Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0032_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0032_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0032_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0032_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AATCTCAAGGTCTTGG-P0032_1, CGGAATCGTCGTAATG-P0032_1, CGCATATAGAACAAGT-P0032_1, CACTGACCAATTTGGT-P0032_1, TTGACTAAGCAAGGTA-P0032_1 (top 5 of 1790 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
47,027,194
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 47027194
chr1 3848120
chr2 3000832
chr3 2054088
chr4 2424630
chr5 4116798
chr6 2367339
chr7 3144575
chr8 1795767
chr9 2264495
chr10 2535375
chr11 2529821
chr12 2581884
chr13 1754881
chr14 1735797
chr15 1842095
chr16 1372106
chr17 1029258
chr18 910197
chr19 993384
chr20 992196
chr21 682251
chr22 2114929
chrUn_NW_026528016v1 9
chrUn_NW_026528017v1 72
chrUn_NW_026528021v1 207
chrUn_NW_026528026v1 84
chrUn_NW_026528029v1 145
chrUn_NW_026528038v1 133
chrUn_NW_026528039v1 299
chrUn_NW_026528065v1 72
chrUn_NW_026528075v1 42
chrUn_NW_026528103v1 5
chrUn_NW_026528125v1 15
chrUn_NW_026528140v1 155
chrUn_NW_026528210v1 15
chrUn_NW_026528215v1 48
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 9
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 1
chrUn_NW_026528225v1 23
chrUn_NW_026528226v1 95
chrUn_NW_026528228v1 27
chrUn_NW_026528230v1 60
chrUn_NW_026528232v1 233
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 170
chrUn_NW_026528285v1 9
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 32
chrUn_NW_026528296v1 4339
chrUn_NW_026528310v1 24
chrUn_NW_026528320v1 5
chrUn_NW_026528327v1 14
chrUn_NW_026528332v1 3
chrUn_NW_026528335v1 7
chrUn_NW_026528338v1 7
chrUn_NW_026528339v1 3
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 10
chrUn_NW_026528353v1 9
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 64
chrUn_NW_026528370v1 57
chrUn_NW_026528371v1 208
chrUn_NW_026528372v1 122
chrUn_NW_026528373v1 268
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 5
chrUn_NW_026528385v1 10
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 3
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528412v1 2
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 10
chrUn_NW_026528431v1 62
chrUn_NW_026528432v1 228
chrUn_NW_026528433v1 878
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 83
chrUn_NW_026528558v1 303
chrUn_NW_026528559v1 21
chrUn_NW_026528561v1 106
chrUn_NW_026528588v1 10
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 337
chrUn_NW_026528596v1 380
chrUn_NW_026528609v1 5
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 4
chrUn_NW_026528621v1 19
chrUn_NW_026528631v1 89
chrUn_NW_026528634v1 43
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 6
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 116
chrUn_NW_026528737v1 28
chrUn_NW_026528739v1 7
chrUn_NW_026528745v1 6
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 1
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 34
chrUn_NW_026528772v1 9
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 6
chrUn_NW_026528785v1 2
chrUn_NW_026528786v1 12
chrUn_NW_026528788v1 7
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 29
chrUn_NW_026528795v1 18
chrUn_NW_026528796v1 59
chrUn_NW_026528797v1 809
chrUn_NW_026528798v1 310
chrUn_NW_026528799v1 46
chrUn_NW_026528880v1 10
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 31
chrUn_NW_026528888v1 7
chrUn_NW_026528889v1 4
chrUn_NW_026528891v1 9
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 142
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 10
chrUn_NW_026528900v1 57
chrUn_NW_026528902v1 46
chrUn_NW_026528903v1 244
chrUn_NW_026528917v1 40
chrUn_NW_026528926v1 25
chrUn_NW_026528928v1 133
chrUn_NW_026528937v1 25
chrUn_NW_026528938v1 3
chrUn_NW_026528950v1 3
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 191
chrUn_NW_026528960v1 64
chrUn_NW_026528975v1 17
chrUn_NW_026528984v1 17
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 21
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 11
chrUn_NW_026529007v1 107
chrUn_NW_026529008v1 1497
chrUn_NW_026529013v1 12
chrUn_NW_026529015v1 22
chrUn_NW_026529016v1 181
chrUn_NW_026529060v1 359
chrUn_NW_026529081v1 103
chrUn_NW_026529085v1 365
chrX 889217
chrX_NW_026527892v1_random 55
chrX_NW_026527894v1_random 260
chrX_NW_026527897v1_random 29
chrY 22224
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 11
chrY_NW_026527911v1_random 67
chrY_NW_026527913v1_random 115
chrY_NW_026527914v1_random 127
chrY_NW_026527915v1_random 5
chrY_NW_026527916v1_random 17
chrY_NW_026527918v1_random 14
chrY_NW_026527919v1_random 62
chrY_NW_026527927v1_random 18
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 42
chrY_NW_026527938v1_random 72
chrY_NW_026527939v1_random 3
chrY_NW_026527942v1_random 73
chrY_NW_026527945v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 15
chrY_NW_026527949v1_random 24
chrY_NW_026527950v1_random 595
chrY_NW_026527951v1_random 74
chrY_NW_026527955v1_random 80
chrY_NW_026527956v1_random 893
chrY_NW_026527958v1_random 379
chrY_NW_026527960v1_random 41
chrY_NW_026527961v1_random 150
chrY_NW_026527966v1_random 6119
chrY_NW_026527967v1_random 82
chrY_NW_026527968v1_random 300
chrY_NW_026527969v1_random 59
chrY_NW_026527974v1_random 13
chrY_NW_026527980v1_random 17

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 47027194 1 5031 131.47 110
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0032_1.h5ad.gz 448.7 MB 2e0e82b235fd6fe1cca0811040ba4328
P0032_1.h5ad.gz.tbi 606.44 KB f4665f64c7edbc968ce941fde5ba300c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 6ade73008311e7e7838c5070714c4230
statistics/