Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0036_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0036_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0036_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0036_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CGCCTCATCAATAGCC-P0036_1, GAAGTATAGTTCCTGC-P0036_1, GTTAAGTGTAAAGCGG-P0036_1, CGGATAAAGTGAGCAA-P0036_1, CATAATCCATGAATAG-P0036_1 (top 5 of 2009 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
86,219,940
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 86219940
chr1 6653231
chr2 5585304
chr3 3925669
chr4 4715196
chr5 7246777
chr6 4235856
chr7 5736843
chr8 3449647
chr9 4294950
chr10 4796091
chr11 4639214
chr12 4640591
chr13 3367205
chr14 3354026
chr15 3466386
chr16 2453629
chr17 1891394
chr18 1667591
chr19 1833404
chr20 1675763
chr21 1241844
chr22 3622972
chrUn_NW_026528016v1 8
chrUn_NW_026528017v1 154
chrUn_NW_026528021v1 312
chrUn_NW_026528026v1 153
chrUn_NW_026528029v1 267
chrUn_NW_026528038v1 279
chrUn_NW_026528039v1 425
chrUn_NW_026528065v1 144
chrUn_NW_026528075v1 70
chrUn_NW_026528103v1 23
chrUn_NW_026528125v1 27
chrUn_NW_026528140v1 266
chrUn_NW_026528210v1 31
chrUn_NW_026528215v1 127
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 34
chrUn_NW_026528226v1 41
chrUn_NW_026528228v1 61
chrUn_NW_026528230v1 115
chrUn_NW_026528232v1 934
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 309
chrUn_NW_026528285v1 14
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 62
chrUn_NW_026528296v1 5831
chrUn_NW_026528310v1 31
chrUn_NW_026528320v1 22
chrUn_NW_026528327v1 8
chrUn_NW_026528332v1 2
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 17
chrUn_NW_026528339v1 15
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 5
chrUn_NW_026528353v1 8
chrUn_NW_026528356v1 13
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 84
chrUn_NW_026528370v1 72
chrUn_NW_026528371v1 449
chrUn_NW_026528372v1 114
chrUn_NW_026528373v1 350
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 13
chrUn_NW_026528385v1 34
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 5
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 24
chrUn_NW_026528431v1 85
chrUn_NW_026528432v1 238
chrUn_NW_026528433v1 1747
chrUn_NW_026528480v1 168
chrUn_NW_026528558v1 687
chrUn_NW_026528559v1 39
chrUn_NW_026528561v1 127
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 854
chrUn_NW_026528596v1 922
chrUn_NW_026528609v1 13
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 11
chrUn_NW_026528621v1 37
chrUn_NW_026528631v1 209
chrUn_NW_026528634v1 94
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 7
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 8
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 212
chrUn_NW_026528737v1 40
chrUn_NW_026528739v1 9
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 6
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 5
chrUn_NW_026528755v1 50
chrUn_NW_026528772v1 9
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 5
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 13
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 37
chrUn_NW_026528795v1 16
chrUn_NW_026528796v1 47
chrUn_NW_026528797v1 863
chrUn_NW_026528798v1 706
chrUn_NW_026528799v1 179
chrUn_NW_026528880v1 12
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 44
chrUn_NW_026528888v1 13
chrUn_NW_026528889v1 6
chrUn_NW_026528891v1 27
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 280
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 117
chrUn_NW_026528902v1 72
chrUn_NW_026528903v1 387
chrUn_NW_026528917v1 62
chrUn_NW_026528926v1 17
chrUn_NW_026528928v1 320
chrUn_NW_026528937v1 32
chrUn_NW_026528938v1 3
chrUn_NW_026528950v1 9
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 412
chrUn_NW_026528960v1 326
chrUn_NW_026528975v1 49
chrUn_NW_026528984v1 36
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 51
chrUn_NW_026528989v1 6
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 16
chrUn_NW_026529007v1 221
chrUn_NW_026529008v1 1657
chrUn_NW_026529013v1 19
chrUn_NW_026529015v1 39
chrUn_NW_026529016v1 356
chrUn_NW_026529060v1 755
chrUn_NW_026529081v1 193
chrUn_NW_026529085v1 627
chrX 1657901
chrX_NW_026527892v1_random 89
chrX_NW_026527894v1_random 274
chrX_NW_026527897v1_random 28
chrY 31774
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 23
chrY_NW_026527911v1_random 115
chrY_NW_026527913v1_random 113
chrY_NW_026527914v1_random 144
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 24
chrY_NW_026527918v1_random 30
chrY_NW_026527919v1_random 140
chrY_NW_026527927v1_random 18
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 52
chrY_NW_026527938v1_random 165
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 217
chrY_NW_026527945v1_random 6
chrY_NW_026527948v1_random 27
chrY_NW_026527949v1_random 77
chrY_NW_026527950v1_random 458
chrY_NW_026527951v1_random 55
chrY_NW_026527955v1_random 88
chrY_NW_026527956v1_random 866
chrY_NW_026527958v1_random 441
chrY_NW_026527960v1_random 34
chrY_NW_026527961v1_random 96
chrY_NW_026527966v1_random 7295
chrY_NW_026527967v1_random 138
chrY_NW_026527968v1_random 780
chrY_NW_026527969v1_random 46
chrY_NW_026527974v1_random 19
chrY_NW_026527980v1_random 19

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 86219940 1 5018 158.07 130
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0036_1.gz 815.73 MB a203fca823be975dbcbdfb7adafc2a11
P0036_1.gz.tbi 705.54 KB 3680975b442e4abae117aaf8fcef04fe
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 0ede279aa78c674c5e86e0140cd92865
statistics/