Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0039_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0039_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0039_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0039_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCGCTTAAGCGGATAA-P0039_1, ACCTAAATCGAGGAGT-P0039_1, CCGTGCTGTGTGTCCC-P0039_1, ACCAAGTTCCAAACAC-P0039_1, GCTGCAATCCAAATCA-P0039_1 (top 5 of 7268 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
299,055,891
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 299055891
chr1 23890327
chr2 20458320
chr3 15393719
chr4 16745398
chr5 23173461
chr6 16112889
chr7 19423436
chr8 12192936
chr9 14821006
chr10 15634046
chr11 15436767
chr12 15290492
chr13 11886048
chr14 11588608
chr15 11544978
chr16 9485651
chr17 6954642
chr18 5608312
chr19 5963280
chr20 5575953
chr21 4610169
chr22 10573917
chrUn_NW_026528016v1 67
chrUn_NW_026528017v1 686
chrUn_NW_026528021v1 845
chrUn_NW_026528026v1 1096
chrUn_NW_026528029v1 812
chrUn_NW_026528038v1 1018
chrUn_NW_026528039v1 1512
chrUn_NW_026528065v1 361
chrUn_NW_026528075v1 484
chrUn_NW_026528103v1 132
chrUn_NW_026528123v1 10
chrUn_NW_026528125v1 176
chrUn_NW_026528140v1 1090
chrUn_NW_026528210v1 146
chrUn_NW_026528215v1 563
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 12
chrUn_NW_026528219v1 43
chrUn_NW_026528220v1 9
chrUn_NW_026528221v1 10
chrUn_NW_026528222v1 9
chrUn_NW_026528224v1 24
chrUn_NW_026528225v1 153
chrUn_NW_026528226v1 221
chrUn_NW_026528228v1 357
chrUn_NW_026528230v1 518
chrUn_NW_026528232v1 2714
chrUn_NW_026528259v1 9
chrUn_NW_026528278v1 847
chrUn_NW_026528285v1 86
chrUn_NW_026528292v1 40
chrUn_NW_026528295v1 427
chrUn_NW_026528296v1 18283
chrUn_NW_026528310v1 239
chrUn_NW_026528320v1 82
chrUn_NW_026528327v1 35
chrUn_NW_026528332v1 31
chrUn_NW_026528335v1 38
chrUn_NW_026528338v1 61
chrUn_NW_026528339v1 83
chrUn_NW_026528345v1 19
chrUn_NW_026528347v1 18
chrUn_NW_026528350v1 44
chrUn_NW_026528353v1 77
chrUn_NW_026528356v1 66
chrUn_NW_026528358v1 10
chrUn_NW_026528360v1 5
chrUn_NW_026528363v1 406
chrUn_NW_026528370v1 208
chrUn_NW_026528371v1 1097
chrUn_NW_026528372v1 1047
chrUn_NW_026528373v1 1773
chrUn_NW_026528378v1 11
chrUn_NW_026528380v1 17
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 57
chrUn_NW_026528385v1 109
chrUn_NW_026528390v1 133
chrUn_NW_026528393v1 21
chrUn_NW_026528396v1 14
chrUn_NW_026528397v1 6
chrUn_NW_026528402v1 13
chrUn_NW_026528403v1 21
chrUn_NW_026528404v1 4
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 19
chrUn_NW_026528412v1 35
chrUn_NW_026528413v1 12
chrUn_NW_026528416v1 13
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 7
chrUn_NW_026528423v1 113
chrUn_NW_026528431v1 565
chrUn_NW_026528432v1 1155
chrUn_NW_026528433v1 4761
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 6
chrUn_NW_026528480v1 1088
chrUn_NW_026528558v1 4581
chrUn_NW_026528559v1 174
chrUn_NW_026528561v1 719
chrUn_NW_026528588v1 81
chrUn_NW_026528589v1 90
chrUn_NW_026528590v1 4443
chrUn_NW_026528596v1 5313
chrUn_NW_026528609v1 58
chrUn_NW_026528611v1 11
chrUn_NW_026528615v1 31
chrUn_NW_026528621v1 51
chrUn_NW_026528631v1 471
chrUn_NW_026528634v1 436
chrUn_NW_026528635v1 14
chrUn_NW_026528644v1 17
chrUn_NW_026528650v1 35
chrUn_NW_026528656v1 7
chrUn_NW_026528661v1 16
chrUn_NW_026528668v1 28
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 44
chrUn_NW_026528708v1 10
chrUn_NW_026528719v1 1274
chrUn_NW_026528737v1 226
chrUn_NW_026528739v1 80
chrUn_NW_026528740v1 4
chrUn_NW_026528741v1 8
chrUn_NW_026528745v1 56
chrUn_NW_026528748v1 11
chrUn_NW_026528750v1 22
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 22
chrUn_NW_026528754v1 15
chrUn_NW_026528755v1 346
chrUn_NW_026528772v1 51
chrUn_NW_026528775v1 58
chrUn_NW_026528777v1 15
chrUn_NW_026528784v1 38
chrUn_NW_026528785v1 24
chrUn_NW_026528786v1 67
chrUn_NW_026528788v1 15
chrUn_NW_026528791v1 7
chrUn_NW_026528792v1 10
chrUn_NW_026528793v1 214
chrUn_NW_026528795v1 143
chrUn_NW_026528796v1 325
chrUn_NW_026528797v1 4958
chrUn_NW_026528798v1 1338
chrUn_NW_026528799v1 271
chrUn_NW_026528880v1 64
chrUn_NW_026528882v1 37
chrUn_NW_026528883v1 4
chrUn_NW_026528884v1 21
chrUn_NW_026528885v1 15
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 220
chrUn_NW_026528888v1 39
chrUn_NW_026528889v1 42
chrUn_NW_026528891v1 137
chrUn_NW_026528893v1 23
chrUn_NW_026528894v1 1136
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 43
chrUn_NW_026528900v1 400
chrUn_NW_026528902v1 385
chrUn_NW_026528903v1 2215
chrUn_NW_026528917v1 501
chrUn_NW_026528926v1 232
chrUn_NW_026528928v1 2188
chrUn_NW_026528937v1 207
chrUn_NW_026528938v1 37
chrUn_NW_026528950v1 43
chrUn_NW_026528952v1 30
chrUn_NW_026528957v1 2620
chrUn_NW_026528960v1 335
chrUn_NW_026528975v1 365
chrUn_NW_026528984v1 167
chrUn_NW_026528985v1 13
chrUn_NW_026528986v1 11
chrUn_NW_026528987v1 28
chrUn_NW_026528988v1 263
chrUn_NW_026528989v1 15
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 41
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 5
chrUn_NW_026528996v1 76
chrUn_NW_026529007v1 533
chrUn_NW_026529008v1 7679
chrUn_NW_026529013v1 129
chrUn_NW_026529015v1 284
chrUn_NW_026529016v1 2392
chrUn_NW_026529060v1 2303
chrUn_NW_026529081v1 1415
chrUn_NW_026529085v1 3595
chrX 6417450
chrX_NW_026527892v1_random 499
chrX_NW_026527894v1_random 1141
chrX_NW_026527897v1_random 238
chrY 133209
chrY_NW_026527906v1_random 42
chrY_NW_026527909v1_random 192
chrY_NW_026527911v1_random 429
chrY_NW_026527913v1_random 702
chrY_NW_026527914v1_random 823
chrY_NW_026527915v1_random 48
chrY_NW_026527916v1_random 284
chrY_NW_026527918v1_random 250
chrY_NW_026527919v1_random 429
chrY_NW_026527927v1_random 88
chrY_NW_026527928v1_random 4
chrY_NW_026527931v1_random 4
chrY_NW_026527932v1_random 213
chrY_NW_026527938v1_random 1136
chrY_NW_026527939v1_random 33
chrY_NW_026527942v1_random 1544
chrY_NW_026527945v1_random 65
chrY_NW_026527948v1_random 172
chrY_NW_026527949v1_random 157
chrY_NW_026527950v1_random 2317
chrY_NW_026527951v1_random 381
chrY_NW_026527955v1_random 466
chrY_NW_026527956v1_random 1620
chrY_NW_026527958v1_random 761
chrY_NW_026527960v1_random 212
chrY_NW_026527961v1_random 755
chrY_NW_026527966v1_random 17592
chrY_NW_026527967v1_random 874
chrY_NW_026527968v1_random 4118
chrY_NW_026527969v1_random 159
chrY_NW_026527974v1_random 174
chrY_NW_026527980v1_random 120

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 299055891 1 5040 139.61 118
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0039_1.gz 2.85 GB 6e9e75e7ced5fb387eb6e907700333a8
P0039_1.gz.tbi 1.22 MB db71f641bcb6b1309c2c72ceebf72d2c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 64bec54e50938f08ae0a757580772761
statistics/