Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0037_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0037_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0037_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0037_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGGCAATAGAAGGTGC-P0037_1, ATCGGCCAGGCTGGCT-P0037_1, TAAGGACCAATACTGT-P0037_1, TACTTGTTCGCTAGTG-P0037_1, CTTGCTCAGTGACCTG-P0037_1 (top 5 of 13053 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
166,699,434
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 166699434
chr1 13362530
chr2 10987854
chr3 7662675
chr4 8802318
chr5 14015071
chr6 8611898
chr7 11139902
chr8 6364623
chr9 8302475
chr10 8710577
chr11 8860886
chr12 8907846
chr13 6287724
chr14 6364963
chr15 6902423
chr16 4976520
chr17 3590033
chr18 3210254
chr19 3542270
chr20 3161022
chr21 2428534
chr22 7101976
chrUn_NW_026528016v1 18
chrUn_NW_026528017v1 414
chrUn_NW_026528021v1 485
chrUn_NW_026528026v1 453
chrUn_NW_026528029v1 483
chrUn_NW_026528038v1 582
chrUn_NW_026528039v1 767
chrUn_NW_026528065v1 213
chrUn_NW_026528075v1 176
chrUn_NW_026528103v1 46
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 70
chrUn_NW_026528140v1 538
chrUn_NW_026528210v1 65
chrUn_NW_026528215v1 241
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 20
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 8
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 67
chrUn_NW_026528226v1 155
chrUn_NW_026528228v1 137
chrUn_NW_026528230v1 200
chrUn_NW_026528232v1 1383
chrUn_NW_026528259v1 9
chrUn_NW_026528278v1 636
chrUn_NW_026528285v1 70
chrUn_NW_026528292v1 24
chrUn_NW_026528295v1 170
chrUn_NW_026528296v1 11515
chrUn_NW_026528310v1 121
chrUn_NW_026528320v1 38
chrUn_NW_026528327v1 20
chrUn_NW_026528332v1 15
chrUn_NW_026528335v1 25
chrUn_NW_026528338v1 26
chrUn_NW_026528339v1 32
chrUn_NW_026528345v1 9
chrUn_NW_026528347v1 15
chrUn_NW_026528350v1 30
chrUn_NW_026528353v1 41
chrUn_NW_026528356v1 25
chrUn_NW_026528358v1 6
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 233
chrUn_NW_026528370v1 123
chrUn_NW_026528371v1 655
chrUn_NW_026528372v1 414
chrUn_NW_026528373v1 884
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 29
chrUn_NW_026528385v1 42
chrUn_NW_026528390v1 57
chrUn_NW_026528393v1 17
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 5
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528408v1 9
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 12
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 4
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 53
chrUn_NW_026528431v1 232
chrUn_NW_026528432v1 642
chrUn_NW_026528433v1 2660
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 494
chrUn_NW_026528558v1 1774
chrUn_NW_026528559v1 85
chrUn_NW_026528561v1 325
chrUn_NW_026528588v1 27
chrUn_NW_026528589v1 20
chrUn_NW_026528590v1 1448
chrUn_NW_026528596v1 1980
chrUn_NW_026528609v1 36
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 27
chrUn_NW_026528621v1 32
chrUn_NW_026528631v1 293
chrUn_NW_026528634v1 193
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 9
chrUn_NW_026528650v1 20
chrUn_NW_026528656v1 6
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 10
chrUn_NW_026528668v1 14
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 23
chrUn_NW_026528708v1 7
chrUn_NW_026528719v1 476
chrUn_NW_026528737v1 105
chrUn_NW_026528739v1 36
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 4
chrUn_NW_026528745v1 15
chrUn_NW_026528748v1 8
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528752v1 12
chrUn_NW_026528754v1 9
chrUn_NW_026528755v1 98
chrUn_NW_026528772v1 14
chrUn_NW_026528775v1 23
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 20
chrUn_NW_026528785v1 13
chrUn_NW_026528786v1 32
chrUn_NW_026528788v1 11
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 87
chrUn_NW_026528795v1 64
chrUn_NW_026528796v1 149
chrUn_NW_026528797v1 2298
chrUn_NW_026528798v1 826
chrUn_NW_026528799v1 164
chrUn_NW_026528880v1 32
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 14
chrUn_NW_026528885v1 9
chrUn_NW_026528887v1 124
chrUn_NW_026528888v1 31
chrUn_NW_026528889v1 20
chrUn_NW_026528891v1 68
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 485
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 14
chrUn_NW_026528900v1 184
chrUn_NW_026528902v1 202
chrUn_NW_026528903v1 1084
chrUn_NW_026528917v1 247
chrUn_NW_026528926v1 78
chrUn_NW_026528928v1 712
chrUn_NW_026528937v1 83
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 18
chrUn_NW_026528952v1 16
chrUn_NW_026528957v1 1013
chrUn_NW_026528960v1 242
chrUn_NW_026528975v1 162
chrUn_NW_026528984v1 54
chrUn_NW_026528985v1 6
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 95
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 29
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 46
chrUn_NW_026529007v1 366
chrUn_NW_026529008v1 3801
chrUn_NW_026529013v1 63
chrUn_NW_026529015v1 108
chrUn_NW_026529016v1 942
chrUn_NW_026529060v1 1266
chrUn_NW_026529081v1 658
chrUn_NW_026529085v1 2075
chrX 3255510
chrX_NW_026527892v1_random 232
chrX_NW_026527894v1_random 545
chrX_NW_026527897v1_random 96
chrY 68800
chrY_NW_026527906v1_random 16
chrY_NW_026527909v1_random 86
chrY_NW_026527911v1_random 202
chrY_NW_026527913v1_random 336
chrY_NW_026527914v1_random 385
chrY_NW_026527915v1_random 17
chrY_NW_026527916v1_random 77
chrY_NW_026527918v1_random 66
chrY_NW_026527919v1_random 251
chrY_NW_026527927v1_random 41
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 81
chrY_NW_026527938v1_random 412
chrY_NW_026527939v1_random 16
chrY_NW_026527942v1_random 555
chrY_NW_026527945v1_random 25
chrY_NW_026527948v1_random 82
chrY_NW_026527949v1_random 84
chrY_NW_026527950v1_random 1296
chrY_NW_026527951v1_random 167
chrY_NW_026527955v1_random 257
chrY_NW_026527956v1_random 2402
chrY_NW_026527958v1_random 1048
chrY_NW_026527960v1_random 87
chrY_NW_026527961v1_random 336
chrY_NW_026527966v1_random 17861
chrY_NW_026527967v1_random 449
chrY_NW_026527968v1_random 1814
chrY_NW_026527969v1_random 83
chrY_NW_026527974v1_random 66
chrY_NW_026527980v1_random 46

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 166699434 1 5040 142.62 118
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0037_1.gz 1.63 GB 8a5c4bb33a46b2c2e8fce02478c539ed
P0037_1.gz.tbi 948.97 KB 4b8fe7b253454295d573d2dd61559f6c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB ef9615c60de982607b2c00db696218dd
statistics/