Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0039_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0039_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0039_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0039_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CAGGTCCAGCATGGTT-P0039_1, CGAAGCGAGCACGATT-P0039_1, ACGAGTAAGCATGGTT-P0039_1, CCTATAGCATGAGCAG-P0039_1, GCGGAACCAACTAGAA-P0039_1 (top 5 of 1316 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
50,974,553
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 50974553
chr1 4107391
chr2 3469115
chr3 2546387
chr4 2815122
chr5 4042347
chr6 2746900
chr7 3288223
chr8 2072274
chr9 2559045
chr10 2680775
chr11 2617744
chr12 2575118
chr13 2048451
chr14 1940334
chr15 1992840
chr16 1586489
chr17 1195729
chr18 946781
chr19 1036707
chr20 991598
chr21 770994
chr22 1846957
chrUn_NW_026528016v1 13
chrUn_NW_026528017v1 125
chrUn_NW_026528021v1 199
chrUn_NW_026528026v1 176
chrUn_NW_026528029v1 136
chrUn_NW_026528038v1 188
chrUn_NW_026528039v1 231
chrUn_NW_026528065v1 43
chrUn_NW_026528075v1 113
chrUn_NW_026528103v1 33
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 35
chrUn_NW_026528140v1 173
chrUn_NW_026528210v1 21
chrUn_NW_026528215v1 104
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 6
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 16
chrUn_NW_026528226v1 27
chrUn_NW_026528228v1 77
chrUn_NW_026528230v1 83
chrUn_NW_026528232v1 369
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 135
chrUn_NW_026528285v1 13
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 91
chrUn_NW_026528296v1 3156
chrUn_NW_026528310v1 49
chrUn_NW_026528320v1 18
chrUn_NW_026528327v1 7
chrUn_NW_026528332v1 6
chrUn_NW_026528335v1 5
chrUn_NW_026528338v1 16
chrUn_NW_026528339v1 14
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 3
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 11
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 79
chrUn_NW_026528370v1 43
chrUn_NW_026528371v1 206
chrUn_NW_026528372v1 128
chrUn_NW_026528373v1 483
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528384v1 6
chrUn_NW_026528385v1 9
chrUn_NW_026528390v1 19
chrUn_NW_026528393v1 4
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 12
chrUn_NW_026528431v1 96
chrUn_NW_026528432v1 164
chrUn_NW_026528433v1 846
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 192
chrUn_NW_026528558v1 1061
chrUn_NW_026528559v1 26
chrUn_NW_026528561v1 103
chrUn_NW_026528588v1 12
chrUn_NW_026528589v1 19
chrUn_NW_026528590v1 719
chrUn_NW_026528596v1 1011
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 3
chrUn_NW_026528621v1 10
chrUn_NW_026528631v1 85
chrUn_NW_026528634v1 61
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 7
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 5
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 281
chrUn_NW_026528737v1 39
chrUn_NW_026528739v1 15
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 52
chrUn_NW_026528772v1 6
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 8
chrUn_NW_026528786v1 7
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 30
chrUn_NW_026528795v1 25
chrUn_NW_026528796v1 57
chrUn_NW_026528797v1 721
chrUn_NW_026528798v1 312
chrUn_NW_026528799v1 61
chrUn_NW_026528880v1 13
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 31
chrUn_NW_026528888v1 7
chrUn_NW_026528889v1 4
chrUn_NW_026528891v1 18
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 171
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 5
chrUn_NW_026528900v1 72
chrUn_NW_026528902v1 47
chrUn_NW_026528903v1 252
chrUn_NW_026528917v1 83
chrUn_NW_026528926v1 40
chrUn_NW_026528928v1 437
chrUn_NW_026528937v1 57
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 15
chrUn_NW_026528952v1 8
chrUn_NW_026528957v1 563
chrUn_NW_026528960v1 42
chrUn_NW_026528975v1 86
chrUn_NW_026528984v1 25
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 42
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 11
chrUn_NW_026529007v1 110
chrUn_NW_026529008v1 1287
chrUn_NW_026529013v1 26
chrUn_NW_026529015v1 51
chrUn_NW_026529016v1 487
chrUn_NW_026529060v1 400
chrUn_NW_026529081v1 174
chrUn_NW_026529085v1 485
chrX 1051447
chrX_NW_026527892v1_random 85
chrX_NW_026527894v1_random 188
chrX_NW_026527897v1_random 23
chrY 21061
chrY_NW_026527906v1_random 4
chrY_NW_026527909v1_random 27
chrY_NW_026527911v1_random 52
chrY_NW_026527913v1_random 108
chrY_NW_026527914v1_random 114
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527916v1_random 34
chrY_NW_026527918v1_random 32
chrY_NW_026527919v1_random 51
chrY_NW_026527927v1_random 12
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 33
chrY_NW_026527938v1_random 235
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 182
chrY_NW_026527945v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 33
chrY_NW_026527949v1_random 23
chrY_NW_026527950v1_random 409
chrY_NW_026527951v1_random 58
chrY_NW_026527955v1_random 61
chrY_NW_026527956v1_random 358
chrY_NW_026527958v1_random 165
chrY_NW_026527960v1_random 38
chrY_NW_026527961v1_random 117
chrY_NW_026527966v1_random 3571
chrY_NW_026527967v1_random 102
chrY_NW_026527968v1_random 554
chrY_NW_026527969v1_random 41
chrY_NW_026527974v1_random 21
chrY_NW_026527980v1_random 20

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 50974553 1 5019 132.73 104
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0039_1.h5ad.gz 496.65 MB 19e6cad5f7c016564455f3a000314824
P0039_1.h5ad.gz.tbi 603.52 KB 82c5ef2f066f0fa0b647d952ef2efbed
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 36fdc4cedbbab3dff78ebb6ec07dd9b5
statistics/