Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0024_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0024_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0024_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0024_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATGTCAATCTCAATGA-P0024_1, ACTCCTCAGTAAAGGT-P0024_1, GAGGTTAAGACTTATG-P0024_1, CTGATCACAACCTGGT-P0024_1, AGGAACGGTTTCGCGC-P0024_1 (top 5 of 6778 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
211,533,322
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 211533322
chr1 16907398
chr2 13590295
chr3 9558365
chr4 11533972
chr5 17785081
chr6 10330666
chr7 13874517
chr8 8120865
chr9 10405921
chr10 11574844
chr11 11652497
chr12 11456765
chr13 7903779
chr14 8059783
chr15 8259088
chr16 5933641
chr17 4632201
chr18 4183150
chr19 4542773
chr20 4248345
chr21 2914759
chr22 9916584
chrUn_NW_026528016v1 15
chrUn_NW_026528017v1 301
chrUn_NW_026528021v1 760
chrUn_NW_026528026v1 289
chrUn_NW_026528029v1 581
chrUn_NW_026528038v1 432
chrUn_NW_026528039v1 678
chrUn_NW_026528065v1 366
chrUn_NW_026528075v1 110
chrUn_NW_026528103v1 25
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 40
chrUn_NW_026528140v1 821
chrUn_NW_026528210v1 71
chrUn_NW_026528215v1 224
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 17
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 7
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 69
chrUn_NW_026528226v1 179
chrUn_NW_026528228v1 119
chrUn_NW_026528230v1 184
chrUn_NW_026528232v1 1473
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 724
chrUn_NW_026528285v1 36
chrUn_NW_026528292v1 8
chrUn_NW_026528295v1 112
chrUn_NW_026528296v1 16024
chrUn_NW_026528310v1 50
chrUn_NW_026528320v1 17
chrUn_NW_026528327v1 19
chrUn_NW_026528332v1 11
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 21
chrUn_NW_026528339v1 20
chrUn_NW_026528345v1 10
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 14
chrUn_NW_026528353v1 19
chrUn_NW_026528356v1 20
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 120
chrUn_NW_026528370v1 259
chrUn_NW_026528371v1 1045
chrUn_NW_026528372v1 233
chrUn_NW_026528373v1 564
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 18
chrUn_NW_026528385v1 50
chrUn_NW_026528390v1 37
chrUn_NW_026528393v1 18
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528409v1 6
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 26
chrUn_NW_026528431v1 197
chrUn_NW_026528432v1 425
chrUn_NW_026528433v1 8797
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 241
chrUn_NW_026528558v1 1031
chrUn_NW_026528559v1 55
chrUn_NW_026528561v1 267
chrUn_NW_026528588v1 20
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1235
chrUn_NW_026528596v1 1284
chrUn_NW_026528609v1 28
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 16
chrUn_NW_026528621v1 51
chrUn_NW_026528631v1 417
chrUn_NW_026528634v1 151
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 18
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 10
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 374
chrUn_NW_026528737v1 94
chrUn_NW_026528739v1 23
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 80
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 11
chrUn_NW_026528784v1 13
chrUn_NW_026528785v1 15
chrUn_NW_026528786v1 10
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 65
chrUn_NW_026528795v1 81
chrUn_NW_026528796v1 186
chrUn_NW_026528797v1 3287
chrUn_NW_026528798v1 1668
chrUn_NW_026528799v1 414
chrUn_NW_026528880v1 39
chrUn_NW_026528882v1 8
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 97
chrUn_NW_026528888v1 29
chrUn_NW_026528889v1 14
chrUn_NW_026528891v1 41
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 366
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 20
chrUn_NW_026528900v1 203
chrUn_NW_026528902v1 159
chrUn_NW_026528903v1 733
chrUn_NW_026528917v1 199
chrUn_NW_026528926v1 44
chrUn_NW_026528928v1 486
chrUn_NW_026528937v1 54
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 8
chrUn_NW_026528957v1 558
chrUn_NW_026528960v1 657
chrUn_NW_026528975v1 95
chrUn_NW_026528984v1 75
chrUn_NW_026528985v1 7
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 97
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 16
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 28
chrUn_NW_026529007v1 602
chrUn_NW_026529008v1 4885
chrUn_NW_026529013v1 31
chrUn_NW_026529015v1 71
chrUn_NW_026529016v1 575
chrUn_NW_026529060v1 1684
chrUn_NW_026529081v1 350
chrUn_NW_026529085v1 1217
chrX 3960984
chrX_NW_026527892v1_random 168
chrX_NW_026527894v1_random 452
chrX_NW_026527897v1_random 95
chrY 80988
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 37
chrY_NW_026527911v1_random 261
chrY_NW_026527913v1_random 177
chrY_NW_026527914v1_random 287
chrY_NW_026527915v1_random 10
chrY_NW_026527916v1_random 45
chrY_NW_026527918v1_random 32
chrY_NW_026527919v1_random 345
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 98
chrY_NW_026527938v1_random 257
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527942v1_random 323
chrY_NW_026527945v1_random 14
chrY_NW_026527948v1_random 55
chrY_NW_026527949v1_random 133
chrY_NW_026527950v1_random 1331
chrY_NW_026527951v1_random 125
chrY_NW_026527955v1_random 138
chrY_NW_026527956v1_random 6274
chrY_NW_026527958v1_random 2691
chrY_NW_026527960v1_random 52
chrY_NW_026527961v1_random 193
chrY_NW_026527966v1_random 30393
chrY_NW_026527967v1_random 182
chrY_NW_026527968v1_random 1100
chrY_NW_026527969v1_random 122
chrY_NW_026527974v1_random 41
chrY_NW_026527980v1_random 34

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 211533322 1 5041 157.26 132
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0024_1.gz 1.93 GB d6be1402545529dd41fadee98852aa9e
P0024_1.gz.tbi 1011.63 KB 4af3521bde179e78ff025a41ad0f7e88
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 5d02295df793671f58b8c924737e064e
statistics/