Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0024_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0024_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0024_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0024_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATTGTTCATAGCGAG-P0024_2, ACGAATCTCATCCTCA-P0024_2, TGGCTTTGTGCTCCAC-P0024_2, TTTACGAAGGGACGCA-P0024_2, AACCTCCTCAATCTAG-P0024_2 (top 5 of 6574 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
231,255,712
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 231255712
chr1 18303920
chr2 14931475
chr3 10522278
chr4 12712620
chr5 19478556
chr6 11294822
chr7 15122183
chr8 8993526
chr9 11349755
chr10 12663185
chr11 12704642
chr12 12420202
chr13 8643895
chr14 8836253
chr15 9066718
chr16 6532563
chr17 5138098
chr18 4580933
chr19 4991506
chr20 4604181
chr21 3214198
chr22 10626956
chrUn_NW_026528016v1 16
chrUn_NW_026528017v1 248
chrUn_NW_026528021v1 747
chrUn_NW_026528026v1 312
chrUn_NW_026528029v1 639
chrUn_NW_026528038v1 516
chrUn_NW_026528039v1 758
chrUn_NW_026528065v1 484
chrUn_NW_026528075v1 117
chrUn_NW_026528103v1 28
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 50
chrUn_NW_026528140v1 876
chrUn_NW_026528210v1 60
chrUn_NW_026528215v1 252
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 37
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 10
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 69
chrUn_NW_026528226v1 191
chrUn_NW_026528228v1 93
chrUn_NW_026528230v1 188
chrUn_NW_026528232v1 1747
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 862
chrUn_NW_026528285v1 46
chrUn_NW_026528292v1 7
chrUn_NW_026528295v1 100
chrUn_NW_026528296v1 17448
chrUn_NW_026528310v1 65
chrUn_NW_026528320v1 24
chrUn_NW_026528327v1 23
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 20
chrUn_NW_026528339v1 24
chrUn_NW_026528345v1 12
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 11
chrUn_NW_026528353v1 24
chrUn_NW_026528356v1 17
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 168
chrUn_NW_026528370v1 311
chrUn_NW_026528371v1 1172
chrUn_NW_026528372v1 259
chrUn_NW_026528373v1 584
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 25
chrUn_NW_026528385v1 48
chrUn_NW_026528390v1 40
chrUn_NW_026528393v1 16
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 6
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 9
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 42
chrUn_NW_026528431v1 223
chrUn_NW_026528432v1 445
chrUn_NW_026528433v1 9004
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 250
chrUn_NW_026528558v1 1120
chrUn_NW_026528559v1 56
chrUn_NW_026528561v1 266
chrUn_NW_026528588v1 16
chrUn_NW_026528589v1 11
chrUn_NW_026528590v1 1301
chrUn_NW_026528596v1 1537
chrUn_NW_026528609v1 27
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 58
chrUn_NW_026528631v1 459
chrUn_NW_026528634v1 176
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 14
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 14
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 374
chrUn_NW_026528737v1 88
chrUn_NW_026528739v1 22
chrUn_NW_026528745v1 11
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 9
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 83
chrUn_NW_026528772v1 19
chrUn_NW_026528775v1 15
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 16
chrUn_NW_026528786v1 21
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 67
chrUn_NW_026528795v1 100
chrUn_NW_026528796v1 207
chrUn_NW_026528797v1 3396
chrUn_NW_026528798v1 1840
chrUn_NW_026528799v1 423
chrUn_NW_026528880v1 45
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 120
chrUn_NW_026528888v1 25
chrUn_NW_026528889v1 14
chrUn_NW_026528891v1 45
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 432
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 20
chrUn_NW_026528900v1 236
chrUn_NW_026528902v1 197
chrUn_NW_026528903v1 760
chrUn_NW_026528917v1 196
chrUn_NW_026528926v1 47
chrUn_NW_026528928v1 520
chrUn_NW_026528937v1 60
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 13
chrUn_NW_026528952v1 8
chrUn_NW_026528957v1 623
chrUn_NW_026528960v1 718
chrUn_NW_026528975v1 88
chrUn_NW_026528984v1 55
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 87
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528996v1 21
chrUn_NW_026529007v1 617
chrUn_NW_026529008v1 5094
chrUn_NW_026529013v1 38
chrUn_NW_026529015v1 74
chrUn_NW_026529016v1 662
chrUn_NW_026529060v1 1844
chrUn_NW_026529081v1 393
chrUn_NW_026529085v1 1326
chrX 4323349
chrX_NW_026527892v1_random 209
chrX_NW_026527894v1_random 490
chrX_NW_026527897v1_random 82
chrY 88393
chrY_NW_026527906v1_random 2
chrY_NW_026527909v1_random 46
chrY_NW_026527911v1_random 304
chrY_NW_026527913v1_random 230
chrY_NW_026527914v1_random 354
chrY_NW_026527915v1_random 19
chrY_NW_026527916v1_random 78
chrY_NW_026527918v1_random 42
chrY_NW_026527919v1_random 407
chrY_NW_026527927v1_random 35
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 122
chrY_NW_026527938v1_random 250
chrY_NW_026527939v1_random 15
chrY_NW_026527942v1_random 342
chrY_NW_026527945v1_random 12
chrY_NW_026527948v1_random 70
chrY_NW_026527949v1_random 187
chrY_NW_026527950v1_random 1494
chrY_NW_026527951v1_random 107
chrY_NW_026527955v1_random 144
chrY_NW_026527956v1_random 6250
chrY_NW_026527958v1_random 2665
chrY_NW_026527960v1_random 69
chrY_NW_026527961v1_random 197
chrY_NW_026527966v1_random 30469
chrY_NW_026527967v1_random 193
chrY_NW_026527968v1_random 1276
chrY_NW_026527969v1_random 130
chrY_NW_026527974v1_random 55
chrY_NW_026527980v1_random 42

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 231255712 1 5041 157.88 132
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0024_2.h5ad.gz 2.11 GB 1a65e25572a6d840d30f8ca71d826ddd
P0024_2.h5ad.gz.tbi 1.04 MB c2534a6a378866cc51f4fafb0895a3af
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 27ed844574a6141712e40b1e05cc621c
statistics/