Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0034_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0034_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0034_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0034_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATTGCAGTGTTAAAC-P0034_1, TCCTAGTGTGCTGTAA-P0034_1, ACAACAGAGCACCACA-P0034_1, AGCAAGGGTCCTTAGT-P0034_1, GTGCTGGGTATACTGG-P0034_1 (top 5 of 272 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
11,506,225
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 11506225
chr1 914887
chr2 753467
chr3 543521
chr4 610670
chr5 979272
chr6 599285
chr7 778423
chr8 448675
chr9 562359
chr10 621885
chr11 626540
chr12 622478
chr13 435554
chr14 428567
chr15 449595
chr16 339921
chr17 252177
chr18 210530
chr19 240257
chr20 238998
chr21 173413
chr22 452515
chrUn_NW_026528016v1 3
chrUn_NW_026528017v1 21
chrUn_NW_026528021v1 44
chrUn_NW_026528026v1 24
chrUn_NW_026528029v1 39
chrUn_NW_026528038v1 32
chrUn_NW_026528039v1 73
chrUn_NW_026528065v1 26
chrUn_NW_026528075v1 16
chrUn_NW_026528103v1 2
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 2
chrUn_NW_026528140v1 50
chrUn_NW_026528210v1 4
chrUn_NW_026528215v1 15
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528225v1 6
chrUn_NW_026528226v1 8
chrUn_NW_026528228v1 12
chrUn_NW_026528230v1 21
chrUn_NW_026528232v1 108
chrUn_NW_026528278v1 41
chrUn_NW_026528285v1 3
chrUn_NW_026528292v1 2
chrUn_NW_026528295v1 16
chrUn_NW_026528296v1 705
chrUn_NW_026528310v1 3
chrUn_NW_026528320v1 2
chrUn_NW_026528327v1 1
chrUn_NW_026528332v1 2
chrUn_NW_026528335v1 3
chrUn_NW_026528338v1 2
chrUn_NW_026528339v1 1
chrUn_NW_026528345v1 1
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 2
chrUn_NW_026528353v1 1
chrUn_NW_026528356v1 1
chrUn_NW_026528363v1 18
chrUn_NW_026528370v1 20
chrUn_NW_026528371v1 60
chrUn_NW_026528372v1 40
chrUn_NW_026528373v1 90
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528384v1 1
chrUn_NW_026528385v1 2
chrUn_NW_026528390v1 2
chrUn_NW_026528412v1 1
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528423v1 5
chrUn_NW_026528431v1 13
chrUn_NW_026528432v1 50
chrUn_NW_026528433v1 233
chrUn_NW_026528480v1 37
chrUn_NW_026528558v1 146
chrUn_NW_026528559v1 3
chrUn_NW_026528561v1 22
chrUn_NW_026528588v1 1
chrUn_NW_026528589v1 2
chrUn_NW_026528590v1 114
chrUn_NW_026528596v1 127
chrUn_NW_026528609v1 4
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 3
chrUn_NW_026528621v1 7
chrUn_NW_026528631v1 13
chrUn_NW_026528634v1 9
chrUn_NW_026528650v1 3
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 2
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 1
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 74
chrUn_NW_026528737v1 15
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528755v1 9
chrUn_NW_026528772v1 3
chrUn_NW_026528775v1 2
chrUn_NW_026528784v1 1
chrUn_NW_026528785v1 1
chrUn_NW_026528786v1 3
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 4
chrUn_NW_026528795v1 4
chrUn_NW_026528796v1 22
chrUn_NW_026528797v1 223
chrUn_NW_026528798v1 72
chrUn_NW_026528799v1 22
chrUn_NW_026528880v1 2
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528884v1 1
chrUn_NW_026528887v1 13
chrUn_NW_026528888v1 1
chrUn_NW_026528889v1 1
chrUn_NW_026528891v1 6
chrUn_NW_026528894v1 34
chrUn_NW_026528899v1 2
chrUn_NW_026528900v1 9
chrUn_NW_026528902v1 4
chrUn_NW_026528903v1 62
chrUn_NW_026528917v1 17
chrUn_NW_026528926v1 8
chrUn_NW_026528928v1 57
chrUn_NW_026528937v1 7
chrUn_NW_026528938v1 4
chrUn_NW_026528950v1 1
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 78
chrUn_NW_026528960v1 11
chrUn_NW_026528975v1 13
chrUn_NW_026528984v1 5
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 7
chrUn_NW_026528989v1 1
chrUn_NW_026528996v1 3
chrUn_NW_026529007v1 31
chrUn_NW_026529008v1 319
chrUn_NW_026529013v1 2
chrUn_NW_026529015v1 11
chrUn_NW_026529016v1 76
chrUn_NW_026529060v1 93
chrUn_NW_026529081v1 31
chrUn_NW_026529085v1 94
chrX 212284
chrX_NW_026527892v1_random 17
chrX_NW_026527894v1_random 49
chrX_NW_026527897v1_random 6
chrY 4887
chrY_NW_026527909v1_random 9
chrY_NW_026527911v1_random 27
chrY_NW_026527913v1_random 25
chrY_NW_026527914v1_random 30
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527916v1_random 4
chrY_NW_026527918v1_random 3
chrY_NW_026527919v1_random 19
chrY_NW_026527927v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 10
chrY_NW_026527938v1_random 35
chrY_NW_026527939v1_random 1
chrY_NW_026527942v1_random 17
chrY_NW_026527945v1_random 3
chrY_NW_026527948v1_random 4
chrY_NW_026527949v1_random 4
chrY_NW_026527950v1_random 88
chrY_NW_026527951v1_random 10
chrY_NW_026527955v1_random 29
chrY_NW_026527956v1_random 184
chrY_NW_026527958v1_random 105
chrY_NW_026527960v1_random 12
chrY_NW_026527961v1_random 44
chrY_NW_026527966v1_random 1362
chrY_NW_026527967v1_random 26
chrY_NW_026527968v1_random 109
chrY_NW_026527969v1_random 5
chrY_NW_026527974v1_random 7
chrY_NW_026527980v1_random 5

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 11506225 1 5030 141.15 107
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0034_1.h5ad.gz 95.56 MB 5a3d6d86fb7b168fa7248a7800e10ac4
P0034_1.h5ad.gz.tbi 624.07 KB 56819b7490477ca0b1fa90ed68e3c999
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 993d0db12bcffadd1b9f82929d47d163
statistics/