Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0040_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0040_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0040_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0040_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AACTGTTCAGCTTAAT-P0040_1, GGCGGTAAGCAAGGGT-P0040_1, CCGGTTAAGCTCAATA-P0040_1, TCATTGCGTGTAATAC-P0040_1, TCCTGTTCACTGGCCA-P0040_1 (top 5 of 6909 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
212,321,278
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 212321278
chr1 17154747
chr2 14035706
chr3 10060581
chr4 11154264
chr5 17939879
chr6 10887944
chr7 14206065
chr8 8231167
chr9 10433893
chr10 11340623
chr11 11226391
chr12 11421683
chr13 8013958
chr14 7913333
chr15 8253743
chr16 6294209
chr17 4658534
chr18 3973029
chr19 4220891
chr20 4349793
chr21 3139283
chr22 8854449
chrUn_NW_026528016v1 63
chrUn_NW_026528017v1 714
chrUn_NW_026528021v1 1010
chrUn_NW_026528026v1 649
chrUn_NW_026528029v1 748
chrUn_NW_026528038v1 748
chrUn_NW_026528039v1 1203
chrUn_NW_026528065v1 246
chrUn_NW_026528075v1 337
chrUn_NW_026528103v1 93
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 151
chrUn_NW_026528140v1 603
chrUn_NW_026528210v1 116
chrUn_NW_026528215v1 390
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 40
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528221v1 7
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 120
chrUn_NW_026528226v1 247
chrUn_NW_026528228v1 237
chrUn_NW_026528230v1 352
chrUn_NW_026528232v1 1249
chrUn_NW_026528259v1 8
chrUn_NW_026528278v1 783
chrUn_NW_026528285v1 84
chrUn_NW_026528292v1 27
chrUn_NW_026528295v1 320
chrUn_NW_026528296v1 17780
chrUn_NW_026528310v1 216
chrUn_NW_026528320v1 52
chrUn_NW_026528327v1 20
chrUn_NW_026528332v1 18
chrUn_NW_026528335v1 43
chrUn_NW_026528338v1 50
chrUn_NW_026528339v1 43
chrUn_NW_026528345v1 17
chrUn_NW_026528347v1 17
chrUn_NW_026528350v1 37
chrUn_NW_026528353v1 64
chrUn_NW_026528356v1 44
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 469
chrUn_NW_026528370v1 179
chrUn_NW_026528371v1 910
chrUn_NW_026528372v1 504
chrUn_NW_026528373v1 1236
chrUn_NW_026528378v1 11
chrUn_NW_026528380v1 14
chrUn_NW_026528381v1 4
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 40
chrUn_NW_026528385v1 81
chrUn_NW_026528390v1 63
chrUn_NW_026528393v1 28
chrUn_NW_026528396v1 11
chrUn_NW_026528397v1 10
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 9
chrUn_NW_026528404v1 4
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 17
chrUn_NW_026528412v1 17
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 87
chrUn_NW_026528431v1 287
chrUn_NW_026528432v1 1054
chrUn_NW_026528433v1 3574
chrUn_NW_026528440v1 4
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 815
chrUn_NW_026528558v1 3078
chrUn_NW_026528559v1 163
chrUn_NW_026528561v1 699
chrUn_NW_026528588v1 41
chrUn_NW_026528589v1 33
chrUn_NW_026528590v1 2233
chrUn_NW_026528596v1 2940
chrUn_NW_026528609v1 44
chrUn_NW_026528611v1 9
chrUn_NW_026528615v1 32
chrUn_NW_026528621v1 72
chrUn_NW_026528631v1 319
chrUn_NW_026528634v1 273
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 15
chrUn_NW_026528650v1 30
chrUn_NW_026528656v1 6
chrUn_NW_026528661v1 13
chrUn_NW_026528668v1 12
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 12
chrUn_NW_026528708v1 11
chrUn_NW_026528719v1 922
chrUn_NW_026528737v1 161
chrUn_NW_026528739v1 40
chrUn_NW_026528745v1 32
chrUn_NW_026528748v1 7
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 11
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 18
chrUn_NW_026528754v1 12
chrUn_NW_026528755v1 172
chrUn_NW_026528772v1 28
chrUn_NW_026528775v1 26
chrUn_NW_026528777v1 11
chrUn_NW_026528784v1 23
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 43
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 141
chrUn_NW_026528795v1 85
chrUn_NW_026528796v1 287
chrUn_NW_026528797v1 3189
chrUn_NW_026528798v1 1291
chrUn_NW_026528799v1 309
chrUn_NW_026528880v1 27
chrUn_NW_026528882v1 15
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 19
chrUn_NW_026528885v1 6
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 170
chrUn_NW_026528888v1 32
chrUn_NW_026528889v1 31
chrUn_NW_026528891v1 70
chrUn_NW_026528893v1 16
chrUn_NW_026528894v1 746
chrUn_NW_026528896v1 5
chrUn_NW_026528899v1 19
chrUn_NW_026528900v1 344
chrUn_NW_026528902v1 245
chrUn_NW_026528903v1 1035
chrUn_NW_026528917v1 304
chrUn_NW_026528926v1 124
chrUn_NW_026528928v1 1331
chrUn_NW_026528937v1 148
chrUn_NW_026528938v1 36
chrUn_NW_026528950v1 31
chrUn_NW_026528952v1 26
chrUn_NW_026528957v1 1763
chrUn_NW_026528960v1 254
chrUn_NW_026528975v1 234
chrUn_NW_026528984v1 103
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 13
chrUn_NW_026528988v1 136
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528992v1 35
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 33
chrUn_NW_026529007v1 474
chrUn_NW_026529008v1 5951
chrUn_NW_026529013v1 99
chrUn_NW_026529015v1 174
chrUn_NW_026529016v1 1704
chrUn_NW_026529060v1 2140
chrUn_NW_026529081v1 555
chrUn_NW_026529085v1 1688
chrX 4347413
chrX_NW_026527892v1_random 284
chrX_NW_026527894v1_random 973
chrX_NW_026527897v1_random 181
chrY 93504
chrY_NW_026527906v1_random 21
chrY_NW_026527909v1_random 92
chrY_NW_026527911v1_random 245
chrY_NW_026527913v1_random 477
chrY_NW_026527914v1_random 418
chrY_NW_026527915v1_random 35
chrY_NW_026527916v1_random 137
chrY_NW_026527918v1_random 98
chrY_NW_026527919v1_random 234
chrY_NW_026527927v1_random 47
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 120
chrY_NW_026527938v1_random 741
chrY_NW_026527939v1_random 33
chrY_NW_026527942v1_random 794
chrY_NW_026527945v1_random 29
chrY_NW_026527948v1_random 121
chrY_NW_026527949v1_random 103
chrY_NW_026527950v1_random 2020
chrY_NW_026527951v1_random 296
chrY_NW_026527955v1_random 371
chrY_NW_026527956v1_random 3099
chrY_NW_026527958v1_random 1042
chrY_NW_026527960v1_random 222
chrY_NW_026527961v1_random 722
chrY_NW_026527966v1_random 25095
chrY_NW_026527967v1_random 316
chrY_NW_026527968v1_random 2034
chrY_NW_026527969v1_random 147
chrY_NW_026527974v1_random 95
chrY_NW_026527980v1_random 67

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 212321278 1 5036 111.03 79
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0040_1.gz 1.98 GB ada30fd35013c6c9907782d636f3cf17
P0040_1.gz.tbi 1.02 MB 38c0accc2fc26490280bd748af01297c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 51fe59401d14a9a9d16bc8e154416c70
statistics/