Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0042_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0042_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0042_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0042_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATGACTTCCTTAATC-P0042_1, TGTGCGGGTGTCCAGG-P0042_1, ATTGCAGGTCAGGCAT-P0042_1, TGTGCTGAGCACTAGT-P0042_1, CCCGTTGTCGGGACCT-P0042_1 (top 5 of 3851 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
44,615,760
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 44615760
chr1 3621631
chr2 2904851
chr3 2118287
chr4 2410006
chr5 3740386
chr6 2246098
chr7 2904991
chr8 1670600
chr9 2118086
chr10 2351964
chr11 2448990
chr12 2350932
chr13 1620965
chr14 1634674
chr15 1746238
chr16 1290585
chr17 999229
chr18 873872
chr19 928844
chr20 893458
chr21 645764
chr22 2164554
chrUn_NW_026528016v1 14
chrUn_NW_026528017v1 130
chrUn_NW_026528021v1 180
chrUn_NW_026528026v1 165
chrUn_NW_026528029v1 148
chrUn_NW_026528038v1 101
chrUn_NW_026528039v1 161
chrUn_NW_026528065v1 81
chrUn_NW_026528075v1 99
chrUn_NW_026528103v1 23
chrUn_NW_026528125v1 40
chrUn_NW_026528140v1 190
chrUn_NW_026528210v1 13
chrUn_NW_026528215v1 69
chrUn_NW_026528218v1 3
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 4
chrUn_NW_026528225v1 33
chrUn_NW_026528226v1 55
chrUn_NW_026528228v1 82
chrUn_NW_026528230v1 50
chrUn_NW_026528232v1 172
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 124
chrUn_NW_026528285v1 24
chrUn_NW_026528292v1 8
chrUn_NW_026528295v1 81
chrUn_NW_026528296v1 3158
chrUn_NW_026528310v1 35
chrUn_NW_026528320v1 13
chrUn_NW_026528327v1 13
chrUn_NW_026528332v1 6
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 11
chrUn_NW_026528339v1 10
chrUn_NW_026528345v1 3
chrUn_NW_026528347v1 2
chrUn_NW_026528350v1 13
chrUn_NW_026528353v1 13
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 58
chrUn_NW_026528370v1 59
chrUn_NW_026528371v1 154
chrUn_NW_026528372v1 101
chrUn_NW_026528373v1 195
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528384v1 7
chrUn_NW_026528385v1 25
chrUn_NW_026528390v1 13
chrUn_NW_026528393v1 2
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 23
chrUn_NW_026528431v1 87
chrUn_NW_026528432v1 206
chrUn_NW_026528433v1 1967
chrUn_NW_026528480v1 143
chrUn_NW_026528558v1 1054
chrUn_NW_026528559v1 32
chrUn_NW_026528561v1 129
chrUn_NW_026528588v1 11
chrUn_NW_026528589v1 5
chrUn_NW_026528590v1 522
chrUn_NW_026528596v1 831
chrUn_NW_026528609v1 11
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 5
chrUn_NW_026528621v1 5
chrUn_NW_026528631v1 50
chrUn_NW_026528634v1 50
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 5
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 1
chrUn_NW_026528677v1 1
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 289
chrUn_NW_026528737v1 24
chrUn_NW_026528739v1 12
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 45
chrUn_NW_026528772v1 8
chrUn_NW_026528775v1 3
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 9
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 21
chrUn_NW_026528795v1 34
chrUn_NW_026528796v1 86
chrUn_NW_026528797v1 1049
chrUn_NW_026528798v1 308
chrUn_NW_026528799v1 39
chrUn_NW_026528880v1 6
chrUn_NW_026528882v1 6
chrUn_NW_026528884v1 2
chrUn_NW_026528887v1 23
chrUn_NW_026528888v1 8
chrUn_NW_026528889v1 3
chrUn_NW_026528891v1 23
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 124
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 27
chrUn_NW_026528902v1 39
chrUn_NW_026528903v1 210
chrUn_NW_026528917v1 72
chrUn_NW_026528926v1 41
chrUn_NW_026528928v1 470
chrUn_NW_026528937v1 56
chrUn_NW_026528938v1 16
chrUn_NW_026528950v1 9
chrUn_NW_026528952v1 9
chrUn_NW_026528957v1 568
chrUn_NW_026528960v1 43
chrUn_NW_026528975v1 84
chrUn_NW_026528984v1 19
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 20
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528996v1 8
chrUn_NW_026529007v1 115
chrUn_NW_026529008v1 933
chrUn_NW_026529013v1 28
chrUn_NW_026529015v1 62
chrUn_NW_026529016v1 501
chrUn_NW_026529060v1 334
chrUn_NW_026529081v1 178
chrUn_NW_026529085v1 400
chrX 878332
chrX_NW_026527892v1_random 51
chrX_NW_026527894v1_random 94
chrX_NW_026527897v1_random 34
chrY 18689
chrY_NW_026527906v1_random 5
chrY_NW_026527909v1_random 17
chrY_NW_026527911v1_random 40
chrY_NW_026527913v1_random 68
chrY_NW_026527914v1_random 64
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527916v1_random 37
chrY_NW_026527918v1_random 17
chrY_NW_026527919v1_random 55
chrY_NW_026527927v1_random 6
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 17
chrY_NW_026527938v1_random 203
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 163
chrY_NW_026527945v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 28
chrY_NW_026527949v1_random 16
chrY_NW_026527950v1_random 326
chrY_NW_026527951v1_random 64
chrY_NW_026527955v1_random 64
chrY_NW_026527956v1_random 2867
chrY_NW_026527958v1_random 1106
chrY_NW_026527960v1_random 35
chrY_NW_026527961v1_random 89
chrY_NW_026527966v1_random 10000
chrY_NW_026527967v1_random 91
chrY_NW_026527968v1_random 509
chrY_NW_026527969v1_random 14
chrY_NW_026527974v1_random 22
chrY_NW_026527980v1_random 20

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 44615760 1 4978 122.1 91
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0042_1.h5ad.gz 443.64 MB 5bbbf6a2d98d2f7f49b249f65800110f
P0042_1.h5ad.gz.tbi 597.51 KB 0d20984c9ffaa52a330ab92c36ad24a5
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB f02ab7e3adfe9afe0392b19e1ba16996
statistics/