528917v1 159
chrUn_NW_026528926v1 34
chrUn_NW_026528928v1 445
chrUn_NW_026528937v1 41
chrUn_NW_026528938v1 11
chrUn_NW_026528950v1 9
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 484
chrUn_NW_026528960v1 759
chrUn_NW_026528975v1 76
chrUn_NW_026528984v1 43
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 107
chrUn_NW_026528989v1 6
chrUn_NW_026528992v1 15
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 24
chrUn_NW_026529007v1 520
chrUn_NW_026529008v1 3716
chrUn_NW_026529013v1 20
chrUn_NW_026529015v1 60
chrUn_NW_026529016v1 565
chrUn_NW_026529060v1 1518
chrUn_NW_026529081v1 316
chrUn_NW_026529085v1 1147
chrX 3542604
chrX_NW_026527892v1_random 163
chrX_NW_026527894v1_random 507
chrX_NW_026527897v1_random 69
chrY 71603
chrY_NW_026527906v1_random 4
chrY_NW_026527909v1_random 45
chrY_NW_026527911v1_random 338
chrY_NW_026527913v1_random 238
chrY_NW_026527914v1_random 291
chrY_NW_026527915v1_random 12
chrY_NW_026527916v1_random 65
chrY_NW_026527918v1_random 36
chrY_NW_026527919v1_random 425
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527932v1_random 103
chrY_NW_026527938v1_random 212
chrY_NW_026527939v1_random 12
chrY_NW_026527942v1_random 265
chrY_NW_026527945v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 49
chrY_NW_026527949v1_random 170
chrY_NW_026527950v1_random 1063
chrY_NW_026527951v1_random 102
chrY_NW_026527955v1_random 141
chrY_NW_026527956v1_random 3182
chrY_NW_026527958v1_random 1431
chrY_NW_026527960v1_random 61
chrY_NW_026527961v1_random 188
chrY_NW_026527966v1_random 18161
chrY_NW_026527967v1_random 204
chrY_NW_026527968v1_random 1191
chrY_NW_026527969v1_random 150
chrY_NW_026527974v1_random 42
chrY_NW_026527980v1_random 36

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 191781221 1 5030 163.2 139
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0023_4.h5ad.gz 1.78 GB 9ebfb9b07e3ed6c7e93e2471091146df
P0023_4.h5ad.gz.tbi 972.32 KB 3e8c5330c4ba646d6f3cb92163fdd86f
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB bf48bfa7c8db920eeace3b96353294f7
statistics/