Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0041_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0041_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0041_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0041_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCCAAACCATTGACAT-P0041_1, TGTATCCGTGTTGCTT-P0041_1, CGCTCCATCTTGAGCG-P0041_1, TTAGCAATCGATAACC-P0041_1, GGTCATTAGTGAGCAA-P0041_1 (top 5 of 7084 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
73,863,813
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 73863813
chr1 6053827
chr2 4567736
chr3 3177832
chr4 3800022
chr5 6570512
chr6 3657839
chr7 4776893
chr8 2614898
chr9 3432527
chr10 3958718
chr11 4135481
chr12 4173247
chr13 2584737
chr14 2660974
chr15 2797209
chr16 1961351
chr17 1555061
chr18 1475336
chr19 1629265
chr20 1552477
chr21 994869
chr22 4309107
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 184
chrUn_NW_026528021v1 245
chrUn_NW_026528026v1 174
chrUn_NW_026528029v1 239
chrUn_NW_026528038v1 117
chrUn_NW_026528039v1 208
chrUn_NW_026528065v1 230
chrUn_NW_026528075v1 71
chrUn_NW_026528103v1 15
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 31
chrUn_NW_026528140v1 473
chrUn_NW_026528210v1 22
chrUn_NW_026528215v1 116
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528219v1 7
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 7
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 39
chrUn_NW_026528226v1 85
chrUn_NW_026528228v1 49
chrUn_NW_026528230v1 89
chrUn_NW_026528232v1 164
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 233
chrUn_NW_026528285v1 22
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 79
chrUn_NW_026528296v1 6834
chrUn_NW_026528310v1 39
chrUn_NW_026528320v1 12
chrUn_NW_026528327v1 9
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 7
chrUn_NW_026528338v1 13
chrUn_NW_026528339v1 15
chrUn_NW_026528345v1 2
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 4
chrUn_NW_026528353v1 15
chrUn_NW_026528356v1 14
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 72
chrUn_NW_026528370v1 176
chrUn_NW_026528371v1 247
chrUn_NW_026528372v1 100
chrUn_NW_026528373v1 206
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 17
chrUn_NW_026528385v1 33
chrUn_NW_026528390v1 23
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 1
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 5
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 34
chrUn_NW_026528431v1 65
chrUn_NW_026528432v1 210
chrUn_NW_026528433v1 7128
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 196
chrUn_NW_026528558v1 697
chrUn_NW_026528559v1 36
chrUn_NW_026528561v1 81
chrUn_NW_026528588v1 11
chrUn_NW_026528589v1 10
chrUn_NW_026528590v1 718
chrUn_NW_026528596v1 862
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 16
chrUn_NW_026528621v1 16
chrUn_NW_026528631v1 51
chrUn_NW_026528634v1 98
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 11
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 3
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 157
chrUn_NW_026528737v1 33
chrUn_NW_026528739v1 22
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 4
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 44
chrUn_NW_026528772v1 6
chrUn_NW_026528775v1 6
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 7
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 3
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 52
chrUn_NW_026528795v1 30
chrUn_NW_026528796v1 66
chrUn_NW_026528797v1 1473
chrUn_NW_026528798v1 433
chrUn_NW_026528799v1 69
chrUn_NW_026528880v1 9
chrUn_NW_026528882v1 7
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 33
chrUn_NW_026528888v1 13
chrUn_NW_026528889v1 4
chrUn_NW_026528891v1 28
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 274
chrUn_NW_026528899v1 5
chrUn_NW_026528900v1 52
chrUn_NW_026528902v1 61
chrUn_NW_026528903v1 262
chrUn_NW_026528917v1 78
chrUn_NW_026528926v1 37
chrUn_NW_026528928v1 291
chrUn_NW_026528937v1 35
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 373
chrUn_NW_026528960v1 94
chrUn_NW_026528975v1 62
chrUn_NW_026528984v1 27
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 34
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528992v1 5
chrUn_NW_026528996v1 9
chrUn_NW_026529007v1 227
chrUn_NW_026529008v1 2060
chrUn_NW_026529013v1 16
chrUn_NW_026529015v1 44
chrUn_NW_026529016v1 342
chrUn_NW_026529060v1 459
chrUn_NW_026529081v1 185
chrUn_NW_026529085v1 447
chrX 1325985
chrX_NW_026527892v1_random 59
chrX_NW_026527894v1_random 96
chrX_NW_026527897v1_random 28
chrY 31852
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 14
chrY_NW_026527911v1_random 33
chrY_NW_026527913v1_random 47
chrY_NW_026527914v1_random 89
chrY_NW_026527915v1_random 5
chrY_NW_026527916v1_random 35
chrY_NW_026527918v1_random 31
chrY_NW_026527919v1_random 67
chrY_NW_026527927v1_random 15
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 13
chrY_NW_026527938v1_random 150
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 176
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 21
chrY_NW_026527949v1_random 25
chrY_NW_026527950v1_random 711
chrY_NW_026527951v1_random 65
chrY_NW_026527955v1_random 85
chrY_NW_026527956v1_random 7278
chrY_NW_026527958v1_random 3148
chrY_NW_026527960v1_random 34
chrY_NW_026527961v1_random 108
chrY_NW_026527966v1_random 23758
chrY_NW_026527967v1_random 131
chrY_NW_026527968v1_random 618
chrY_NW_026527969v1_random 8
chrY_NW_026527974v1_random 26
chrY_NW_026527980v1_random 16

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 73863813 1 5037 149.52 117
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0041_1.h5ad.gz 717.56 MB 916fa4be684b4b66df5a6a5d597f0559
P0041_1.h5ad.gz.tbi 671.93 KB f21965ef707627b403f618de4c34181b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB bc40245471b727878bcfd4cd40f3b848
statistics/