Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0025_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0025_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0025_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0025_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AATTCGTCACCAGCAT-P0025_2, AGCAATTGTCCCGGAA-P0025_2, TGTGCTGAGTGAACGA-P0025_2, TGAGAACCATCGTTCT-P0025_2, AGCGGATAGGTGAAGC-P0025_2 (top 5 of 5863 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
169,061,176
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 169061176
chr1 13632715
chr2 10798477
chr3 7298845
chr4 8970603
chr5 15029361
chr6 8270662
chr7 11269275
chr8 6141647
chr9 8159872
chr10 9182275
chr11 9267491
chr12 9257653
chr13 6072649
chr14 6255343
chr15 6618434
chr16 4675589
chr17 3531730
chr18 3429363
chr19 3615647
chr20 3492067
chr21 2346081
chr22 8370774
chrUn_NW_026528016v1 30
chrUn_NW_026528017v1 350
chrUn_NW_026528021v1 807
chrUn_NW_026528026v1 287
chrUn_NW_026528029v1 460
chrUn_NW_026528038v1 373
chrUn_NW_026528039v1 652
chrUn_NW_026528065v1 305
chrUn_NW_026528075v1 120
chrUn_NW_026528103v1 19
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 34
chrUn_NW_026528140v1 695
chrUn_NW_026528210v1 68
chrUn_NW_026528215v1 234
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 20
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 59
chrUn_NW_026528226v1 287
chrUn_NW_026528228v1 124
chrUn_NW_026528230v1 135
chrUn_NW_026528232v1 1011
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 586
chrUn_NW_026528285v1 30
chrUn_NW_026528292v1 16
chrUn_NW_026528295v1 102
chrUn_NW_026528296v1 14778
chrUn_NW_026528310v1 66
chrUn_NW_026528320v1 12
chrUn_NW_026528327v1 15
chrUn_NW_026528332v1 10
chrUn_NW_026528335v1 28
chrUn_NW_026528338v1 29
chrUn_NW_026528339v1 24
chrUn_NW_026528345v1 18
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 19
chrUn_NW_026528353v1 33
chrUn_NW_026528356v1 17
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 213
chrUn_NW_026528370v1 208
chrUn_NW_026528371v1 1036
chrUn_NW_026528372v1 260
chrUn_NW_026528373v1 677
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528384v1 31
chrUn_NW_026528385v1 32
chrUn_NW_026528390v1 25
chrUn_NW_026528393v1 9
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 8
chrUn_NW_026528412v1 5
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 26
chrUn_NW_026528431v1 210
chrUn_NW_026528432v1 632
chrUn_NW_026528433v1 6502
chrUn_NW_026528440v1 5
chrUn_NW_026528480v1 258
chrUn_NW_026528558v1 1026
chrUn_NW_026528559v1 90
chrUn_NW_026528561v1 202
chrUn_NW_026528588v1 20
chrUn_NW_026528589v1 25
chrUn_NW_026528590v1 1036
chrUn_NW_026528596v1 1157
chrUn_NW_026528609v1 19
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 67
chrUn_NW_026528631v1 279
chrUn_NW_026528634v1 127
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 20
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 11
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 321
chrUn_NW_026528737v1 232
chrUn_NW_026528739v1 22
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 5
chrUn_NW_026528755v1 68
chrUn_NW_026528772v1 15
chrUn_NW_026528775v1 14
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 23
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 20
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 71
chrUn_NW_026528795v1 60
chrUn_NW_026528796v1 138
chrUn_NW_026528797v1 2694
chrUn_NW_026528798v1 1475
chrUn_NW_026528799v1 253
chrUn_NW_026528880v1 34
chrUn_NW_026528882v1 6
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 87
chrUn_NW_026528888v1 33
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 49
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 390
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 26
chrUn_NW_026528900v1 180
chrUn_NW_026528902v1 141
chrUn_NW_026528903v1 1057
chrUn_NW_026528917v1 513
chrUn_NW_026528926v1 52
chrUn_NW_026528928v1 522
chrUn_NW_026528937v1 62
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 12
chrUn_NW_026528957v1 569
chrUn_NW_026528960v1 292
chrUn_NW_026528975v1 77
chrUn_NW_026528984v1 42
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 64
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 8
chrUn_NW_026528996v1 27
chrUn_NW_026529007v1 446
chrUn_NW_026529008v1 4558
chrUn_NW_026529013v1 40
chrUn_NW_026529015v1 60
chrUn_NW_026529016v1 568
chrUn_NW_026529060v1 1252
chrUn_NW_026529081v1 290
chrUn_NW_026529085v1 961
chrX 3189838
chrX_NW_026527892v1_random 235
chrX_NW_026527894v1_random 465
chrX_NW_026527897v1_random 104
chrY 71669
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 50
chrY_NW_026527911v1_random 177
chrY_NW_026527913v1_random 231
chrY_NW_026527914v1_random 264
chrY_NW_026527915v1_random 15
chrY_NW_026527916v1_random 76
chrY_NW_026527918v1_random 51
chrY_NW_026527919v1_random 241
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 81
chrY_NW_026527938v1_random 270
chrY_NW_026527939v1_random 11
chrY_NW_026527942v1_random 344
chrY_NW_026527945v1_random 15
chrY_NW_026527948v1_random 53
chrY_NW_026527949v1_random 82
chrY_NW_026527950v1_random 2194
chrY_NW_026527951v1_random 154
chrY_NW_026527955v1_random 179
chrY_NW_026527956v1_random 8194
chrY_NW_026527958v1_random 3442
chrY_NW_026527960v1_random 61
chrY_NW_026527961v1_random 272
chrY_NW_026527966v1_random 40203
chrY_NW_026527967v1_random 154
chrY_NW_026527968v1_random 1108
chrY_NW_026527969v1_random 98
chrY_NW_026527974v1_random 63
chrY_NW_026527980v1_random 35

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 169061176 1 5040 150.22 115
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0025_2.gz 1.51 GB 080f54cb39631dfdf8cf446565090f36
P0025_2.gz.tbi 908.36 KB 481a6e519ed92e32af9b523a9f20a72d
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 3527205f88ac1b5f8aa7b6da495bd40e
statistics/