Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0028_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0028_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0028_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0028_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AAGTTTGTCGGCTAGC-P0028_1, CGCTTAACACACAATT-P0028_1, CACTAGCCATAGACCC-P0028_1, GGGCCTAGTTATCGAG-P0028_1, CATTTGTTCTTCAATC-P0028_1 (top 5 of 3802 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
141,407,958
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 141407958
chr1 11298637
chr2 9426978
chr3 6807152
chr4 7734592
chr5 11619644
chr6 7405052
chr7 9165408
chr8 5682219
chr9 6935106
chr10 7695720
chr11 7518360
chr12 7386767
chr13 5478801
chr14 5458172
chr15 5448108
chr16 4217746
chr17 3229107
chr18 2698712
chr19 2913713
chr20 2801872
chr21 2085027
chr22 5353857
chrUn_NW_026528016v1 20
chrUn_NW_026528017v1 254
chrUn_NW_026528021v1 580
chrUn_NW_026528026v1 281
chrUn_NW_026528029v1 409
chrUn_NW_026528038v1 357
chrUn_NW_026528039v1 579
chrUn_NW_026528065v1 230
chrUn_NW_026528075v1 94
chrUn_NW_026528103v1 21
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 40
chrUn_NW_026528140v1 600
chrUn_NW_026528210v1 65
chrUn_NW_026528215v1 253
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 21
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 75
chrUn_NW_026528226v1 59
chrUn_NW_026528228v1 96
chrUn_NW_026528230v1 231
chrUn_NW_026528232v1 1114
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 425
chrUn_NW_026528285v1 33
chrUn_NW_026528292v1 14
chrUn_NW_026528295v1 96
chrUn_NW_026528296v1 9945
chrUn_NW_026528310v1 64
chrUn_NW_026528320v1 25
chrUn_NW_026528327v1 14
chrUn_NW_026528332v1 14
chrUn_NW_026528335v1 20
chrUn_NW_026528338v1 17
chrUn_NW_026528339v1 20
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 15
chrUn_NW_026528350v1 13
chrUn_NW_026528353v1 23
chrUn_NW_026528356v1 15
chrUn_NW_026528358v1 6
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 139
chrUn_NW_026528370v1 115
chrUn_NW_026528371v1 591
chrUn_NW_026528372v1 300
chrUn_NW_026528373v1 812
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 30
chrUn_NW_026528385v1 49
chrUn_NW_026528390v1 48
chrUn_NW_026528393v1 21
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 10
chrUn_NW_026528413v1 9
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 58
chrUn_NW_026528431v1 179
chrUn_NW_026528432v1 442
chrUn_NW_026528433v1 4071
chrUn_NW_026528440v1 4
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 232
chrUn_NW_026528558v1 984
chrUn_NW_026528559v1 50
chrUn_NW_026528561v1 251
chrUn_NW_026528588v1 28
chrUn_NW_026528589v1 23
chrUn_NW_026528590v1 1493
chrUn_NW_026528596v1 1267
chrUn_NW_026528609v1 26
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 37
chrUn_NW_026528631v1 266
chrUn_NW_026528634v1 199
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 23
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 283
chrUn_NW_026528737v1 83
chrUn_NW_026528739v1 25
chrUn_NW_026528745v1 14
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 9
chrUn_NW_026528754v1 5
chrUn_NW_026528755v1 83
chrUn_NW_026528772v1 16
chrUn_NW_026528775v1 11
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 17
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 15
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 96
chrUn_NW_026528795v1 83
chrUn_NW_026528796v1 123
chrUn_NW_026528797v1 2384
chrUn_NW_026528798v1 1031
chrUn_NW_026528799v1 211
chrUn_NW_026528880v1 28
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 96
chrUn_NW_026528888v1 19
chrUn_NW_026528889v1 20
chrUn_NW_026528891v1 68
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 543
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 9
chrUn_NW_026528900v1 189
chrUn_NW_026528902v1 161
chrUn_NW_026528903v1 847
chrUn_NW_026528917v1 129
chrUn_NW_026528926v1 56
chrUn_NW_026528928v1 450
chrUn_NW_026528937v1 45
chrUn_NW_026528938v1 5
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 572
chrUn_NW_026528960v1 322
chrUn_NW_026528975v1 75
chrUn_NW_026528984v1 62
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 104
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 12
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 35
chrUn_NW_026529007v1 331
chrUn_NW_026529008v1 3685
chrUn_NW_026529013v1 29
chrUn_NW_026529015v1 59
chrUn_NW_026529016v1 525
chrUn_NW_026529060v1 1312
chrUn_NW_026529081v1 323
chrUn_NW_026529085v1 1016
chrX 2920444
chrX_NW_026527892v1_random 207
chrX_NW_026527894v1_random 544
chrX_NW_026527897v1_random 89
chrY 59467
chrY_NW_026527906v1_random 15
chrY_NW_026527909v1_random 58
chrY_NW_026527911v1_random 164
chrY_NW_026527913v1_random 445
chrY_NW_026527914v1_random 282
chrY_NW_026527915v1_random 24
chrY_NW_026527916v1_random 58
chrY_NW_026527918v1_random 43
chrY_NW_026527919v1_random 169
chrY_NW_026527927v1_random 46
chrY_NW_026527928v1_random 6
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 72
chrY_NW_026527938v1_random 275
chrY_NW_026527939v1_random 17
chrY_NW_026527942v1_random 342
chrY_NW_026527945v1_random 19
chrY_NW_026527948v1_random 37
chrY_NW_026527949v1_random 88
chrY_NW_026527950v1_random 832
chrY_NW_026527951v1_random 143
chrY_NW_026527955v1_random 177
chrY_NW_026527956v1_random 2306
chrY_NW_026527958v1_random 944
chrY_NW_026527960v1_random 61
chrY_NW_026527961v1_random 272
chrY_NW_026527966v1_random 13976
chrY_NW_026527967v1_random 203
chrY_NW_026527968v1_random 1446
chrY_NW_026527969v1_random 79
chrY_NW_026527974v1_random 61
chrY_NW_026527980v1_random 43

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 141407958 1 5039 153.03 141
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0028_1.gz 1.33 GB 146aacca2f9ab51eb8b6cc4e0c62ea20
P0028_1.gz.tbi 873.12 KB 23939c6e2462da0d4c5c8e543cc72a72
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 13155beb4f4638864b85105f461d50b6
statistics/