Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0036_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0036_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0036_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0036_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CGCCTCATCAATAGCC-P0036_1, GAAGTATAGTTCCTGC-P0036_1, GTTAAGTGTAAAGCGG-P0036_1, CGGATAAAGTGAGCAA-P0036_1, CATAATCCATGAATAG-P0036_1 (top 5 of 1996 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
85,734,130
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 85734130
chr1 6612069
chr2 5552235
chr3 3902340
chr4 4689650
chr5 7207248
chr6 4210884
chr7 5706494
chr8 3429714
chr9 4271057
chr10 4770541
chr11 4613200
chr12 4614918
chr13 3349421
chr14 3335149
chr15 3448261
chr16 2438838
chr17 1879844
chr18 1658564
chr19 1822772
chr20 1666443
chr21 1234745
chr22 3604073
chrUn_NW_026528016v1 8
chrUn_NW_026528017v1 154
chrUn_NW_026528021v1 312
chrUn_NW_026528026v1 153
chrUn_NW_026528029v1 267
chrUn_NW_026528038v1 274
chrUn_NW_026528039v1 424
chrUn_NW_026528065v1 144
chrUn_NW_026528075v1 70
chrUn_NW_026528103v1 23
chrUn_NW_026528125v1 27
chrUn_NW_026528140v1 264
chrUn_NW_026528210v1 31
chrUn_NW_026528215v1 126
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 33
chrUn_NW_026528226v1 41
chrUn_NW_026528228v1 61
chrUn_NW_026528230v1 112
chrUn_NW_026528232v1 931
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 308
chrUn_NW_026528285v1 14
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 62
chrUn_NW_026528296v1 5797
chrUn_NW_026528310v1 31
chrUn_NW_026528320v1 22
chrUn_NW_026528327v1 8
chrUn_NW_026528332v1 2
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 17
chrUn_NW_026528339v1 15
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 5
chrUn_NW_026528353v1 8
chrUn_NW_026528356v1 13
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 82
chrUn_NW_026528370v1 72
chrUn_NW_026528371v1 444
chrUn_NW_026528372v1 114
chrUn_NW_026528373v1 347
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 13
chrUn_NW_026528385v1 34
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 5
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 24
chrUn_NW_026528431v1 85
chrUn_NW_026528432v1 226
chrUn_NW_026528433v1 1732
chrUn_NW_026528480v1 167
chrUn_NW_026528558v1 684
chrUn_NW_026528559v1 38
chrUn_NW_026528561v1 125
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 853
chrUn_NW_026528596v1 920
chrUn_NW_026528609v1 12
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 11
chrUn_NW_026528621v1 37
chrUn_NW_026528631v1 209
chrUn_NW_026528634v1 94
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 7
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 8
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 212
chrUn_NW_026528737v1 40
chrUn_NW_026528739v1 9
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 6
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 5
chrUn_NW_026528755v1 50
chrUn_NW_026528772v1 9
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 12
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 37
chrUn_NW_026528795v1 16
chrUn_NW_026528796v1 45
chrUn_NW_026528797v1 855
chrUn_NW_026528798v1 702
chrUn_NW_026528799v1 179
chrUn_NW_026528880v1 12
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 44
chrUn_NW_026528888v1 13
chrUn_NW_026528889v1 6
chrUn_NW_026528891v1 27
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 279
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 116
chrUn_NW_026528902v1 71
chrUn_NW_026528903v1 386
chrUn_NW_026528917v1 62
chrUn_NW_026528926v1 17
chrUn_NW_026528928v1 319
chrUn_NW_026528937v1 32
chrUn_NW_026528938v1 3
chrUn_NW_026528950v1 9
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 412
chrUn_NW_026528960v1 326
chrUn_NW_026528975v1 49
chrUn_NW_026528984v1 35
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 49
chrUn_NW_026528989v1 6
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 16
chrUn_NW_026529007v1 221
chrUn_NW_026529008v1 1642
chrUn_NW_026529013v1 19
chrUn_NW_026529015v1 39
chrUn_NW_026529016v1 351
chrUn_NW_026529060v1 752
chrUn_NW_026529081v1 191
chrUn_NW_026529085v1 620
chrX 1647718
chrX_NW_026527892v1_random 87
chrX_NW_026527894v1_random 271
chrX_NW_026527897v1_random 27
chrY 31562
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 23
chrY_NW_026527911v1_random 115
chrY_NW_026527913v1_random 110
chrY_NW_026527914v1_random 144
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 24
chrY_NW_026527918v1_random 30
chrY_NW_026527919v1_random 140
chrY_NW_026527927v1_random 18
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 51
chrY_NW_026527938v1_random 164
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 217
chrY_NW_026527945v1_random 6
chrY_NW_026527948v1_random 27
chrY_NW_026527949v1_random 75
chrY_NW_026527950v1_random 455
chrY_NW_026527951v1_random 55
chrY_NW_026527955v1_random 87
chrY_NW_026527956v1_random 856
chrY_NW_026527958v1_random 432
chrY_NW_026527960v1_random 34
chrY_NW_026527961v1_random 95
chrY_NW_026527966v1_random 7203
chrY_NW_026527967v1_random 138
chrY_NW_026527968v1_random 772
chrY_NW_026527969v1_random 46
chrY_NW_026527974v1_random 19
chrY_NW_026527980v1_random 19

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 85734130 1 5018 158.02 130
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0036_1.h5ad.gz 810.82 MB ba8a1299f5e664576ef3fce17ced7992
P0036_1.h5ad.gz.tbi 703.6 KB b48c9bdf92b54dd288275c09397c5681
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB cd7e2a80f487942cdd4097adac5861bb
statistics/