Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0025_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0025_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0025_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0025_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGTATCCGTAAGCACC-P0025_1, GGGATTAAGTATTGGC-P0025_1, TACCTCATCCGCATGA-P0025_1, TGAGTTTCACTCGCTC-P0025_1, GTAGGTGCAAATACCT-P0025_1 (top 5 of 5040 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
114,336,699
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 114336699
chr1 9249381
chr2 7224537
chr3 4955620
chr4 6014497
chr5 10136464
chr6 5638238
chr7 7612614
chr8 4121093
chr9 5464452
chr10 6240327
chr11 6317666
chr12 6378639
chr13 4069190
chr14 4228503
chr15 4403630
chr16 3117603
chr17 2378375
chr18 2299230
chr19 2451095
chr20 2393935
chr21 1555649
chr22 5861211
chrUn_NW_026528016v1 12
chrUn_NW_026528017v1 234
chrUn_NW_026528021v1 437
chrUn_NW_026528026v1 181
chrUn_NW_026528029v1 307
chrUn_NW_026528038v1 208
chrUn_NW_026528039v1 361
chrUn_NW_026528065v1 243
chrUn_NW_026528075v1 81
chrUn_NW_026528103v1 12
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 35
chrUn_NW_026528140v1 605
chrUn_NW_026528210v1 51
chrUn_NW_026528215v1 126
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 12
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 37
chrUn_NW_026528226v1 147
chrUn_NW_026528228v1 58
chrUn_NW_026528230v1 115
chrUn_NW_026528232v1 502
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 377
chrUn_NW_026528285v1 23
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 71
chrUn_NW_026528296v1 10129
chrUn_NW_026528310v1 55
chrUn_NW_026528320v1 8
chrUn_NW_026528327v1 16
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 16
chrUn_NW_026528338v1 20
chrUn_NW_026528339v1 17
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 20
chrUn_NW_026528356v1 9
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 135
chrUn_NW_026528370v1 166
chrUn_NW_026528371v1 556
chrUn_NW_026528372v1 150
chrUn_NW_026528373v1 373
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 19
chrUn_NW_026528385v1 24
chrUn_NW_026528390v1 17
chrUn_NW_026528393v1 10
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 27
chrUn_NW_026528431v1 149
chrUn_NW_026528432v1 364
chrUn_NW_026528433v1 6145
chrUn_NW_026528480v1 154
chrUn_NW_026528558v1 640
chrUn_NW_026528559v1 40
chrUn_NW_026528561v1 129
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 759
chrUn_NW_026528596v1 721
chrUn_NW_026528609v1 7
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 27
chrUn_NW_026528631v1 158
chrUn_NW_026528634v1 87
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 20
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 12
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 151
chrUn_NW_026528737v1 109
chrUn_NW_026528739v1 24
chrUn_NW_026528745v1 7
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 7
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528755v1 44
chrUn_NW_026528772v1 10
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 9
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528793v1 43
chrUn_NW_026528795v1 46
chrUn_NW_026528796v1 97
chrUn_NW_026528797v1 2106
chrUn_NW_026528798v1 1031
chrUn_NW_026528799v1 158
chrUn_NW_026528880v1 16
chrUn_NW_026528882v1 7
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 61
chrUn_NW_026528888v1 30
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 16
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 224
chrUn_NW_026528899v1 15
chrUn_NW_026528900v1 104
chrUn_NW_026528902v1 99
chrUn_NW_026528903v1 573
chrUn_NW_026528917v1 173
chrUn_NW_026528926v1 26
chrUn_NW_026528928v1 274
chrUn_NW_026528937v1 35
chrUn_NW_026528938v1 5
chrUn_NW_026528950v1 11
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 315
chrUn_NW_026528960v1 210
chrUn_NW_026528975v1 29
chrUn_NW_026528984v1 23
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 5
chrUn_NW_026528988v1 52
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 13
chrUn_NW_026529007v1 296
chrUn_NW_026529008v1 3239
chrUn_NW_026529013v1 19
chrUn_NW_026529015v1 36
chrUn_NW_026529016v1 357
chrUn_NW_026529060v1 804
chrUn_NW_026529081v1 179
chrUn_NW_026529085v1 576
chrX 2088302
chrX_NW_026527892v1_random 115
chrX_NW_026527894v1_random 281
chrX_NW_026527897v1_random 48
chrY 48438
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 28
chrY_NW_026527911v1_random 112
chrY_NW_026527913v1_random 146
chrY_NW_026527914v1_random 177
chrY_NW_026527915v1_random 8
chrY_NW_026527916v1_random 50
chrY_NW_026527918v1_random 25
chrY_NW_026527919v1_random 171
chrY_NW_026527927v1_random 16
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 45
chrY_NW_026527938v1_random 172
chrY_NW_026527939v1_random 6
chrY_NW_026527942v1_random 188
chrY_NW_026527945v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 42
chrY_NW_026527949v1_random 54
chrY_NW_026527950v1_random 1215
chrY_NW_026527951v1_random 87
chrY_NW_026527955v1_random 126
chrY_NW_026527956v1_random 7858
chrY_NW_026527958v1_random 3477
chrY_NW_026527960v1_random 43
chrY_NW_026527961v1_random 166
chrY_NW_026527966v1_random 35129
chrY_NW_026527967v1_random 97
chrY_NW_026527968v1_random 662
chrY_NW_026527969v1_random 78
chrY_NW_026527974v1_random 30
chrY_NW_026527980v1_random 22

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 114336699 1 5029 151.6 119
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0025_1.h5ad.gz 1.03 GB 600f5000ecd8985b20487569e38075c5
P0025_1.h5ad.gz.tbi 773.13 KB 67e672a46ff0317140d69437cdfcfc0d
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 8c4ac23c72dba20dca21449540dc4192
statistics/