Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0023_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0023_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0023_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0023_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTTGTTGCAATTTGGT-P0023_4, TGGCCAATCCTAGTCC-P0023_4, ACCTAAATCATGCAAC-P0023_4, ATTGGTTCATTGCAGC-P0023_4, CATTATGAGTCAATCA-P0023_4 (top 5 of 6273 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
199,481,182
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 199481182
chr1 15798973
chr2 12839080
chr3 9040763
chr4 10924935
chr5 16863607
chr6 9640647
chr7 13193315
chr8 7749596
chr9 9917608
chr10 11078853
chr11 10968109
chr12 10684390
chr13 7516214
chr14 7787091
chr15 7768974
chr16 5684383
chr17 4333566
chr18 3878495
chr19 4286906
chr20 3980826
chr21 2777182
chr22 8912741
chrUn_NW_026528016v1 13
chrUn_NW_026528017v1 239
chrUn_NW_026528021v1 630
chrUn_NW_026528026v1 270
chrUn_NW_026528029v1 465
chrUn_NW_026528038v1 449
chrUn_NW_026528039v1 710
chrUn_NW_026528065v1 290
chrUn_NW_026528075v1 104
chrUn_NW_026528103v1 28
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 40
chrUn_NW_026528140v1 615
chrUn_NW_026528210v1 80
chrUn_NW_026528215v1 212
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 23
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 11
chrUn_NW_026528225v1 45
chrUn_NW_026528226v1 123
chrUn_NW_026528228v1 120
chrUn_NW_026528230v1 169
chrUn_NW_026528232v1 1615
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 797
chrUn_NW_026528285v1 34
chrUn_NW_026528292v1 14
chrUn_NW_026528295v1 108
chrUn_NW_026528296v1 14602
chrUn_NW_026528310v1 63
chrUn_NW_026528320v1 26
chrUn_NW_026528327v1 22
chrUn_NW_026528332v1 6
chrUn_NW_026528335v1 14
chrUn_NW_026528338v1 19
chrUn_NW_026528339v1 19
chrUn_NW_026528345v1 11
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 22
chrUn_NW_026528356v1 16
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 141
chrUn_NW_026528370v1 205
chrUn_NW_026528371v1 1087
chrUn_NW_026528372v1 235
chrUn_NW_026528373v1 557
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 28
chrUn_NW_026528385v1 58
chrUn_NW_026528390v1 30
chrUn_NW_026528393v1 20
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 8
chrUn_NW_026528412v1 13
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 48
chrUn_NW_026528431v1 203
chrUn_NW_026528432v1 473
chrUn_NW_026528433v1 5421
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 248
chrUn_NW_026528558v1 972
chrUn_NW_026528559v1 61
chrUn_NW_026528561v1 428
chrUn_NW_026528588v1 22
chrUn_NW_026528589v1 32
chrUn_NW_026528590v1 1264
chrUn_NW_026528596v1 1660
chrUn_NW_026528609v1 25
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 18
chrUn_NW_026528621v1 43
chrUn_NW_026528631v1 450
chrUn_NW_026528634v1 170
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 11
chrUn_NW_026528650v1 15
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 7
chrUn_NW_026528668v1 7
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 16
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 326
chrUn_NW_026528737v1 79
chrUn_NW_026528739v1 24
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 69
chrUn_NW_026528772v1 17
chrUn_NW_026528775v1 18
chrUn_NW_026528777v1 11
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 11
chrUn_NW_026528786v1 21
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 67
chrUn_NW_026528795v1 79
chrUn_NW_026528796v1 134
chrUn_NW_026528797v1 2446
chrUn_NW_026528798v1 1595
chrUn_NW_026528799v1 493
chrUn_NW_026528880v1 44
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 10
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 98
chrUn_NW_026528888v1 31
chrUn_NW_026528889v1 23
chrUn_NW_026528891v1 45
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 407
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 18
chrUn_NW_026528900v1 212
chrUn_NW_026528902v1 168
chrUn_NW_026528903v1 762
chrUn_NW_026528917v1 174
chrUn_NW_026528926v1 39
chrUn_NW_026528928v1 499
chrUn_NW_026528937v1 44
chrUn_NW_026528938v1 14
chrUn_NW_026528950v1 11
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 531
chrUn_NW_026528960v1 768
chrUn_NW_026528975v1 83
chrUn_NW_026528984v1 50
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 11
chrUn_NW_026528988v1 110
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 18
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 25
chrUn_NW_026529007v1 534
chrUn_NW_026529008v1 3916
chrUn_NW_026529013v1 23
chrUn_NW_026529015v1 64
chrUn_NW_026529016v1 634
chrUn_NW_026529060v1 1588
chrUn_NW_026529081v1 360
chrUn_NW_026529085v1 1256
chrX 3695474
chrX_NW_026527892v1_random 180
chrX_NW_026527894v1_random 532
chrX_NW_026527897v1_random 78
chrY 74992
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 49
chrY_NW_026527911v1_random 352
chrY_NW_026527913v1_random 253
chrY_NW_026527914v1_random 306
chrY_NW_026527915v1_random 13
chrY_NW_026527916v1_random 66
chrY_NW_026527918v1_random 40
chrY_NW_026527919v1_random 434
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 107
chrY_NW_026527938v1_random 236
chrY_NW_026527939v1_random 12
chrY_NW_026527942v1_random 288
chrY_NW_026527945v1_random 12
chrY_NW_026527948v1_random 59
chrY_NW_026527949v1_random 176
chrY_NW_026527950v1_random 1138
chrY_NW_026527951v1_random 110
chrY_NW_026527955v1_random 152
chrY_NW_026527956v1_random 3263
chrY_NW_026527958v1_random 1470
chrY_NW_026527960v1_random 68
chrY_NW_026527961v1_random 210
chrY_NW_026527966v1_random 18888
chrY_NW_026527967v1_random 229
chrY_NW_026527968v1_random 1293
chrY_NW_026527969v1_random 152
chrY_NW_026527974v1_random 47
chrY_NW_026527980v1_random 41

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 199481182 1 5030 163.21 139
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0023_4.gz 1.85 GB 7b278bc7d7f98d4cec4531e10d69e04a
P0023_4.gz.tbi 993.77 KB e80f63fd9dbb6f7a43ad1e30eb49151a
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 077a28c6a0bdae3a71cf3b2ba125be1f
statistics/