Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0028_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0028_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0028_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0028_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGGCCTAGTTATCGAG-P0028_1, TGCACTTGTCCAAGAC-P0028_1, ACCAATATCAATGACC-P0028_1, TCTGGCTTCTGCAACG-P0028_1, TTCGTGCTCCGCACAA-P0028_1 (top 5 of 2307 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
68,557,713
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 68557713
chr1 5434549
chr2 4527138
chr3 3212461
chr4 3739001
chr5 5701135
chr6 3506817
chr7 4492618
chr8 2701137
chr9 3369480
chr10 3748874
chr11 3675846
chr12 3643460
chr13 2630372
chr14 2631229
chr15 2642567
chr16 2005752
chr17 1538398
chr18 1339671
chr19 1415886
chr20 1351524
chr21 995281
chr22 2844879
chrUn_NW_026528016v1 8
chrUn_NW_026528017v1 118
chrUn_NW_026528021v1 233
chrUn_NW_026528026v1 129
chrUn_NW_026528029v1 231
chrUn_NW_026528038v1 160
chrUn_NW_026528039v1 277
chrUn_NW_026528065v1 153
chrUn_NW_026528075v1 46
chrUn_NW_026528103v1 12
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 17
chrUn_NW_026528140v1 302
chrUn_NW_026528210v1 21
chrUn_NW_026528215v1 139
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 12
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528224v1 1
chrUn_NW_026528225v1 32
chrUn_NW_026528226v1 35
chrUn_NW_026528228v1 38
chrUn_NW_026528230v1 110
chrUn_NW_026528232v1 652
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 182
chrUn_NW_026528285v1 20
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 52
chrUn_NW_026528296v1 5070
chrUn_NW_026528310v1 28
chrUn_NW_026528320v1 14
chrUn_NW_026528327v1 5
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 4
chrUn_NW_026528339v1 8
chrUn_NW_026528345v1 2
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 7
chrUn_NW_026528353v1 8
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 65
chrUn_NW_026528370v1 66
chrUn_NW_026528371v1 299
chrUn_NW_026528372v1 116
chrUn_NW_026528373v1 314
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 9
chrUn_NW_026528385v1 28
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 20
chrUn_NW_026528431v1 91
chrUn_NW_026528432v1 224
chrUn_NW_026528433v1 2590
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 105
chrUn_NW_026528558v1 492
chrUn_NW_026528559v1 25
chrUn_NW_026528561v1 95
chrUn_NW_026528588v1 10
chrUn_NW_026528589v1 13
chrUn_NW_026528590v1 753
chrUn_NW_026528596v1 590
chrUn_NW_026528609v1 12
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 6
chrUn_NW_026528621v1 21
chrUn_NW_026528631v1 128
chrUn_NW_026528634v1 102
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 14
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 3
chrUn_NW_026528719v1 129
chrUn_NW_026528737v1 32
chrUn_NW_026528739v1 11
chrUn_NW_026528745v1 7
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 1
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 41
chrUn_NW_026528772v1 6
chrUn_NW_026528775v1 6
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 8
chrUn_NW_026528786v1 7
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 50
chrUn_NW_026528795v1 28
chrUn_NW_026528796v1 48
chrUn_NW_026528797v1 941
chrUn_NW_026528798v1 526
chrUn_NW_026528799v1 117
chrUn_NW_026528880v1 18
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 42
chrUn_NW_026528888v1 11
chrUn_NW_026528889v1 7
chrUn_NW_026528891v1 36
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 246
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 7
chrUn_NW_026528900v1 73
chrUn_NW_026528902v1 90
chrUn_NW_026528903v1 321
chrUn_NW_026528917v1 72
chrUn_NW_026528926v1 29
chrUn_NW_026528928v1 203
chrUn_NW_026528937v1 19
chrUn_NW_026528938v1 2
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 284
chrUn_NW_026528960v1 188
chrUn_NW_026528975v1 36
chrUn_NW_026528984v1 21
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 5
chrUn_NW_026528988v1 52
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 5
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528996v1 19
chrUn_NW_026529007v1 166
chrUn_NW_026529008v1 1590
chrUn_NW_026529013v1 18
chrUn_NW_026529015v1 23
chrUn_NW_026529016v1 244
chrUn_NW_026529060v1 642
chrUn_NW_026529081v1 151
chrUn_NW_026529085v1 512
chrX 1345962
chrX_NW_026527892v1_random 75
chrX_NW_026527894v1_random 236
chrX_NW_026527897v1_random 33
chrY 27823
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 32
chrY_NW_026527911v1_random 76
chrY_NW_026527913v1_random 111
chrY_NW_026527914v1_random 133
chrY_NW_026527915v1_random 10
chrY_NW_026527916v1_random 25
chrY_NW_026527918v1_random 24
chrY_NW_026527919v1_random 102
chrY_NW_026527927v1_random 21
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 30
chrY_NW_026527938v1_random 118
chrY_NW_026527939v1_random 3
chrY_NW_026527942v1_random 157
chrY_NW_026527945v1_random 7
chrY_NW_026527948v1_random 17
chrY_NW_026527949v1_random 53
chrY_NW_026527950v1_random 438
chrY_NW_026527951v1_random 64
chrY_NW_026527955v1_random 81
chrY_NW_026527956v1_random 1834
chrY_NW_026527958v1_random 737
chrY_NW_026527960v1_random 25
chrY_NW_026527961v1_random 117
chrY_NW_026527966v1_random 8868
chrY_NW_026527967v1_random 92
chrY_NW_026527968v1_random 637
chrY_NW_026527969v1_random 27
chrY_NW_026527974v1_random 36
chrY_NW_026527980v1_random 18

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 68557713 1 5039 151.35 138
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0028_1.h5ad.gz 658.44 MB 23a4c9d41e0e016b0d8ade0adeb10858
P0028_1.h5ad.gz.tbi 654.86 KB 7aa01021f5d6fb2e6691d69f6b88b6e8
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 39f454c4da3a244ee94feea5f0dc032d
statistics/