Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0042_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0042_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0042_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0042_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATTTGCGCATCCAGGT-P0042_2, CGGACAACAGCTTAGC-P0042_2, GCAGGTGAGGGATGCG-P0042_2, ACGCCACAGTTATTCC-P0042_2, TTGCAACAGCTCGCTT-P0042_2 (top 5 of 8316 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
189,574,184
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 189574184
chr1 15108169
chr2 12627383
chr3 9389171
chr4 10186033
chr5 15318183
chr6 9782588
chr7 12252200
chr8 7552009
chr9 9493025
chr10 9995057
chr11 10000605
chr12 9923459
chr13 7237204
chr14 7207213
chr15 7535173
chr16 5721427
chr17 4394604
chr18 3673433
chr19 3973678
chr20 3508196
chr21 2917722
chr22 7692869
chrUn_NW_026528016v1 40
chrUn_NW_026528017v1 450
chrUn_NW_026528021v1 932
chrUn_NW_026528026v1 671
chrUn_NW_026528029v1 489
chrUn_NW_026528038v1 547
chrUn_NW_026528039v1 886
chrUn_NW_026528065v1 304
chrUn_NW_026528075v1 372
chrUn_NW_026528103v1 103
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 162
chrUn_NW_026528140v1 681
chrUn_NW_026528210v1 114
chrUn_NW_026528215v1 345
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 36
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 10
chrUn_NW_026528224v1 16
chrUn_NW_026528225v1 121
chrUn_NW_026528226v1 76
chrUn_NW_026528228v1 317
chrUn_NW_026528230v1 267
chrUn_NW_026528232v1 1285
chrUn_NW_026528259v1 14
chrUn_NW_026528278v1 738
chrUn_NW_026528285v1 68
chrUn_NW_026528292v1 19
chrUn_NW_026528295v1 445
chrUn_NW_026528296v1 12496
chrUn_NW_026528310v1 169
chrUn_NW_026528320v1 53
chrUn_NW_026528327v1 31
chrUn_NW_026528332v1 16
chrUn_NW_026528335v1 32
chrUn_NW_026528338v1 46
chrUn_NW_026528339v1 57
chrUn_NW_026528345v1 18
chrUn_NW_026528347v1 17
chrUn_NW_026528350v1 31
chrUn_NW_026528353v1 59
chrUn_NW_026528356v1 48
chrUn_NW_026528358v1 6
chrUn_NW_026528363v1 310
chrUn_NW_026528370v1 161
chrUn_NW_026528371v1 678
chrUn_NW_026528372v1 415
chrUn_NW_026528373v1 824
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 17
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 38
chrUn_NW_026528385v1 54
chrUn_NW_026528390v1 104
chrUn_NW_026528393v1 21
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 9
chrUn_NW_026528402v1 8
chrUn_NW_026528403v1 27
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 14
chrUn_NW_026528412v1 25
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 13
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 84
chrUn_NW_026528431v1 312
chrUn_NW_026528432v1 760
chrUn_NW_026528433v1 3837
chrUn_NW_026528440v1 4
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 693
chrUn_NW_026528558v1 4275
chrUn_NW_026528559v1 129
chrUn_NW_026528561v1 514
chrUn_NW_026528588v1 42
chrUn_NW_026528589v1 41
chrUn_NW_026528590v1 2270
chrUn_NW_026528596v1 3102
chrUn_NW_026528609v1 35
chrUn_NW_026528611v1 8
chrUn_NW_026528615v1 26
chrUn_NW_026528621v1 57
chrUn_NW_026528631v1 306
chrUn_NW_026528634v1 206
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 28
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 12
chrUn_NW_026528668v1 21
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 17
chrUn_NW_026528708v1 14
chrUn_NW_026528719v1 1288
chrUn_NW_026528737v1 99
chrUn_NW_026528739v1 54
chrUn_NW_026528741v1 4
chrUn_NW_026528745v1 28
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 28
chrUn_NW_026528752v1 12
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 218
chrUn_NW_026528772v1 25
chrUn_NW_026528775v1 17
chrUn_NW_026528777v1 11
chrUn_NW_026528784v1 16
chrUn_NW_026528785v1 13
chrUn_NW_026528786v1 34
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 4
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 124
chrUn_NW_026528795v1 116
chrUn_NW_026528796v1 331
chrUn_NW_026528797v1 3714
chrUn_NW_026528798v1 1013
chrUn_NW_026528799v1 183
chrUn_NW_026528880v1 22
chrUn_NW_026528882v1 15
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 11
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528886v1 2
chrUn_NW_026528887v1 92
chrUn_NW_026528888v1 22
chrUn_NW_026528889v1 24
chrUn_NW_026528891v1 74
chrUn_NW_026528893v1 16
chrUn_NW_026528894v1 496
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 19
chrUn_NW_026528900v1 203
chrUn_NW_026528902v1 186
chrUn_NW_026528903v1 1072
chrUn_NW_026528917v1 355
chrUn_NW_026528926v1 192
chrUn_NW_026528928v1 1735
chrUn_NW_026528937v1 169
chrUn_NW_026528938v1 48
chrUn_NW_026528950v1 58
chrUn_NW_026528952v1 37
chrUn_NW_026528957v1 2353
chrUn_NW_026528960v1 318
chrUn_NW_026528975v1 308
chrUn_NW_026528984v1 128
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 18
chrUn_NW_026528988v1 161
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528990v1 3
chrUn_NW_026528992v1 44
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 45
chrUn_NW_026529007v1 379
chrUn_NW_026529008v1 3531
chrUn_NW_026529013v1 109
chrUn_NW_026529015v1 256
chrUn_NW_026529016v1 2103
chrUn_NW_026529060v1 1768
chrUn_NW_026529081v1 935
chrUn_NW_026529085v1 2180
chrX 3903128
chrX_NW_026527892v1_random 327
chrX_NW_026527894v1_random 536
chrX_NW_026527897v1_random 114
chrY 77649
chrY_NW_026527906v1_random 24
chrY_NW_026527909v1_random 116
chrY_NW_026527911v1_random 229
chrY_NW_026527913v1_random 356
chrY_NW_026527914v1_random 420
chrY_NW_026527915v1_random 44
chrY_NW_026527916v1_random 148
chrY_NW_026527918v1_random 133
chrY_NW_026527919v1_random 216
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 9
chrY_NW_026527931v1_random 4
chrY_NW_026527932v1_random 75
chrY_NW_026527938v1_random 997
chrY_NW_026527939v1_random 33
chrY_NW_026527942v1_random 932
chrY_NW_026527945v1_random 42
chrY_NW_026527948v1_random 104
chrY_NW_026527949v1_random 91
chrY_NW_026527950v1_random 985
chrY_NW_026527951v1_random 218
chrY_NW_026527955v1_random 292
chrY_NW_026527956v1_random 3731
chrY_NW_026527958v1_random 1451
chrY_NW_026527960v1_random 166
chrY_NW_026527961v1_random 475
chrY_NW_026527966v1_random 19401
chrY_NW_026527967v1_random 514
chrY_NW_026527968v1_random 2437
chrY_NW_026527969v1_random 94
chrY_NW_026527974v1_random 109
chrY_NW_026527980v1_random 94

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 189574184 1 5040 123.48 92
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0042_2.gz 1.79 GB 4233e66d478876ef343c2a7495cfeabc
P0042_2.gz.tbi 1008.25 KB cd52a07780149a2f5a0f4e9c12977737
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB c13b468cfbf113078f46573f3215a9d4
statistics/