Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0032_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0032_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0032_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0032_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTGTTCCTCTCTAGCC-P0032_1, ACTATCCGTCTCAGCC-P0032_1, AATCTCAAGGTCTTGG-P0032_1, AATTGGGAGGCCAATT-P0032_1, CGGAATCGTCGTAATG-P0032_1 (top 5 of 2588 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
71,746,104
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 71746104
chr1 5833383
chr2 4582663
chr3 3234227
chr4 3744527
chr5 6157000
chr6 3642246
chr7 4771252
chr8 2757436
chr9 3514339
chr10 3888254
chr11 3877892
chr12 3903244
chr13 2713880
chr14 2673407
chr15 2802306
chr16 2134037
chr17 1568947
chr18 1371427
chr19 1501314
chr20 1477676
chr21 1058374
chr22 3094214
chrUn_NW_026528016v1 10
chrUn_NW_026528017v1 157
chrUn_NW_026528021v1 286
chrUn_NW_026528026v1 166
chrUn_NW_026528029v1 219
chrUn_NW_026528038v1 207
chrUn_NW_026528039v1 455
chrUn_NW_026528065v1 96
chrUn_NW_026528075v1 66
chrUn_NW_026528103v1 14
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 31
chrUn_NW_026528140v1 229
chrUn_NW_026528210v1 22
chrUn_NW_026528215v1 95
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 3
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 28
chrUn_NW_026528226v1 133
chrUn_NW_026528228v1 47
chrUn_NW_026528230v1 111
chrUn_NW_026528232v1 390
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 257
chrUn_NW_026528285v1 22
chrUn_NW_026528292v1 11
chrUn_NW_026528295v1 61
chrUn_NW_026528296v1 6530
chrUn_NW_026528310v1 40
chrUn_NW_026528320v1 9
chrUn_NW_026528327v1 19
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 15
chrUn_NW_026528339v1 7
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 15
chrUn_NW_026528353v1 16
chrUn_NW_026528356v1 14
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 111
chrUn_NW_026528370v1 70
chrUn_NW_026528371v1 294
chrUn_NW_026528372v1 168
chrUn_NW_026528373v1 399
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 8
chrUn_NW_026528385v1 17
chrUn_NW_026528390v1 25
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 15
chrUn_NW_026528431v1 98
chrUn_NW_026528432v1 386
chrUn_NW_026528433v1 1288
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 168
chrUn_NW_026528558v1 625
chrUn_NW_026528559v1 38
chrUn_NW_026528561v1 152
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 9
chrUn_NW_026528590v1 683
chrUn_NW_026528596v1 680
chrUn_NW_026528609v1 10
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 36
chrUn_NW_026528631v1 152
chrUn_NW_026528634v1 73
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 9
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 8
chrUn_NW_026528677v1 9
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 190
chrUn_NW_026528737v1 51
chrUn_NW_026528739v1 16
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 9
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 54
chrUn_NW_026528772v1 10
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 20
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 47
chrUn_NW_026528795v1 32
chrUn_NW_026528796v1 99
chrUn_NW_026528797v1 1282
chrUn_NW_026528798v1 469
chrUn_NW_026528799v1 79
chrUn_NW_026528880v1 14
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 49
chrUn_NW_026528888v1 12
chrUn_NW_026528889v1 4
chrUn_NW_026528891v1 22
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 249
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 11
chrUn_NW_026528900v1 87
chrUn_NW_026528902v1 81
chrUn_NW_026528903v1 388
chrUn_NW_026528917v1 70
chrUn_NW_026528926v1 34
chrUn_NW_026528928v1 251
chrUn_NW_026528937v1 33
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 9
chrUn_NW_026528957v1 348
chrUn_NW_026528960v1 93
chrUn_NW_026528975v1 43
chrUn_NW_026528984v1 35
chrUn_NW_026528985v1 5
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 44
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 19
chrUn_NW_026529007v1 177
chrUn_NW_026529008v1 2241
chrUn_NW_026529013v1 23
chrUn_NW_026529015v1 41
chrUn_NW_026529016v1 354
chrUn_NW_026529060v1 614
chrUn_NW_026529081v1 196
chrUn_NW_026529085v1 618
chrX 1371365
chrX_NW_026527892v1_random 102
chrX_NW_026527894v1_random 378
chrX_NW_026527897v1_random 43
chrY 33354
chrY_NW_026527906v1_random 11
chrY_NW_026527909v1_random 23
chrY_NW_026527911v1_random 104
chrY_NW_026527913v1_random 181
chrY_NW_026527914v1_random 164
chrY_NW_026527915v1_random 7
chrY_NW_026527916v1_random 39
chrY_NW_026527918v1_random 25
chrY_NW_026527919v1_random 100
chrY_NW_026527927v1_random 26
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 60
chrY_NW_026527938v1_random 150
chrY_NW_026527939v1_random 7
chrY_NW_026527942v1_random 187
chrY_NW_026527945v1_random 14
chrY_NW_026527948v1_random 25
chrY_NW_026527949v1_random 37
chrY_NW_026527950v1_random 845
chrY_NW_026527951v1_random 122
chrY_NW_026527955v1_random 138
chrY_NW_026527956v1_random 1275
chrY_NW_026527958v1_random 555
chrY_NW_026527960v1_random 65
chrY_NW_026527961v1_random 248
chrY_NW_026527966v1_random 9406
chrY_NW_026527967v1_random 123
chrY_NW_026527968v1_random 654
chrY_NW_026527969v1_random 82
chrY_NW_026527974v1_random 30
chrY_NW_026527980v1_random 23

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 71746104 1 5039 131.04 109
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0032_1.gz 685.13 MB 5bef8242fb02b321138dfffea8201b86
P0032_1.gz.tbi 663.61 KB 180a7bc9e233cd43f75e532a42cfe385
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB cdf4434b2fde33d90bec4a8e6d1744bf
statistics/