Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0034_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0034_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0034_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0034_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCCTTACTCTTGCTAT-P0034_1, GCTAAGAAGGAGGCAT-P0034_1, CTGGTTACAGTATGTT-P0034_1, TACGCACCAAACCCTA-P0034_1, TCATTGTTCATCAGTA-P0034_1 (top 5 of 2109 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
100,615,023
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 100615023
chr1 8063026
chr2 6647281
chr3 4763274
chr4 5390720
chr5 8464903
chr6 5164231
chr7 6744325
chr8 4022715
chr9 4923573
chr10 5389801
chr11 5364889
chr12 5429881
chr13 3800554
chr14 3781313
chr15 4003699
chr16 3002278
chr17 2257901
chr18 1914015
chr19 2089233
chr20 2021190
chr21 1498811
chr22 3850373
chrUn_NW_026528016v1 17
chrUn_NW_026528017v1 265
chrUn_NW_026528021v1 435
chrUn_NW_026528026v1 254
chrUn_NW_026528029v1 250
chrUn_NW_026528038v1 334
chrUn_NW_026528039v1 543
chrUn_NW_026528065v1 194
chrUn_NW_026528075v1 111
chrUn_NW_026528103v1 25
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 31
chrUn_NW_026528140v1 351
chrUn_NW_026528210v1 46
chrUn_NW_026528215v1 163
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 16
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 51
chrUn_NW_026528226v1 37
chrUn_NW_026528228v1 98
chrUn_NW_026528230v1 159
chrUn_NW_026528232v1 729
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 317
chrUn_NW_026528285v1 27
chrUn_NW_026528292v1 10
chrUn_NW_026528295v1 93
chrUn_NW_026528296v1 7866
chrUn_NW_026528310v1 64
chrUn_NW_026528320v1 11
chrUn_NW_026528327v1 7
chrUn_NW_026528332v1 10
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 10
chrUn_NW_026528339v1 16
chrUn_NW_026528345v1 7
chrUn_NW_026528347v1 16
chrUn_NW_026528350v1 9
chrUn_NW_026528353v1 21
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 131
chrUn_NW_026528370v1 103
chrUn_NW_026528371v1 424
chrUn_NW_026528372v1 241
chrUn_NW_026528373v1 684
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 23
chrUn_NW_026528390v1 27
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 9
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 27
chrUn_NW_026528431v1 150
chrUn_NW_026528432v1 327
chrUn_NW_026528433v1 1643
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 264
chrUn_NW_026528558v1 1113
chrUn_NW_026528559v1 40
chrUn_NW_026528561v1 299
chrUn_NW_026528588v1 13
chrUn_NW_026528589v1 16
chrUn_NW_026528590v1 899
chrUn_NW_026528596v1 1209
chrUn_NW_026528609v1 16
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 26
chrUn_NW_026528631v1 143
chrUn_NW_026528634v1 94
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 20
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 12
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 10
chrUn_NW_026528708v1 8
chrUn_NW_026528719v1 350
chrUn_NW_026528737v1 82
chrUn_NW_026528739v1 17
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528755v1 67
chrUn_NW_026528772v1 16
chrUn_NW_026528775v1 13
chrUn_NW_026528784v1 15
chrUn_NW_026528785v1 6
chrUn_NW_026528786v1 18
chrUn_NW_026528788v1 7
chrUn_NW_026528791v1 6
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 54
chrUn_NW_026528795v1 69
chrUn_NW_026528796v1 150
chrUn_NW_026528797v1 2024
chrUn_NW_026528798v1 631
chrUn_NW_026528799v1 134
chrUn_NW_026528880v1 24
chrUn_NW_026528882v1 7
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 84
chrUn_NW_026528888v1 8
chrUn_NW_026528889v1 8
chrUn_NW_026528891v1 38
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 309
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 9
chrUn_NW_026528900v1 140
chrUn_NW_026528902v1 90
chrUn_NW_026528903v1 603
chrUn_NW_026528917v1 103
chrUn_NW_026528926v1 64
chrUn_NW_026528928v1 506
chrUn_NW_026528937v1 45
chrUn_NW_026528938v1 15
chrUn_NW_026528950v1 11
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 629
chrUn_NW_026528960v1 156
chrUn_NW_026528975v1 76
chrUn_NW_026528984v1 45
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 5
chrUn_NW_026528988v1 58
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 16
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 23
chrUn_NW_026529007v1 228
chrUn_NW_026529008v1 2545
chrUn_NW_026529013v1 44
chrUn_NW_026529015v1 70
chrUn_NW_026529016v1 618
chrUn_NW_026529060v1 1043
chrUn_NW_026529081v1 229
chrUn_NW_026529085v1 677
chrX 1934589
chrX_NW_026527892v1_random 145
chrX_NW_026527894v1_random 418
chrX_NW_026527897v1_random 58
chrY 41187
chrY_NW_026527906v1_random 10
chrY_NW_026527909v1_random 36
chrY_NW_026527911v1_random 127
chrY_NW_026527913v1_random 219
chrY_NW_026527914v1_random 217
chrY_NW_026527915v1_random 19
chrY_NW_026527916v1_random 34
chrY_NW_026527918v1_random 32
chrY_NW_026527919v1_random 131
chrY_NW_026527927v1_random 30
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 66
chrY_NW_026527938v1_random 296
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527942v1_random 267
chrY_NW_026527945v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 30
chrY_NW_026527949v1_random 51
chrY_NW_026527950v1_random 710
chrY_NW_026527951v1_random 93
chrY_NW_026527955v1_random 144
chrY_NW_026527956v1_random 1351
chrY_NW_026527958v1_random 584
chrY_NW_026527960v1_random 73
chrY_NW_026527961v1_random 273
chrY_NW_026527966v1_random 11613
chrY_NW_026527967v1_random 158
chrY_NW_026527968v1_random 940
chrY_NW_026527969v1_random 64
chrY_NW_026527974v1_random 40
chrY_NW_026527980v1_random 30

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 100615023 1 5040 140.33 106
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0034_1.gz 936.28 MB 60fa39c5ee45dde9233dca1a4eedc0a2
P0034_1.gz.tbi 744.95 KB f16e592ac4e7afe42875ee6f3a7aea79
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB a2a95172b524e6214ff5b917272028f0
statistics/