Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0040_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0040_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0040_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0040_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCGGTTAAGCTCAATA-P0040_1, TCATTGCGTGTAATAC-P0040_1, TCCTGTTCACTGGCCA-P0040_1, ACATTGCAGCTACTGG-P0040_1, CCTGTTGGTAGGTGTC-P0040_1 (top 5 of 764 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
24,787,580
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 24787580
chr1 2025938
chr2 1636142
chr3 1213083
chr4 1316109
chr5 2047968
chr6 1306649
chr7 1641340
chr8 982309
chr9 1215905
chr10 1324645
chr11 1310222
chr12 1307730
chr13 932858
chr14 944590
chr15 922157
chr16 742334
chr17 552451
chr18 463362
chr19 484742
chr20 504174
chr21 372159
chr22 1002658
chrUn_NW_026528016v1 10
chrUn_NW_026528017v1 107
chrUn_NW_026528021v1 128
chrUn_NW_026528026v1 77
chrUn_NW_026528029v1 104
chrUn_NW_026528038v1 85
chrUn_NW_026528039v1 120
chrUn_NW_026528065v1 38
chrUn_NW_026528075v1 47
chrUn_NW_026528103v1 13
chrUn_NW_026528125v1 25
chrUn_NW_026528140v1 94
chrUn_NW_026528210v1 20
chrUn_NW_026528215v1 52
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 7
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 14
chrUn_NW_026528226v1 22
chrUn_NW_026528228v1 29
chrUn_NW_026528230v1 51
chrUn_NW_026528232v1 155
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 82
chrUn_NW_026528285v1 11
chrUn_NW_026528292v1 5
chrUn_NW_026528295v1 44
chrUn_NW_026528296v1 1914
chrUn_NW_026528310v1 22
chrUn_NW_026528320v1 6
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 5
chrUn_NW_026528338v1 9
chrUn_NW_026528339v1 12
chrUn_NW_026528345v1 2
chrUn_NW_026528350v1 9
chrUn_NW_026528353v1 8
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 60
chrUn_NW_026528370v1 24
chrUn_NW_026528371v1 103
chrUn_NW_026528372v1 65
chrUn_NW_026528373v1 163
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 4
chrUn_NW_026528385v1 13
chrUn_NW_026528390v1 9
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528403v1 1
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 1
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528423v1 16
chrUn_NW_026528431v1 53
chrUn_NW_026528432v1 144
chrUn_NW_026528433v1 493
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528480v1 122
chrUn_NW_026528558v1 442
chrUn_NW_026528559v1 21
chrUn_NW_026528561v1 51
chrUn_NW_026528588v1 10
chrUn_NW_026528589v1 1
chrUn_NW_026528590v1 337
chrUn_NW_026528596v1 412
chrUn_NW_026528609v1 3
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 2
chrUn_NW_026528621v1 7
chrUn_NW_026528631v1 37
chrUn_NW_026528634v1 33
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 5
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 1
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 5
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 121
chrUn_NW_026528737v1 22
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528745v1 3
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 20
chrUn_NW_026528772v1 3
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528784v1 5
chrUn_NW_026528785v1 1
chrUn_NW_026528786v1 3
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 22
chrUn_NW_026528795v1 16
chrUn_NW_026528796v1 38
chrUn_NW_026528797v1 477
chrUn_NW_026528798v1 154
chrUn_NW_026528799v1 38
chrUn_NW_026528880v1 3
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 21
chrUn_NW_026528888v1 5
chrUn_NW_026528889v1 4
chrUn_NW_026528891v1 8
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 98
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 1
chrUn_NW_026528900v1 41
chrUn_NW_026528902v1 39
chrUn_NW_026528903v1 135
chrUn_NW_026528917v1 34
chrUn_NW_026528926v1 17
chrUn_NW_026528928v1 176
chrUn_NW_026528937v1 23
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 4
chrUn_NW_026528952v1 6
chrUn_NW_026528957v1 219
chrUn_NW_026528960v1 28
chrUn_NW_026528975v1 37
chrUn_NW_026528984v1 23
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 17
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528996v1 4
chrUn_NW_026529007v1 53
chrUn_NW_026529008v1 663
chrUn_NW_026529013v1 14
chrUn_NW_026529015v1 24
chrUn_NW_026529016v1 241
chrUn_NW_026529060v1 265
chrUn_NW_026529081v1 81
chrUn_NW_026529085v1 225
chrX 510456
chrX_NW_026527892v1_random 32
chrX_NW_026527894v1_random 122
chrX_NW_026527897v1_random 23
chrY 11944
chrY_NW_026527906v1_random 2
chrY_NW_026527909v1_random 12
chrY_NW_026527911v1_random 33
chrY_NW_026527913v1_random 54
chrY_NW_026527914v1_random 54
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527916v1_random 14
chrY_NW_026527918v1_random 10
chrY_NW_026527919v1_random 24
chrY_NW_026527927v1_random 10
chrY_NW_026527932v1_random 24
chrY_NW_026527938v1_random 95
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 129
chrY_NW_026527945v1_random 7
chrY_NW_026527948v1_random 15
chrY_NW_026527949v1_random 12
chrY_NW_026527950v1_random 206
chrY_NW_026527951v1_random 47
chrY_NW_026527955v1_random 66
chrY_NW_026527956v1_random 640
chrY_NW_026527958v1_random 227
chrY_NW_026527960v1_random 23
chrY_NW_026527961v1_random 121
chrY_NW_026527966v1_random 3761
chrY_NW_026527967v1_random 44
chrY_NW_026527968v1_random 297
chrY_NW_026527969v1_random 21
chrY_NW_026527974v1_random 16
chrY_NW_026527980v1_random 8

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 24787580 1 5036 111.47 79
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0040_1.h5ad.gz 228.28 MB abebdc6cc484d22a8c82a701ab402b14
P0040_1.h5ad.gz.tbi 567.17 KB 6555db3c7a6f707af99ca687215a3eb8
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 108ee5bf83d40c5e8891ef5247b51ab4
statistics/