Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0030_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0030_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0030_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0030_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTCTTTAGTCATGCCC-P0030_1, CCGTTATGTTGGATCA-P0030_1, TTGTGTGCAGCATGGA-P0030_1, GATGACTTCACCGGTA-P0030_1, CTCGCTAGTGTTTGCT-P0030_1 (top 5 of 5129 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
158,109,785
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 158109785
chr1 12788030
chr2 10299202
chr3 7299194
chr4 8298145
chr5 13473061
chr6 8074440
chr7 10513343
chr8 6141002
chr9 7758960
chr10 8473139
chr11 8481132
chr12 8462199
chr13 5947262
chr14 5950104
chr15 6176459
chr16 4624313
chr17 3431341
chr18 3040445
chr19 3221598
chr20 3199762
chr21 2339160
chr22 6800363
chrUn_NW_026528016v1 22
chrUn_NW_026528017v1 382
chrUn_NW_026528021v1 716
chrUn_NW_026528026v1 421
chrUn_NW_026528029v1 435
chrUn_NW_026528038v1 440
chrUn_NW_026528039v1 737
chrUn_NW_026528065v1 215
chrUn_NW_026528075v1 180
chrUn_NW_026528103v1 46
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 79
chrUn_NW_026528140v1 504
chrUn_NW_026528210v1 60
chrUn_NW_026528215v1 241
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 28
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 83
chrUn_NW_026528226v1 149
chrUn_NW_026528228v1 151
chrUn_NW_026528230v1 195
chrUn_NW_026528232v1 1009
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 488
chrUn_NW_026528285v1 41
chrUn_NW_026528292v1 12
chrUn_NW_026528295v1 207
chrUn_NW_026528296v1 12860
chrUn_NW_026528310v1 126
chrUn_NW_026528320v1 41
chrUn_NW_026528327v1 20
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 21
chrUn_NW_026528338v1 32
chrUn_NW_026528339v1 35
chrUn_NW_026528345v1 19
chrUn_NW_026528347v1 13
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 31
chrUn_NW_026528356v1 18
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 229
chrUn_NW_026528370v1 137
chrUn_NW_026528371v1 694
chrUn_NW_026528372v1 388
chrUn_NW_026528373v1 865
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528384v1 47
chrUn_NW_026528385v1 51
chrUn_NW_026528390v1 46
chrUn_NW_026528393v1 26
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 17
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 54
chrUn_NW_026528431v1 210
chrUn_NW_026528432v1 689
chrUn_NW_026528433v1 3140
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 440
chrUn_NW_026528558v1 1987
chrUn_NW_026528559v1 87
chrUn_NW_026528561v1 287
chrUn_NW_026528588v1 24
chrUn_NW_026528589v1 21
chrUn_NW_026528590v1 1418
chrUn_NW_026528596v1 1506
chrUn_NW_026528609v1 18
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 21
chrUn_NW_026528621v1 45
chrUn_NW_026528631v1 271
chrUn_NW_026528634v1 195
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 24
chrUn_NW_026528656v1 7
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 7
chrUn_NW_026528668v1 11
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 15
chrUn_NW_026528708v1 11
chrUn_NW_026528719v1 475
chrUn_NW_026528737v1 113
chrUn_NW_026528739v1 37
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528745v1 22
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 14
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 104
chrUn_NW_026528772v1 12
chrUn_NW_026528775v1 19
chrUn_NW_026528777v1 5
chrUn_NW_026528784v1 20
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 30
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 6
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 90
chrUn_NW_026528795v1 70
chrUn_NW_026528796v1 136
chrUn_NW_026528797v1 2295
chrUn_NW_026528798v1 1018
chrUn_NW_026528799v1 247
chrUn_NW_026528880v1 23
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 12
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 128
chrUn_NW_026528888v1 25
chrUn_NW_026528889v1 11
chrUn_NW_026528891v1 60
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 607
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 11
chrUn_NW_026528900v1 244
chrUn_NW_026528902v1 185
chrUn_NW_026528903v1 866
chrUn_NW_026528917v1 201
chrUn_NW_026528926v1 81
chrUn_NW_026528928v1 822
chrUn_NW_026528937v1 78
chrUn_NW_026528938v1 20
chrUn_NW_026528950v1 17
chrUn_NW_026528952v1 12
chrUn_NW_026528957v1 1104
chrUn_NW_026528960v1 192
chrUn_NW_026528975v1 163
chrUn_NW_026528984v1 62
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 13
chrUn_NW_026528988v1 102
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 20
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 32
chrUn_NW_026529007v1 352
chrUn_NW_026529008v1 4692
chrUn_NW_026529013v1 54
chrUn_NW_026529015v1 121
chrUn_NW_026529016v1 963
chrUn_NW_026529060v1 1402
chrUn_NW_026529081v1 331
chrUn_NW_026529085v1 1330
chrX 3165511
chrX_NW_026527892v1_random 206
chrX_NW_026527894v1_random 854
chrX_NW_026527897v1_random 113
chrY 68756
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 57
chrY_NW_026527911v1_random 154
chrY_NW_026527913v1_random 378
chrY_NW_026527914v1_random 256
chrY_NW_026527915v1_random 27
chrY_NW_026527916v1_random 95
chrY_NW_026527918v1_random 44
chrY_NW_026527919v1_random 231
chrY_NW_026527927v1_random 40
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 104
chrY_NW_026527938v1_random 463
chrY_NW_026527939v1_random 21
chrY_NW_026527942v1_random 473
chrY_NW_026527945v1_random 15
chrY_NW_026527948v1_random 56
chrY_NW_026527949v1_random 91
chrY_NW_026527950v1_random 1385
chrY_NW_026527951v1_random 170
chrY_NW_026527955v1_random 242
chrY_NW_026527956v1_random 2713
chrY_NW_026527958v1_random 1030
chrY_NW_026527960v1_random 108
chrY_NW_026527961v1_random 415
chrY_NW_026527966v1_random 18886
chrY_NW_026527967v1_random 251
chrY_NW_026527968v1_random 1377
chrY_NW_026527969v1_random 142
chrY_NW_026527974v1_random 68
chrY_NW_026527980v1_random 46

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 158109785 1 5041 126.56 92
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0030_1.gz 1.47 GB d18791c48470340727199bef41bd6a81
P0030_1.gz.tbi 909.56 KB d816c867324e31fd247c41ea2b8a0887
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 9557ea5d7a49c3add7d491536fc56e9d
statistics/