Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0042_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0042_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0042_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0042_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGAAACTCACCTATAG-P0042_2, GGCTAGACAGGATGGC-P0042_2, CCTACTTCAGTTAGCC-P0042_2, CCAGTTTGTGATGAAA-P0042_2, GGTACCGGTGTTTGCT-P0042_2 (top 5 of 3377 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
46,130,405
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 46130405
chr1 3674268
chr2 3007259
chr3 2281886
chr4 2522779
chr5 3749107
chr6 2388140
chr7 2950618
chr8 1809272
chr9 2200540
chr10 2448835
chr11 2491646
chr12 2423176
chr13 1737529
chr14 1711629
chr15 1783698
chr16 1370160
chr17 1049842
chr18 906447
chr19 966191
chr20 905699
chr21 703791
chr22 2066326
chrUn_NW_026528016v1 12
chrUn_NW_026528017v1 179
chrUn_NW_026528021v1 180
chrUn_NW_026528026v1 195
chrUn_NW_026528029v1 110
chrUn_NW_026528038v1 101
chrUn_NW_026528039v1 179
chrUn_NW_026528065v1 84
chrUn_NW_026528075v1 111
chrUn_NW_026528103v1 33
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 54
chrUn_NW_026528140v1 228
chrUn_NW_026528210v1 30
chrUn_NW_026528215v1 104
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 10
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 4
chrUn_NW_026528225v1 26
chrUn_NW_026528226v1 30
chrUn_NW_026528228v1 89
chrUn_NW_026528230v1 63
chrUn_NW_026528232v1 203
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 117
chrUn_NW_026528285v1 14
chrUn_NW_026528292v1 2
chrUn_NW_026528295v1 109
chrUn_NW_026528296v1 2959
chrUn_NW_026528310v1 47
chrUn_NW_026528320v1 18
chrUn_NW_026528327v1 10
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 13
chrUn_NW_026528338v1 12
chrUn_NW_026528339v1 14
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 4
chrUn_NW_026528350v1 8
chrUn_NW_026528353v1 17
chrUn_NW_026528356v1 16
chrUn_NW_026528363v1 113
chrUn_NW_026528370v1 44
chrUn_NW_026528371v1 133
chrUn_NW_026528372v1 99
chrUn_NW_026528373v1 183
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528384v1 6
chrUn_NW_026528385v1 12
chrUn_NW_026528390v1 27
chrUn_NW_026528393v1 2
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528423v1 23
chrUn_NW_026528431v1 92
chrUn_NW_026528432v1 220
chrUn_NW_026528433v1 1897
chrUn_NW_026528480v1 204
chrUn_NW_026528558v1 1368
chrUn_NW_026528559v1 38
chrUn_NW_026528561v1 90
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 14
chrUn_NW_026528590v1 627
chrUn_NW_026528596v1 844
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 6
chrUn_NW_026528631v1 65
chrUn_NW_026528634v1 67
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 5
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 334
chrUn_NW_026528737v1 27
chrUn_NW_026528739v1 24
chrUn_NW_026528745v1 4
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 11
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 53
chrUn_NW_026528772v1 6
chrUn_NW_026528775v1 5
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 4
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 26
chrUn_NW_026528795v1 28
chrUn_NW_026528796v1 88
chrUn_NW_026528797v1 1077
chrUn_NW_026528798v1 264
chrUn_NW_026528799v1 29
chrUn_NW_026528880v1 6
chrUn_NW_026528882v1 2
chrUn_NW_026528887v1 10
chrUn_NW_026528888v1 9
chrUn_NW_026528889v1 4
chrUn_NW_026528891v1 19
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 142
chrUn_NW_026528899v1 4
chrUn_NW_026528900v1 46
chrUn_NW_026528902v1 49
chrUn_NW_026528903v1 192
chrUn_NW_026528917v1 107
chrUn_NW_026528926v1 53
chrUn_NW_026528928v1 547
chrUn_NW_026528937v1 55
chrUn_NW_026528938v1 16
chrUn_NW_026528950v1 18
chrUn_NW_026528952v1 12
chrUn_NW_026528957v1 713
chrUn_NW_026528960v1 44
chrUn_NW_026528975v1 103
chrUn_NW_026528984v1 22
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528987v1 3
chrUn_NW_026528988v1 35
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 7
chrUn_NW_026529007v1 122
chrUn_NW_026529008v1 1066
chrUn_NW_026529013v1 34
chrUn_NW_026529015v1 61
chrUn_NW_026529016v1 602
chrUn_NW_026529060v1 397
chrUn_NW_026529081v1 178
chrUn_NW_026529085v1 365
chrX 927762
chrX_NW_026527892v1_random 72
chrX_NW_026527894v1_random 91
chrX_NW_026527897v1_random 26
chrY 19379
chrY_NW_026527906v1_random 5
chrY_NW_026527909v1_random 21
chrY_NW_026527911v1_random 51
chrY_NW_026527913v1_random 61
chrY_NW_026527914v1_random 99
chrY_NW_026527915v1_random 8
chrY_NW_026527916v1_random 36
chrY_NW_026527918v1_random 35
chrY_NW_026527919v1_random 63
chrY_NW_026527927v1_random 9
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 15
chrY_NW_026527938v1_random 325
chrY_NW_026527939v1_random 11
chrY_NW_026527942v1_random 249
chrY_NW_026527945v1_random 14
chrY_NW_026527948v1_random 25
chrY_NW_026527949v1_random 18
chrY_NW_026527950v1_random 313
chrY_NW_026527951v1_random 80
chrY_NW_026527955v1_random 74
chrY_NW_026527956v1_random 2576
chrY_NW_026527958v1_random 983
chrY_NW_026527960v1_random 43
chrY_NW_026527961v1_random 105
chrY_NW_026527966v1_random 9509
chrY_NW_026527967v1_random 130
chrY_NW_026527968v1_random 568
chrY_NW_026527969v1_random 20
chrY_NW_026527974v1_random 26
chrY_NW_026527980v1_random 18

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 46130405 1 5027 121.13 90
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0042_2.h5ad.gz 454.33 MB 581316208dfc293ad0432467c182c468
P0042_2.h5ad.gz.tbi 598.61 KB ecd300ec9c00f194e0e8cdaf86e2dd59
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 359e87477ec74c84ac30e3ef2b5fabe1
statistics/