Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0024_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0024_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0024_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0024_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATTGTTCATAGCGAG-P0024_2, ACGAATCTCATCCTCA-P0024_2, TGGCTTTGTGCTCCAC-P0024_2, TTTACGAAGGGACGCA-P0024_2, AACCTCCTCAATCTAG-P0024_2 (top 5 of 6657 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
236,128,159
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 236128159
chr1 18699375
chr2 15252696
chr3 10742849
chr4 12980970
chr5 19884276
chr6 11543079
chr7 15438640
chr8 9181993
chr9 11598635
chr10 12909346
chr11 12964109
chr12 12683043
chr13 8833754
chr14 9023950
chr15 9256235
chr16 6680722
chr17 5247171
chr18 4674273
chr19 5098291
chr20 4696248
chr21 3281617
chr22 10836677
chrUn_NW_026528016v1 16
chrUn_NW_026528017v1 253
chrUn_NW_026528021v1 774
chrUn_NW_026528026v1 321
chrUn_NW_026528029v1 656
chrUn_NW_026528038v1 535
chrUn_NW_026528039v1 775
chrUn_NW_026528065v1 498
chrUn_NW_026528075v1 120
chrUn_NW_026528103v1 29
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 50
chrUn_NW_026528140v1 896
chrUn_NW_026528210v1 61
chrUn_NW_026528215v1 263
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 38
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 10
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 71
chrUn_NW_026528226v1 199
chrUn_NW_026528228v1 99
chrUn_NW_026528230v1 195
chrUn_NW_026528232v1 1782
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 890
chrUn_NW_026528285v1 48
chrUn_NW_026528292v1 8
chrUn_NW_026528295v1 102
chrUn_NW_026528296v1 17751
chrUn_NW_026528310v1 67
chrUn_NW_026528320v1 24
chrUn_NW_026528327v1 23
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 20
chrUn_NW_026528339v1 24
chrUn_NW_026528345v1 12
chrUn_NW_026528347v1 13
chrUn_NW_026528350v1 11
chrUn_NW_026528353v1 26
chrUn_NW_026528356v1 18
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 178
chrUn_NW_026528370v1 312
chrUn_NW_026528371v1 1197
chrUn_NW_026528372v1 263
chrUn_NW_026528373v1 597
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 25
chrUn_NW_026528385v1 49
chrUn_NW_026528390v1 40
chrUn_NW_026528393v1 16
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 9
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 42
chrUn_NW_026528431v1 230
chrUn_NW_026528432v1 462
chrUn_NW_026528433v1 9091
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 255
chrUn_NW_026528558v1 1146
chrUn_NW_026528559v1 56
chrUn_NW_026528561v1 277
chrUn_NW_026528588v1 16
chrUn_NW_026528589v1 11
chrUn_NW_026528590v1 1343
chrUn_NW_026528596v1 1576
chrUn_NW_026528609v1 28
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 60
chrUn_NW_026528631v1 466
chrUn_NW_026528634v1 179
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 16
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 14
chrUn_NW_026528670v1 7
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 384
chrUn_NW_026528737v1 95
chrUn_NW_026528739v1 22
chrUn_NW_026528745v1 11
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 10
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 83
chrUn_NW_026528772v1 19
chrUn_NW_026528775v1 16
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 16
chrUn_NW_026528786v1 22
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 71
chrUn_NW_026528795v1 101
chrUn_NW_026528796v1 212
chrUn_NW_026528797v1 3467
chrUn_NW_026528798v1 1869
chrUn_NW_026528799v1 427
chrUn_NW_026528880v1 45
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 122
chrUn_NW_026528888v1 27
chrUn_NW_026528889v1 14
chrUn_NW_026528891v1 46
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 439
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 21
chrUn_NW_026528900v1 243
chrUn_NW_026528902v1 204
chrUn_NW_026528903v1 785
chrUn_NW_026528917v1 203
chrUn_NW_026528926v1 48
chrUn_NW_026528928v1 534
chrUn_NW_026528937v1 61
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 8
chrUn_NW_026528957v1 633
chrUn_NW_026528960v1 736
chrUn_NW_026528975v1 90
chrUn_NW_026528984v1 59
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 88
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528996v1 21
chrUn_NW_026529007v1 627
chrUn_NW_026529008v1 5182
chrUn_NW_026529013v1 40
chrUn_NW_026529015v1 77
chrUn_NW_026529016v1 672
chrUn_NW_026529060v1 1879
chrUn_NW_026529081v1 406
chrUn_NW_026529085v1 1378
chrX 4416400
chrX_NW_026527892v1_random 223
chrX_NW_026527894v1_random 501
chrX_NW_026527897v1_random 84
chrY 90385
chrY_NW_026527906v1_random 2
chrY_NW_026527909v1_random 47
chrY_NW_026527911v1_random 309
chrY_NW_026527913v1_random 241
chrY_NW_026527914v1_random 370
chrY_NW_026527915v1_random 19
chrY_NW_026527916v1_random 83
chrY_NW_026527918v1_random 42
chrY_NW_026527919v1_random 413
chrY_NW_026527927v1_random 37
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 123
chrY_NW_026527938v1_random 255
chrY_NW_026527939v1_random 15
chrY_NW_026527942v1_random 354
chrY_NW_026527945v1_random 12
chrY_NW_026527948v1_random 73
chrY_NW_026527949v1_random 191
chrY_NW_026527950v1_random 1544
chrY_NW_026527951v1_random 109
chrY_NW_026527955v1_random 149
chrY_NW_026527956v1_random 6295
chrY_NW_026527958v1_random 2685
chrY_NW_026527960v1_random 71
chrY_NW_026527961v1_random 202
chrY_NW_026527966v1_random 30779
chrY_NW_026527967v1_random 207
chrY_NW_026527968v1_random 1326
chrY_NW_026527969v1_random 133
chrY_NW_026527974v1_random 56
chrY_NW_026527980v1_random 42

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 236128159 1 5041 158 132
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0024_2.gz 2.15 GB a1da1ca9a3aa095e0268c096e0b81488
P0024_2.gz.tbi 1.04 MB 28fe4aa170063860e991491d2c1e4ab0
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 58a0f937e1843f40dc02e84e8a81b108
statistics/