Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0042_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0042_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0042_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0042_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGCCATCAGTATTGCA-P0042_1, GCAGGTGAGCAAGGTA-P0042_1, GTAGCGCTCTAATCTC-P0042_1, CATGCATAGGAGGGTT-P0042_1, TGAGGGAGTAGCTGGT-P0042_1 (top 5 of 9170 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
182,843,351
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 182843351
chr1 14788903
chr2 12019696
chr3 8769533
chr4 9766654
chr5 15125811
chr6 9277709
chr7 12101190
chr8 7172740
chr9 9112055
chr10 9637157
chr11 9724467
chr12 9652568
chr13 6775106
chr14 6807093
chr15 7267908
chr16 5400604
chr17 4136226
chr18 3537937
chr19 3849224
chr20 3427480
chr21 2733138
chr22 7924253
chrUn_NW_026528016v1 38
chrUn_NW_026528017v1 414
chrUn_NW_026528021v1 988
chrUn_NW_026528026v1 617
chrUn_NW_026528029v1 582
chrUn_NW_026528038v1 552
chrUn_NW_026528039v1 886
chrUn_NW_026528065v1 302
chrUn_NW_026528075v1 350
chrUn_NW_026528103v1 72
chrUn_NW_026528123v1 10
chrUn_NW_026528125v1 164
chrUn_NW_026528140v1 603
chrUn_NW_026528210v1 86
chrUn_NW_026528215v1 270
chrUn_NW_026528218v1 15
chrUn_NW_026528219v1 24
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 9
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 121
chrUn_NW_026528226v1 116
chrUn_NW_026528228v1 303
chrUn_NW_026528230v1 238
chrUn_NW_026528232v1 1200
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 803
chrUn_NW_026528285v1 75
chrUn_NW_026528292v1 27
chrUn_NW_026528295v1 355
chrUn_NW_026528296v1 12931
chrUn_NW_026528310v1 139
chrUn_NW_026528320v1 44
chrUn_NW_026528327v1 33
chrUn_NW_026528332v1 18
chrUn_NW_026528335v1 26
chrUn_NW_026528338v1 42
chrUn_NW_026528339v1 42
chrUn_NW_026528345v1 10
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 31
chrUn_NW_026528353v1 54
chrUn_NW_026528356v1 43
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 231
chrUn_NW_026528370v1 162
chrUn_NW_026528371v1 670
chrUn_NW_026528372v1 404
chrUn_NW_026528373v1 807
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 24
chrUn_NW_026528385v1 70
chrUn_NW_026528390v1 84
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 6
chrUn_NW_026528402v1 6
chrUn_NW_026528403v1 16
chrUn_NW_026528408v1 9
chrUn_NW_026528409v1 12
chrUn_NW_026528412v1 19
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 13
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 7
chrUn_NW_026528423v1 67
chrUn_NW_026528431v1 318
chrUn_NW_026528432v1 686
chrUn_NW_026528433v1 3792
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 514
chrUn_NW_026528558v1 3688
chrUn_NW_026528559v1 98
chrUn_NW_026528561v1 490
chrUn_NW_026528588v1 38
chrUn_NW_026528589v1 31
chrUn_NW_026528590v1 1999
chrUn_NW_026528596v1 2884
chrUn_NW_026528609v1 44
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 23
chrUn_NW_026528621v1 38
chrUn_NW_026528631v1 299
chrUn_NW_026528634v1 185
chrUn_NW_026528635v1 10
chrUn_NW_026528644v1 12
chrUn_NW_026528650v1 20
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 6
chrUn_NW_026528661v1 11
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 12
chrUn_NW_026528708v1 16
chrUn_NW_026528719v1 1114
chrUn_NW_026528737v1 91
chrUn_NW_026528739v1 44
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 36
chrUn_NW_026528748v1 7
chrUn_NW_026528750v1 15
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 18
chrUn_NW_026528754v1 7
chrUn_NW_026528755v1 190
chrUn_NW_026528772v1 33
chrUn_NW_026528775v1 6
chrUn_NW_026528777v1 10
chrUn_NW_026528784v1 19
chrUn_NW_026528785v1 18
chrUn_NW_026528786v1 36
chrUn_NW_026528788v1 21
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 6
chrUn_NW_026528793v1 109
chrUn_NW_026528795v1 114
chrUn_NW_026528796v1 285
chrUn_NW_026528797v1 3526
chrUn_NW_026528798v1 925
chrUn_NW_026528799v1 177
chrUn_NW_026528880v1 26
chrUn_NW_026528882v1 14
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 14
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 105
chrUn_NW_026528888v1 25
chrUn_NW_026528889v1 29
chrUn_NW_026528891v1 65
chrUn_NW_026528893v1 17
chrUn_NW_026528894v1 436
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 16
chrUn_NW_026528900v1 161
chrUn_NW_026528902v1 187
chrUn_NW_026528903v1 975
chrUn_NW_026528917v1 285
chrUn_NW_026528926v1 171
chrUn_NW_026528928v1 1654
chrUn_NW_026528937v1 181
chrUn_NW_026528938v1 49
chrUn_NW_026528950v1 41
chrUn_NW_026528952v1 28
chrUn_NW_026528957v1 2117
chrUn_NW_026528960v1 334
chrUn_NW_026528975v1 291
chrUn_NW_026528984v1 122
chrUn_NW_026528985v1 7
chrUn_NW_026528986v1 6
chrUn_NW_026528987v1 17
chrUn_NW_026528988v1 133
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 36
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 3
chrUn_NW_026528996v1 48
chrUn_NW_026529007v1 356
chrUn_NW_026529008v1 3175
chrUn_NW_026529013v1 119
chrUn_NW_026529015v1 226
chrUn_NW_026529016v1 1916
chrUn_NW_026529060v1 1805
chrUn_NW_026529081v1 903
chrUn_NW_026529085v1 2172
chrX 3663827
chrX_NW_026527892v1_random 281
chrX_NW_026527894v1_random 442
chrX_NW_026527897v1_random 130
chrY 71567
chrY_NW_026527906v1_random 23
chrY_NW_026527909v1_random 97
chrY_NW_026527911v1_random 190
chrY_NW_026527913v1_random 281
chrY_NW_026527914v1_random 369
chrY_NW_026527915v1_random 26
chrY_NW_026527916v1_random 167
chrY_NW_026527918v1_random 109
chrY_NW_026527919v1_random 218
chrY_NW_026527927v1_random 23
chrY_NW_026527928v1_random 7
chrY_NW_026527931v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 72
chrY_NW_026527938v1_random 768
chrY_NW_026527939v1_random 23
chrY_NW_026527942v1_random 701
chrY_NW_026527945v1_random 31
chrY_NW_026527948v1_random 120
chrY_NW_026527949v1_random 99
chrY_NW_026527950v1_random 1004
chrY_NW_026527951v1_random 201
chrY_NW_026527955v1_random 225
chrY_NW_026527956v1_random 4205
chrY_NW_026527958v1_random 1653
chrY_NW_026527960v1_random 118
chrY_NW_026527961v1_random 390
chrY_NW_026527966v1_random 20000
chrY_NW_026527967v1_random 426
chrY_NW_026527968v1_random 2188
chrY_NW_026527969v1_random 84
chrY_NW_026527974v1_random 99
chrY_NW_026527980v1_random 76

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 182843351 1 5036 124.51 93
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0042_1.gz 1.73 GB bd43c1ea49ae8e7a865d5a855529dbf7
P0042_1.gz.tbi 988.03 KB e0a99599ca58c3ddc3fd5e3ce154635a
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 29be641c7bdc136996edf365519fd2a6
statistics/