Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0031_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0031_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0031_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0031_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTACTTAAGCTATATG-P0031_1, ACCAAGCGTCAGTAAT-P0031_1, ACCTACCTCATCAGTA-P0031_1, TCCCTCACAAACAACA-P0031_1, CGCTTCTAGCTTAGTA-P0031_1 (top 5 of 1903 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
49,039,263
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 49039263
chr1 3928153
chr2 3136191
chr3 2241694
chr4 2560587
chr5 4144823
chr6 2498616
chr7 3301553
chr8 1954784
chr9 2415965
chr10 2717229
chr11 2656530
chr12 2570377
chr13 1879035
chr14 1853407
chr15 1983364
chr16 1426989
chr17 1106426
chr18 967606
chr19 1050619
chr20 1001845
chr21 720507
chr22 1934087
chrUn_NW_026528016v1 6
chrUn_NW_026528017v1 103
chrUn_NW_026528021v1 304
chrUn_NW_026528026v1 108
chrUn_NW_026528029v1 163
chrUn_NW_026528038v1 179
chrUn_NW_026528039v1 187
chrUn_NW_026528065v1 98
chrUn_NW_026528075v1 73
chrUn_NW_026528103v1 11
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 17
chrUn_NW_026528140v1 149
chrUn_NW_026528210v1 15
chrUn_NW_026528215v1 58
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 3
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 22
chrUn_NW_026528226v1 19
chrUn_NW_026528228v1 39
chrUn_NW_026528230v1 60
chrUn_NW_026528232v1 276
chrUn_NW_026528278v1 158
chrUn_NW_026528285v1 5
chrUn_NW_026528292v1 5
chrUn_NW_026528295v1 48
chrUn_NW_026528296v1 4567
chrUn_NW_026528310v1 24
chrUn_NW_026528320v1 1
chrUn_NW_026528327v1 8
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 3
chrUn_NW_026528338v1 14
chrUn_NW_026528339v1 8
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 3
chrUn_NW_026528353v1 15
chrUn_NW_026528356v1 7
chrUn_NW_026528363v1 71
chrUn_NW_026528370v1 69
chrUn_NW_026528371v1 262
chrUn_NW_026528372v1 98
chrUn_NW_026528373v1 406
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 10
chrUn_NW_026528385v1 15
chrUn_NW_026528390v1 6
chrUn_NW_026528393v1 6
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528423v1 9
chrUn_NW_026528431v1 62
chrUn_NW_026528432v1 207
chrUn_NW_026528433v1 1071
chrUn_NW_026528480v1 113
chrUn_NW_026528558v1 538
chrUn_NW_026528559v1 22
chrUn_NW_026528561v1 141
chrUn_NW_026528588v1 4
chrUn_NW_026528589v1 9
chrUn_NW_026528590v1 315
chrUn_NW_026528596v1 449
chrUn_NW_026528609v1 10
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 21
chrUn_NW_026528631v1 86
chrUn_NW_026528634v1 37
chrUn_NW_026528650v1 4
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 3
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 120
chrUn_NW_026528737v1 22
chrUn_NW_026528739v1 8
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 3
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 32
chrUn_NW_026528772v1 16
chrUn_NW_026528775v1 6
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 11
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 12
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 34
chrUn_NW_026528795v1 37
chrUn_NW_026528796v1 101
chrUn_NW_026528797v1 1332
chrUn_NW_026528798v1 335
chrUn_NW_026528799v1 61
chrUn_NW_026528880v1 15
chrUn_NW_026528882v1 2
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528887v1 32
chrUn_NW_026528888v1 9
chrUn_NW_026528889v1 7
chrUn_NW_026528891v1 28
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 151
chrUn_NW_026528899v1 2
chrUn_NW_026528900v1 74
chrUn_NW_026528902v1 54
chrUn_NW_026528903v1 306
chrUn_NW_026528917v1 43
chrUn_NW_026528926v1 21
chrUn_NW_026528928v1 244
chrUn_NW_026528937v1 26
chrUn_NW_026528938v1 8
chrUn_NW_026528950v1 10
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 281
chrUn_NW_026528960v1 105
chrUn_NW_026528975v1 41
chrUn_NW_026528984v1 19
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 21
chrUn_NW_026528989v1 1
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 10
chrUn_NW_026529007v1 103
chrUn_NW_026529008v1 1136
chrUn_NW_026529013v1 18
chrUn_NW_026529015v1 47
chrUn_NW_026529016v1 256
chrUn_NW_026529060v1 512
chrUn_NW_026529081v1 136
chrUn_NW_026529085v1 285
chrX 942695
chrX_NW_026527892v1_random 75
chrX_NW_026527894v1_random 146
chrX_NW_026527897v1_random 19
chrY 18256
chrY_NW_026527906v1_random 4
chrY_NW_026527909v1_random 18
chrY_NW_026527911v1_random 40
chrY_NW_026527913v1_random 91
chrY_NW_026527914v1_random 96
chrY_NW_026527915v1_random 7
chrY_NW_026527916v1_random 16
chrY_NW_026527918v1_random 18
chrY_NW_026527919v1_random 43
chrY_NW_026527927v1_random 6
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 34
chrY_NW_026527938v1_random 133
chrY_NW_026527939v1_random 2
chrY_NW_026527942v1_random 108
chrY_NW_026527945v1_random 6
chrY_NW_026527948v1_random 14
chrY_NW_026527949v1_random 25
chrY_NW_026527950v1_random 226
chrY_NW_026527951v1_random 31
chrY_NW_026527955v1_random 48
chrY_NW_026527956v1_random 1009
chrY_NW_026527958v1_random 469
chrY_NW_026527960v1_random 29
chrY_NW_026527961v1_random 100
chrY_NW_026527966v1_random 7406
chrY_NW_026527967v1_random 83
chrY_NW_026527968v1_random 492
chrY_NW_026527969v1_random 36
chrY_NW_026527974v1_random 19
chrY_NW_026527980v1_random 11

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 49039263 1 5035 165.22 132
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0031_1.gz 473.55 MB 5f7dcc1a560d0b14e8d869d81334fab3
P0031_1.gz.tbi 605.57 KB d6c528061088ffb9995e506ad4cefa4b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 5f613d1fdd9ef5deb62b790f3c9a417d
statistics/