Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0038_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0038_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0038_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0038_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATGCTTAGTTTGCGG-P0038_1, AGAAACCCAGTTTGTG-P0038_1, GAGGACTAGCGCCTTT-P0038_1, CTTGAACAGGCGAATA-P0038_1, AAGCCACGTGCTCCAC-P0038_1 (top 5 of 824 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
37,050,077
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 37050077
chr1 3010186
chr2 2483786
chr3 1822125
chr4 2014545
chr5 2991521
chr6 1948800
chr7 2361911
chr8 1508690
chr9 1839119
chr10 1962973
chr11 1954024
chr12 1892513
chr13 1457384
chr14 1397869
chr15 1459565
chr16 1148625
chr17 835304
chr18 702289
chr19 754070
chr20 724306
chr21 564358
chr22 1394354
chrUn_NW_026528016v1 12
chrUn_NW_026528017v1 136
chrUn_NW_026528021v1 161
chrUn_NW_026528026v1 209
chrUn_NW_026528029v1 79
chrUn_NW_026528038v1 104
chrUn_NW_026528039v1 176
chrUn_NW_026528065v1 66
chrUn_NW_026528075v1 95
chrUn_NW_026528103v1 23
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 43
chrUn_NW_026528140v1 128
chrUn_NW_026528210v1 17
chrUn_NW_026528215v1 80
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 4
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 20
chrUn_NW_026528226v1 38
chrUn_NW_026528228v1 51
chrUn_NW_026528230v1 85
chrUn_NW_026528232v1 294
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 103
chrUn_NW_026528285v1 10
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 99
chrUn_NW_026528296v1 2274
chrUn_NW_026528310v1 33
chrUn_NW_026528320v1 10
chrUn_NW_026528327v1 2
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 3
chrUn_NW_026528338v1 11
chrUn_NW_026528339v1 8
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 5
chrUn_NW_026528350v1 3
chrUn_NW_026528353v1 14
chrUn_NW_026528356v1 7
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 66
chrUn_NW_026528370v1 35
chrUn_NW_026528371v1 169
chrUn_NW_026528372v1 95
chrUn_NW_026528373v1 245
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 4
chrUn_NW_026528385v1 12
chrUn_NW_026528390v1 14
chrUn_NW_026528393v1 2
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 1
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 1
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 15
chrUn_NW_026528431v1 73
chrUn_NW_026528432v1 192
chrUn_NW_026528433v1 734
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 211
chrUn_NW_026528558v1 942
chrUn_NW_026528559v1 30
chrUn_NW_026528561v1 93
chrUn_NW_026528588v1 9
chrUn_NW_026528589v1 7
chrUn_NW_026528590v1 498
chrUn_NW_026528596v1 691
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 5
chrUn_NW_026528621v1 9
chrUn_NW_026528631v1 48
chrUn_NW_026528634v1 57
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528650v1 7
chrUn_NW_026528668v1 5
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 1
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 271
chrUn_NW_026528737v1 28
chrUn_NW_026528739v1 17
chrUn_NW_026528745v1 9
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 30
chrUn_NW_026528772v1 4
chrUn_NW_026528775v1 3
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 3
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 3
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 13
chrUn_NW_026528795v1 16
chrUn_NW_026528796v1 58
chrUn_NW_026528797v1 635
chrUn_NW_026528798v1 271
chrUn_NW_026528799v1 52
chrUn_NW_026528880v1 6
chrUn_NW_026528882v1 7
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 2
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 20
chrUn_NW_026528888v1 5
chrUn_NW_026528889v1 3
chrUn_NW_026528891v1 11
chrUn_NW_026528893v1 2
chrUn_NW_026528894v1 139
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 5
chrUn_NW_026528900v1 35
chrUn_NW_026528902v1 35
chrUn_NW_026528903v1 177
chrUn_NW_026528917v1 101
chrUn_NW_026528926v1 43
chrUn_NW_026528928v1 442
chrUn_NW_026528937v1 39
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 5
chrUn_NW_026528952v1 9
chrUn_NW_026528957v1 544
chrUn_NW_026528960v1 44
chrUn_NW_026528975v1 65
chrUn_NW_026528984v1 26
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 22
chrUn_NW_026528989v1 1
chrUn_NW_026528992v1 5
chrUn_NW_026528996v1 10
chrUn_NW_026529007v1 108
chrUn_NW_026529008v1 963
chrUn_NW_026529013v1 33
chrUn_NW_026529015v1 47
chrUn_NW_026529016v1 516
chrUn_NW_026529060v1 251
chrUn_NW_026529081v1 127
chrUn_NW_026529085v1 339
chrX 785128
chrX_NW_026527892v1_random 59
chrX_NW_026527894v1_random 139
chrX_NW_026527897v1_random 30
chrY 14905
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 28
chrY_NW_026527911v1_random 40
chrY_NW_026527913v1_random 70
chrY_NW_026527914v1_random 71
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 27
chrY_NW_026527918v1_random 14
chrY_NW_026527919v1_random 42
chrY_NW_026527927v1_random 10
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 15
chrY_NW_026527938v1_random 247
chrY_NW_026527939v1_random 12
chrY_NW_026527942v1_random 152
chrY_NW_026527945v1_random 4
chrY_NW_026527948v1_random 19
chrY_NW_026527949v1_random 20
chrY_NW_026527950v1_random 352
chrY_NW_026527951v1_random 41
chrY_NW_026527955v1_random 44
chrY_NW_026527956v1_random 628
chrY_NW_026527958v1_random 273
chrY_NW_026527960v1_random 23
chrY_NW_026527961v1_random 88
chrY_NW_026527966v1_random 4253
chrY_NW_026527967v1_random 88
chrY_NW_026527968v1_random 498
chrY_NW_026527969v1_random 25
chrY_NW_026527974v1_random 10
chrY_NW_026527980v1_random 26

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 37050077 1 5038 118.32 89
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0038_1.h5ad.gz 341.11 MB 6b3559a8c5bfc92bad3a12ecf6af41be
P0038_1.h5ad.gz.tbi 578.09 KB 91c8c5593fd76a4e8d28f0ba2911e0d4
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB aa17a04d80d495dd3f0ba7e32b150dcd
statistics/