Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0025_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0025_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0025_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0025_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGTATCCGTAAGCACC-P0025_1, GGGATTAAGTATTGGC-P0025_1, TACCTCATCCGCATGA-P0025_1, TGAGTTTCACTCGCTC-P0025_1, GTAGGTGCAAATACCT-P0025_1 (top 5 of 5984 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
160,323,704
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 160323704
chr1 12928893
chr2 10223132
chr3 6962033
chr4 8463770
chr5 14200909
chr6 7969924
chr7 10700714
chr8 5833131
chr9 7767138
chr10 8673897
chr11 8748255
chr12 8863670
chr13 5741453
chr14 5923455
chr15 6234327
chr16 4411734
chr17 3364277
chr18 3232149
chr19 3403381
chr20 3326338
chr21 2212291
chr22 7946530
chrUn_NW_026528016v1 18
chrUn_NW_026528017v1 338
chrUn_NW_026528021v1 688
chrUn_NW_026528026v1 267
chrUn_NW_026528029v1 461
chrUn_NW_026528038v1 324
chrUn_NW_026528039v1 568
chrUn_NW_026528065v1 294
chrUn_NW_026528075v1 108
chrUn_NW_026528103v1 21
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 55
chrUn_NW_026528140v1 749
chrUn_NW_026528210v1 71
chrUn_NW_026528215v1 202
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 50
chrUn_NW_026528226v1 247
chrUn_NW_026528228v1 84
chrUn_NW_026528230v1 166
chrUn_NW_026528232v1 758
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 518
chrUn_NW_026528285v1 33
chrUn_NW_026528292v1 15
chrUn_NW_026528295v1 97
chrUn_NW_026528296v1 13880
chrUn_NW_026528310v1 69
chrUn_NW_026528320v1 15
chrUn_NW_026528327v1 22
chrUn_NW_026528332v1 6
chrUn_NW_026528335v1 23
chrUn_NW_026528338v1 28
chrUn_NW_026528339v1 21
chrUn_NW_026528345v1 10
chrUn_NW_026528347v1 22
chrUn_NW_026528350v1 24
chrUn_NW_026528353v1 28
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528358v1 5
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 180
chrUn_NW_026528370v1 207
chrUn_NW_026528371v1 876
chrUn_NW_026528372v1 250
chrUn_NW_026528373v1 685
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 23
chrUn_NW_026528385v1 34
chrUn_NW_026528390v1 25
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 6
chrUn_NW_026528412v1 8
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 33
chrUn_NW_026528431v1 232
chrUn_NW_026528432v1 504
chrUn_NW_026528433v1 7023
chrUn_NW_026528480v1 238
chrUn_NW_026528558v1 960
chrUn_NW_026528559v1 79
chrUn_NW_026528561v1 203
chrUn_NW_026528588v1 20
chrUn_NW_026528589v1 9
chrUn_NW_026528590v1 1067
chrUn_NW_026528596v1 1057
chrUn_NW_026528609v1 13
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 16
chrUn_NW_026528621v1 40
chrUn_NW_026528631v1 230
chrUn_NW_026528634v1 129
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 24
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 11
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 14
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 245
chrUn_NW_026528737v1 183
chrUn_NW_026528739v1 29
chrUn_NW_026528745v1 7
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 7
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 72
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 14
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 14
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 12
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528793v1 56
chrUn_NW_026528795v1 69
chrUn_NW_026528796v1 136
chrUn_NW_026528797v1 2834
chrUn_NW_026528798v1 1405
chrUn_NW_026528799v1 221
chrUn_NW_026528880v1 27
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 87
chrUn_NW_026528888v1 37
chrUn_NW_026528889v1 8
chrUn_NW_026528891v1 29
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 359
chrUn_NW_026528899v1 21
chrUn_NW_026528900v1 152
chrUn_NW_026528902v1 130
chrUn_NW_026528903v1 993
chrUn_NW_026528917v1 341
chrUn_NW_026528926v1 40
chrUn_NW_026528928v1 402
chrUn_NW_026528937v1 51
chrUn_NW_026528938v1 5
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 457
chrUn_NW_026528960v1 270
chrUn_NW_026528975v1 68
chrUn_NW_026528984v1 34
chrUn_NW_026528985v1 7
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 79
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528992v1 12
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 20
chrUn_NW_026529007v1 390
chrUn_NW_026529008v1 4584
chrUn_NW_026529013v1 24
chrUn_NW_026529015v1 46
chrUn_NW_026529016v1 560
chrUn_NW_026529060v1 1210
chrUn_NW_026529081v1 267
chrUn_NW_026529085v1 871
chrX 3011684
chrX_NW_026527892v1_random 173
chrX_NW_026527894v1_random 481
chrX_NW_026527897v1_random 64
chrY 68018
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 37
chrY_NW_026527911v1_random 163
chrY_NW_026527913v1_random 261
chrY_NW_026527914v1_random 256
chrY_NW_026527915v1_random 13
chrY_NW_026527916v1_random 59
chrY_NW_026527918v1_random 36
chrY_NW_026527919v1_random 224
chrY_NW_026527927v1_random 27
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 68
chrY_NW_026527938v1_random 259
chrY_NW_026527939v1_random 9
chrY_NW_026527942v1_random 280
chrY_NW_026527945v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 62
chrY_NW_026527949v1_random 82
chrY_NW_026527950v1_random 1984
chrY_NW_026527951v1_random 123
chrY_NW_026527955v1_random 186
chrY_NW_026527956v1_random 8812
chrY_NW_026527958v1_random 3847
chrY_NW_026527960v1_random 68
chrY_NW_026527961v1_random 244
chrY_NW_026527966v1_random 41857
chrY_NW_026527967v1_random 149
chrY_NW_026527968v1_random 968
chrY_NW_026527969v1_random 105
chrY_NW_026527974v1_random 39
chrY_NW_026527980v1_random 32

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 160323704 1 5039 152.21 121
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0025_1.gz 1.45 GB 1d1371c7e1a4834833cfa95726e75ef3
P0025_1.gz.tbi 890.93 KB bdec927f83e90703e96751ed4a48a222
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 1ec05def3848cf1f0a81f7f919591593
statistics/