Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0038_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0038_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0038_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0038_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATGCTTAGTTTGCGG-P0038_1, TGCGGTTCAGCATGTC-P0038_1, CTGTACCTCCTTAGGG-P0038_1, ATGTTCAAGTACTGGT-P0038_1, AGCGCCTAGACTATTG-P0038_1 (top 5 of 3448 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
188,734,028
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 188734028
chr1 15050331
chr2 12696173
chr3 9317431
chr4 10266306
chr5 15188803
chr6 9981556
chr7 12365702
chr8 7473160
chr9 9407551
chr10 9816765
chr11 9866962
chr12 9834421
chr13 7333888
chr14 7283257
chr15 7825050
chr16 5820241
chr17 4229756
chr18 3584205
chr19 3970916
chr20 3484831
chr21 2900123
chr22 7081242
chrUn_NW_026528016v1 44
chrUn_NW_026528017v1 528
chrUn_NW_026528021v1 672
chrUn_NW_026528026v1 698
chrUn_NW_026528029v1 529
chrUn_NW_026528038v1 656
chrUn_NW_026528039v1 847
chrUn_NW_026528065v1 271
chrUn_NW_026528075v1 299
chrUn_NW_026528103v1 79
chrUn_NW_026528123v1 8
chrUn_NW_026528125v1 113
chrUn_NW_026528140v1 676
chrUn_NW_026528210v1 75
chrUn_NW_026528215v1 306
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 11
chrUn_NW_026528219v1 26
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 7
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 94
chrUn_NW_026528226v1 146
chrUn_NW_026528228v1 250
chrUn_NW_026528230v1 320
chrUn_NW_026528232v1 1659
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 685
chrUn_NW_026528285v1 70
chrUn_NW_026528292v1 26
chrUn_NW_026528295v1 297
chrUn_NW_026528296v1 11513
chrUn_NW_026528310v1 145
chrUn_NW_026528320v1 55
chrUn_NW_026528327v1 13
chrUn_NW_026528332v1 27
chrUn_NW_026528335v1 23
chrUn_NW_026528338v1 34
chrUn_NW_026528339v1 51
chrUn_NW_026528345v1 17
chrUn_NW_026528347v1 21
chrUn_NW_026528350v1 18
chrUn_NW_026528353v1 53
chrUn_NW_026528356v1 41
chrUn_NW_026528358v1 7
chrUn_NW_026528363v1 253
chrUn_NW_026528370v1 140
chrUn_NW_026528371v1 659
chrUn_NW_026528372v1 499
chrUn_NW_026528373v1 1029
chrUn_NW_026528378v1 17
chrUn_NW_026528380v1 12
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 42
chrUn_NW_026528385v1 62
chrUn_NW_026528390v1 67
chrUn_NW_026528393v1 19
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 8
chrUn_NW_026528403v1 15
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 12
chrUn_NW_026528412v1 23
chrUn_NW_026528413v1 10
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 5
chrUn_NW_026528420v1 7
chrUn_NW_026528423v1 70
chrUn_NW_026528431v1 308
chrUn_NW_026528432v1 764
chrUn_NW_026528433v1 3210
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 716
chrUn_NW_026528558v1 2740
chrUn_NW_026528559v1 105
chrUn_NW_026528561v1 493
chrUn_NW_026528588v1 41
chrUn_NW_026528589v1 27
chrUn_NW_026528590v1 2315
chrUn_NW_026528596v1 2586
chrUn_NW_026528609v1 40
chrUn_NW_026528611v1 13
chrUn_NW_026528615v1 27
chrUn_NW_026528621v1 47
chrUn_NW_026528631v1 303
chrUn_NW_026528634v1 296
chrUn_NW_026528635v1 7
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 45
chrUn_NW_026528656v1 8
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 22
chrUn_NW_026528670v1 11
chrUn_NW_026528677v1 23
chrUn_NW_026528708v1 8
chrUn_NW_026528719v1 794
chrUn_NW_026528737v1 111
chrUn_NW_026528739v1 47
chrUn_NW_026528741v1 8
chrUn_NW_026528745v1 30
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 17
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 12
chrUn_NW_026528754v1 9
chrUn_NW_026528755v1 175
chrUn_NW_026528772v1 26
chrUn_NW_026528775v1 24
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 23
chrUn_NW_026528785v1 12
chrUn_NW_026528786v1 39
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 4
chrUn_NW_026528792v1 5
chrUn_NW_026528793v1 102
chrUn_NW_026528795v1 76
chrUn_NW_026528796v1 180
chrUn_NW_026528797v1 2944
chrUn_NW_026528798v1 935
chrUn_NW_026528799v1 213
chrUn_NW_026528880v1 27
chrUn_NW_026528882v1 22
chrUn_NW_026528883v1 4
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 9
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 110
chrUn_NW_026528888v1 22
chrUn_NW_026528889v1 22
chrUn_NW_026528891v1 90
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 722
chrUn_NW_026528896v1 8
chrUn_NW_026528899v1 20
chrUn_NW_026528900v1 202
chrUn_NW_026528902v1 239
chrUn_NW_026528903v1 1210
chrUn_NW_026528917v1 359
chrUn_NW_026528926v1 146
chrUn_NW_026528928v1 1266
chrUn_NW_026528937v1 113
chrUn_NW_026528938v1 30
chrUn_NW_026528950v1 29
chrUn_NW_026528952v1 18
chrUn_NW_026528957v1 1538
chrUn_NW_026528960v1 268
chrUn_NW_026528975v1 196
chrUn_NW_026528984v1 98
chrUn_NW_026528985v1 6
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 17
chrUn_NW_026528988v1 147
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 31
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528996v1 48
chrUn_NW_026529007v1 358
chrUn_NW_026529008v1 4139
chrUn_NW_026529013v1 106
chrUn_NW_026529015v1 144
chrUn_NW_026529016v1 1515
chrUn_NW_026529060v1 1390
chrUn_NW_026529081v1 787
chrUn_NW_026529085v1 2313
chrX 3789055
chrX_NW_026527892v1_random 301
chrX_NW_026527894v1_random 694
chrX_NW_026527897v1_random 137
chrY 74149
chrY_NW_026527906v1_random 8
chrY_NW_026527909v1_random 96
chrY_NW_026527911v1_random 237
chrY_NW_026527913v1_random 371
chrY_NW_026527914v1_random 456
chrY_NW_026527915v1_random 33
chrY_NW_026527916v1_random 102
chrY_NW_026527918v1_random 88
chrY_NW_026527919v1_random 247
chrY_NW_026527927v1_random 41
chrY_NW_026527928v1_random 7
chrY_NW_026527932v1_random 94
chrY_NW_026527938v1_random 704
chrY_NW_026527939v1_random 34
chrY_NW_026527942v1_random 702
chrY_NW_026527945v1_random 21
chrY_NW_026527948v1_random 96
chrY_NW_026527949v1_random 90
chrY_NW_026527950v1_random 1395
chrY_NW_026527951v1_random 197
chrY_NW_026527955v1_random 276
chrY_NW_026527956v1_random 1988
chrY_NW_026527958v1_random 823
chrY_NW_026527960v1_random 133
chrY_NW_026527961v1_random 498
chrY_NW_026527966v1_random 16641
chrY_NW_026527967v1_random 559
chrY_NW_026527968v1_random 2608
chrY_NW_026527969v1_random 82
chrY_NW_026527974v1_random 85
chrY_NW_026527980v1_random 100

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 188734028 1 5039 125.32 97
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0038_1.gz 1.74 GB d58c4329e22fb341c965ad81ae14094e
P0038_1.gz.tbi 998.9 KB 9bd0e2a3c428a3ea545692c7f6ac1c15
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 0e7c91fde1e972012940d8a0ed098f4d
statistics/