Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0024_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0024_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0024_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0024_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATGTCAATCTCAATGA-P0024_1, ACTCCTCAGTAAAGGT-P0024_1, GAGGTTAAGACTTATG-P0024_1, CTGATCACAACCTGGT-P0024_1, AGGAACGGTTTCGCGC-P0024_1 (top 5 of 6705 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
207,864,953
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 207864953
chr1 16598596
chr2 13347116
chr3 9380922
chr4 11331652
chr5 17484287
chr6 10139005
chr7 13639952
chr8 7978541
chr9 10224697
chr10 11382077
chr11 11458220
chr12 11259422
chr13 7769025
chr14 7925624
chr15 8121302
chr16 5818895
chr17 4550483
chr18 4114541
chr19 4467229
chr20 4178957
chr21 2861102
chr22 9764154
chrUn_NW_026528016v1 14
chrUn_NW_026528017v1 286
chrUn_NW_026528021v1 740
chrUn_NW_026528026v1 285
chrUn_NW_026528029v1 567
chrUn_NW_026528038v1 422
chrUn_NW_026528039v1 650
chrUn_NW_026528065v1 365
chrUn_NW_026528075v1 106
chrUn_NW_026528103v1 24
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 40
chrUn_NW_026528140v1 803
chrUn_NW_026528210v1 71
chrUn_NW_026528215v1 220
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 16
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 7
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 67
chrUn_NW_026528226v1 170
chrUn_NW_026528228v1 114
chrUn_NW_026528230v1 180
chrUn_NW_026528232v1 1450
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 707
chrUn_NW_026528285v1 36
chrUn_NW_026528292v1 7
chrUn_NW_026528295v1 110
chrUn_NW_026528296v1 15794
chrUn_NW_026528310v1 47
chrUn_NW_026528320v1 17
chrUn_NW_026528327v1 19
chrUn_NW_026528332v1 11
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 20
chrUn_NW_026528339v1 20
chrUn_NW_026528345v1 10
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 14
chrUn_NW_026528353v1 17
chrUn_NW_026528356v1 19
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 115
chrUn_NW_026528370v1 258
chrUn_NW_026528371v1 1026
chrUn_NW_026528372v1 231
chrUn_NW_026528373v1 556
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 16
chrUn_NW_026528385v1 49
chrUn_NW_026528390v1 37
chrUn_NW_026528393v1 18
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528409v1 6
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 26
chrUn_NW_026528431v1 193
chrUn_NW_026528432v1 416
chrUn_NW_026528433v1 8720
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 234
chrUn_NW_026528558v1 993
chrUn_NW_026528559v1 51
chrUn_NW_026528561v1 257
chrUn_NW_026528588v1 20
chrUn_NW_026528589v1 24
chrUn_NW_026528590v1 1207
chrUn_NW_026528596v1 1263
chrUn_NW_026528609v1 28
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 16
chrUn_NW_026528621v1 49
chrUn_NW_026528631v1 409
chrUn_NW_026528634v1 146
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 18
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 10
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 368
chrUn_NW_026528737v1 93
chrUn_NW_026528739v1 20
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 80
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 11
chrUn_NW_026528784v1 12
chrUn_NW_026528785v1 15
chrUn_NW_026528786v1 10
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 60
chrUn_NW_026528795v1 80
chrUn_NW_026528796v1 184
chrUn_NW_026528797v1 3225
chrUn_NW_026528798v1 1639
chrUn_NW_026528799v1 409
chrUn_NW_026528880v1 39
chrUn_NW_026528882v1 8
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 95
chrUn_NW_026528888v1 29
chrUn_NW_026528889v1 13
chrUn_NW_026528891v1 40
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 359
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 20
chrUn_NW_026528900v1 199
chrUn_NW_026528902v1 155
chrUn_NW_026528903v1 680
chrUn_NW_026528917v1 190
chrUn_NW_026528926v1 42
chrUn_NW_026528928v1 469
chrUn_NW_026528937v1 51
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 7
chrUn_NW_026528957v1 534
chrUn_NW_026528960v1 645
chrUn_NW_026528975v1 90
chrUn_NW_026528984v1 72
chrUn_NW_026528985v1 6
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 97
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 14
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 28
chrUn_NW_026529007v1 599
chrUn_NW_026529008v1 4786
chrUn_NW_026529013v1 30
chrUn_NW_026529015v1 66
chrUn_NW_026529016v1 556
chrUn_NW_026529060v1 1663
chrUn_NW_026529081v1 332
chrUn_NW_026529085v1 1147
chrX 3885297
chrX_NW_026527892v1_random 160
chrX_NW_026527894v1_random 445
chrX_NW_026527897v1_random 88
chrY 79483
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 36
chrY_NW_026527911v1_random 254
chrY_NW_026527913v1_random 174
chrY_NW_026527914v1_random 278
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 44
chrY_NW_026527918v1_random 32
chrY_NW_026527919v1_random 339
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 97
chrY_NW_026527938v1_random 250
chrY_NW_026527939v1_random 9
chrY_NW_026527942v1_random 315
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 55
chrY_NW_026527949v1_random 130
chrY_NW_026527950v1_random 1292
chrY_NW_026527951v1_random 122
chrY_NW_026527955v1_random 136
chrY_NW_026527956v1_random 6240
chrY_NW_026527958v1_random 2671
chrY_NW_026527960v1_random 50
chrY_NW_026527961v1_random 189
chrY_NW_026527966v1_random 30095
chrY_NW_026527967v1_random 176
chrY_NW_026527968v1_random 1075
chrY_NW_026527969v1_random 120
chrY_NW_026527974v1_random 38
chrY_NW_026527980v1_random 34

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 207864953 1 5041 157.24 132
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0024_1.h5ad.gz 1.9 GB 6c4380f8fe53eb2a3658141b1b2d5444
P0024_1.h5ad.gz.tbi 1001.88 KB 85d5d2bcd3fc90cca2d085ea7418176c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 1c4b41a6b51196da80a60f5fe1290c6d
statistics/