Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0025_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0025_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0025_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0025_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AATTCGTCACCAGCAT-P0025_2, AGCAATTGTCCCGGAA-P0025_2, TGTGCTGAGTGAACGA-P0025_2, TGAGAACCATCGTTCT-P0025_2, AGCGGATAGGTGAAGC-P0025_2 (top 5 of 4833 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
118,240,449
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 118240449
chr1 9559860
chr2 7468366
chr3 5064544
chr4 6257607
chr5 10582401
chr6 5704418
chr7 7839182
chr8 4258821
chr9 5650518
chr10 6454413
chr11 6550040
chr12 6550457
chr13 4209704
chr14 4366597
chr15 4605283
chr16 3216532
chr17 2460517
chr18 2415955
chr19 2554355
chr20 2435936
chr21 1613853
chr22 6111333
chrUn_NW_026528016v1 21
chrUn_NW_026528017v1 235
chrUn_NW_026528021v1 521
chrUn_NW_026528026v1 188
chrUn_NW_026528029v1 279
chrUn_NW_026528038v1 222
chrUn_NW_026528039v1 406
chrUn_NW_026528065v1 245
chrUn_NW_026528075v1 69
chrUn_NW_026528103v1 11
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 25
chrUn_NW_026528140v1 511
chrUn_NW_026528210v1 50
chrUn_NW_026528215v1 162
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 14
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 31
chrUn_NW_026528226v1 185
chrUn_NW_026528228v1 88
chrUn_NW_026528230v1 90
chrUn_NW_026528232v1 709
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 418
chrUn_NW_026528285v1 21
chrUn_NW_026528292v1 8
chrUn_NW_026528295v1 71
chrUn_NW_026528296v1 10534
chrUn_NW_026528310v1 40
chrUn_NW_026528320v1 11
chrUn_NW_026528327v1 10
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 16
chrUn_NW_026528338v1 22
chrUn_NW_026528339v1 18
chrUn_NW_026528345v1 7
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 10
chrUn_NW_026528353v1 15
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 126
chrUn_NW_026528370v1 166
chrUn_NW_026528371v1 663
chrUn_NW_026528372v1 149
chrUn_NW_026528373v1 361
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528384v1 25
chrUn_NW_026528385v1 23
chrUn_NW_026528390v1 17
chrUn_NW_026528393v1 6
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 17
chrUn_NW_026528431v1 125
chrUn_NW_026528432v1 439
chrUn_NW_026528433v1 5562
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528480v1 139
chrUn_NW_026528558v1 624
chrUn_NW_026528559v1 61
chrUn_NW_026528561v1 118
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 14
chrUn_NW_026528590v1 766
chrUn_NW_026528596v1 723
chrUn_NW_026528609v1 14
chrUn_NW_026528615v1 4
chrUn_NW_026528621v1 50
chrUn_NW_026528631v1 188
chrUn_NW_026528634v1 77
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 16
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 6
chrUn_NW_026528719v1 193
chrUn_NW_026528737v1 144
chrUn_NW_026528739v1 10
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 7
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 2
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 48
chrUn_NW_026528772v1 10
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 14
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 13
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 47
chrUn_NW_026528795v1 47
chrUn_NW_026528796v1 88
chrUn_NW_026528797v1 1928
chrUn_NW_026528798v1 1034
chrUn_NW_026528799v1 172
chrUn_NW_026528880v1 23
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 55
chrUn_NW_026528888v1 24
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 25
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 306
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 17
chrUn_NW_026528900v1 111
chrUn_NW_026528902v1 94
chrUn_NW_026528903v1 600
chrUn_NW_026528917v1 294
chrUn_NW_026528926v1 45
chrUn_NW_026528928v1 299
chrUn_NW_026528937v1 38
chrUn_NW_026528938v1 3
chrUn_NW_026528950v1 8
chrUn_NW_026528952v1 6
chrUn_NW_026528957v1 346
chrUn_NW_026528960v1 215
chrUn_NW_026528975v1 47
chrUn_NW_026528984v1 27
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 43
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 5
chrUn_NW_026528994v1 7
chrUn_NW_026528996v1 15
chrUn_NW_026529007v1 339
chrUn_NW_026529008v1 3156
chrUn_NW_026529013v1 30
chrUn_NW_026529015v1 38
chrUn_NW_026529016v1 349
chrUn_NW_026529060v1 812
chrUn_NW_026529081v1 204
chrUn_NW_026529085v1 627
chrX 2172902
chrX_NW_026527892v1_random 160
chrX_NW_026527894v1_random 270
chrX_NW_026527897v1_random 92
chrY 50368
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 39
chrY_NW_026527911v1_random 126
chrY_NW_026527913v1_random 138
chrY_NW_026527914v1_random 178
chrY_NW_026527915v1_random 10
chrY_NW_026527916v1_random 48
chrY_NW_026527918v1_random 33
chrY_NW_026527919v1_random 185
chrY_NW_026527927v1_random 25
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 55
chrY_NW_026527938v1_random 163
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 235
chrY_NW_026527945v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 43
chrY_NW_026527949v1_random 61
chrY_NW_026527950v1_random 1394
chrY_NW_026527951v1_random 111
chrY_NW_026527955v1_random 109
chrY_NW_026527956v1_random 7326
chrY_NW_026527958v1_random 3039
chrY_NW_026527960v1_random 40
chrY_NW_026527961v1_random 195
chrY_NW_026527966v1_random 33500
chrY_NW_026527967v1_random 110
chrY_NW_026527968v1_random 748
chrY_NW_026527969v1_random 61
chrY_NW_026527974v1_random 41
chrY_NW_026527980v1_random 27

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 118240449 1 5040 149.16 112
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0025_2.h5ad.gz 1.05 GB d2b438d58de04386c2650aba96f0f8b7
P0025_2.h5ad.gz.tbi 780.16 KB b0dfbe64c279872496dcbc40e62aaa40
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB e5d3f9021979d545172a812b8fef3a4e
statistics/