Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0041_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0041_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0041_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0041_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCCAAACCATTGACAT-P0041_1, TGTATCCGTGTTGCTT-P0041_1, CGCTCCATCTTGAGCG-P0041_1, TTAGCAATCGATAACC-P0041_1, GGTCATTAGTGAGCAA-P0041_1 (top 5 of 7799 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
97,549,067
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 97549067
chr1 7911282
chr2 6110838
chr3 4289129
chr4 5068887
chr5 8525376
chr6 4852585
chr7 6376089
chr8 3572934
chr9 4628964
chr10 5270541
chr11 5396641
chr12 5405574
chr13 3496986
chr14 3539382
chr15 3765273
chr16 2673429
chr17 2081563
chr18 1935597
chr19 2127853
chr20 2016137
chr21 1348306
chr22 5249743
chrUn_NW_026528016v1 15
chrUn_NW_026528017v1 222
chrUn_NW_026528021v1 414
chrUn_NW_026528026v1 240
chrUn_NW_026528029v1 295
chrUn_NW_026528038v1 201
chrUn_NW_026528039v1 316
chrUn_NW_026528065v1 261
chrUn_NW_026528075v1 113
chrUn_NW_026528103v1 21
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 40
chrUn_NW_026528140v1 568
chrUn_NW_026528210v1 33
chrUn_NW_026528215v1 147
chrUn_NW_026528217v1 6
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 12
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 7
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 52
chrUn_NW_026528226v1 96
chrUn_NW_026528228v1 88
chrUn_NW_026528230v1 118
chrUn_NW_026528232v1 307
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 301
chrUn_NW_026528285v1 31
chrUn_NW_026528292v1 7
chrUn_NW_026528295v1 100
chrUn_NW_026528296v1 8925
chrUn_NW_026528310v1 49
chrUn_NW_026528320v1 19
chrUn_NW_026528327v1 11
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 16
chrUn_NW_026528339v1 16
chrUn_NW_026528345v1 4
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 7
chrUn_NW_026528353v1 20
chrUn_NW_026528356v1 23
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 87
chrUn_NW_026528370v1 211
chrUn_NW_026528371v1 332
chrUn_NW_026528372v1 167
chrUn_NW_026528373v1 349
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 21
chrUn_NW_026528385v1 40
chrUn_NW_026528390v1 35
chrUn_NW_026528393v1 15
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528408v1 1
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 36
chrUn_NW_026528431v1 109
chrUn_NW_026528432v1 275
chrUn_NW_026528433v1 7655
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 251
chrUn_NW_026528558v1 882
chrUn_NW_026528559v1 43
chrUn_NW_026528561v1 164
chrUn_NW_026528588v1 13
chrUn_NW_026528589v1 11
chrUn_NW_026528590v1 883
chrUn_NW_026528596v1 1134
chrUn_NW_026528609v1 14
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 17
chrUn_NW_026528621v1 26
chrUn_NW_026528631v1 79
chrUn_NW_026528634v1 119
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 12
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 238
chrUn_NW_026528737v1 48
chrUn_NW_026528739v1 25
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 6
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 56
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 8
chrUn_NW_026528786v1 7
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 68
chrUn_NW_026528795v1 45
chrUn_NW_026528796v1 124
chrUn_NW_026528797v1 2114
chrUn_NW_026528798v1 610
chrUn_NW_026528799v1 97
chrUn_NW_026528880v1 13
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 50
chrUn_NW_026528888v1 14
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 39
chrUn_NW_026528893v1 16
chrUn_NW_026528894v1 314
chrUn_NW_026528899v1 7
chrUn_NW_026528900v1 79
chrUn_NW_026528902v1 97
chrUn_NW_026528903v1 431
chrUn_NW_026528917v1 110
chrUn_NW_026528926v1 49
chrUn_NW_026528928v1 385
chrUn_NW_026528937v1 50
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 8
chrUn_NW_026528952v1 6
chrUn_NW_026528957v1 500
chrUn_NW_026528960v1 139
chrUn_NW_026528975v1 85
chrUn_NW_026528984v1 31
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 52
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 16
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 13
chrUn_NW_026529007v1 271
chrUn_NW_026529008v1 2537
chrUn_NW_026529013v1 22
chrUn_NW_026529015v1 57
chrUn_NW_026529016v1 462
chrUn_NW_026529060v1 677
chrUn_NW_026529081v1 290
chrUn_NW_026529085v1 650
chrX 1786735
chrX_NW_026527892v1_random 103
chrX_NW_026527894v1_random 153
chrX_NW_026527897v1_random 42
chrY 41676
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 23
chrY_NW_026527911v1_random 63
chrY_NW_026527913v1_random 89
chrY_NW_026527914v1_random 127
chrY_NW_026527915v1_random 7
chrY_NW_026527916v1_random 50
chrY_NW_026527918v1_random 41
chrY_NW_026527919v1_random 94
chrY_NW_026527927v1_random 22
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 31
chrY_NW_026527938v1_random 206
chrY_NW_026527939v1_random 10
chrY_NW_026527942v1_random 246
chrY_NW_026527945v1_random 5
chrY_NW_026527948v1_random 36
chrY_NW_026527949v1_random 31
chrY_NW_026527950v1_random 820
chrY_NW_026527951v1_random 79
chrY_NW_026527955v1_random 117
chrY_NW_026527956v1_random 7540
chrY_NW_026527958v1_random 3284
chrY_NW_026527960v1_random 40
chrY_NW_026527961v1_random 156
chrY_NW_026527966v1_random 25778
chrY_NW_026527967v1_random 170
chrY_NW_026527968v1_random 852
chrY_NW_026527969v1_random 25
chrY_NW_026527974v1_random 37
chrY_NW_026527980v1_random 18

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 97549067 1 5039 151.73 120
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0041_1.gz 945.81 MB 570f138769c9cfd74f4fa3920db5fb84
P0041_1.gz.tbi 735.68 KB 0fe8c9f88c4412978a8ec3ad26288d4a
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB a87e16981c6390c340545de0e3b74084
statistics/