Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0043_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0043_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0043_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0043_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGTGGCCAGCTTTGTT-P0043_1, GGGATTAAGGAGGCAT-P0043_1, CGTTAGTAGCAAGACA-P0043_1, ATATGGTGTGTGCACG-P0043_1, GCTCTGGCAATTATGC-P0043_1 (top 5 of 4185 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
84,817,473
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 84817473
chr1 6907678
chr2 5460310
chr3 3648492
chr4 4327202
chr5 7537802
chr6 4164991
chr7 5730638
chr8 3207966
chr9 4150044
chr10 4591232
chr11 4584580
chr12 4680378
chr13 3069513
chr14 3082616
chr15 3302984
chr16 2388530
chr17 1794285
chr18 1684185
chr19 1787827
chr20 1753912
chr21 1217445
chr22 4029474
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 173
chrUn_NW_026528021v1 406
chrUn_NW_026528026v1 153
chrUn_NW_026528029v1 306
chrUn_NW_026528038v1 283
chrUn_NW_026528039v1 501
chrUn_NW_026528065v1 126
chrUn_NW_026528075v1 71
chrUn_NW_026528103v1 24
chrUn_NW_026528125v1 48
chrUn_NW_026528140v1 314
chrUn_NW_026528210v1 28
chrUn_NW_026528215v1 127
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 12
chrUn_NW_026528221v1 7
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 31
chrUn_NW_026528226v1 138
chrUn_NW_026528228v1 90
chrUn_NW_026528230v1 110
chrUn_NW_026528232v1 465
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 349
chrUn_NW_026528285v1 17
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 80
chrUn_NW_026528296v1 7017
chrUn_NW_026528310v1 70
chrUn_NW_026528320v1 11
chrUn_NW_026528327v1 5
chrUn_NW_026528332v1 10
chrUn_NW_026528335v1 16
chrUn_NW_026528338v1 17
chrUn_NW_026528339v1 19
chrUn_NW_026528345v1 11
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 11
chrUn_NW_026528353v1 18
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 142
chrUn_NW_026528370v1 89
chrUn_NW_026528371v1 468
chrUn_NW_026528372v1 167
chrUn_NW_026528373v1 554
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 17
chrUn_NW_026528385v1 19
chrUn_NW_026528390v1 25
chrUn_NW_026528393v1 6
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 17
chrUn_NW_026528431v1 112
chrUn_NW_026528432v1 320
chrUn_NW_026528433v1 1654
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 178
chrUn_NW_026528558v1 747
chrUn_NW_026528559v1 42
chrUn_NW_026528561v1 155
chrUn_NW_026528588v1 9
chrUn_NW_026528589v1 13
chrUn_NW_026528590v1 828
chrUn_NW_026528596v1 636
chrUn_NW_026528609v1 9
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 19
chrUn_NW_026528631v1 131
chrUn_NW_026528634v1 82
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 14
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 2
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 241
chrUn_NW_026528737v1 91
chrUn_NW_026528739v1 12
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 50
chrUn_NW_026528772v1 12
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 13
chrUn_NW_026528786v1 24
chrUn_NW_026528788v1 8
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 60
chrUn_NW_026528795v1 38
chrUn_NW_026528796v1 108
chrUn_NW_026528797v1 1300
chrUn_NW_026528798v1 564
chrUn_NW_026528799v1 112
chrUn_NW_026528880v1 7
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 2
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 58
chrUn_NW_026528888v1 23
chrUn_NW_026528889v1 11
chrUn_NW_026528891v1 18
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 208
chrUn_NW_026528899v1 4
chrUn_NW_026528900v1 118
chrUn_NW_026528902v1 85
chrUn_NW_026528903v1 518
chrUn_NW_026528917v1 182
chrUn_NW_026528926v1 37
chrUn_NW_026528928v1 311
chrUn_NW_026528937v1 25
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 8
chrUn_NW_026528952v1 6
chrUn_NW_026528957v1 400
chrUn_NW_026528960v1 104
chrUn_NW_026528975v1 57
chrUn_NW_026528984v1 36
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 44
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 12
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528996v1 15
chrUn_NW_026529007v1 177
chrUn_NW_026529008v1 2369
chrUn_NW_026529013v1 21
chrUn_NW_026529015v1 50
chrUn_NW_026529016v1 450
chrUn_NW_026529060v1 954
chrUn_NW_026529081v1 221
chrUn_NW_026529085v1 563
chrX 1633453
chrX_NW_026527892v1_random 101
chrX_NW_026527894v1_random 295
chrX_NW_026527897v1_random 39
chrY 37811
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 33
chrY_NW_026527911v1_random 93
chrY_NW_026527913v1_random 209
chrY_NW_026527914v1_random 164
chrY_NW_026527915v1_random 6
chrY_NW_026527916v1_random 59
chrY_NW_026527918v1_random 34
chrY_NW_026527919v1_random 106
chrY_NW_026527927v1_random 23
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 45
chrY_NW_026527938v1_random 187
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 224
chrY_NW_026527945v1_random 9
chrY_NW_026527948v1_random 35
chrY_NW_026527949v1_random 51
chrY_NW_026527950v1_random 930
chrY_NW_026527951v1_random 112
chrY_NW_026527955v1_random 156
chrY_NW_026527956v1_random 1778
chrY_NW_026527958v1_random 650
chrY_NW_026527960v1_random 65
chrY_NW_026527961v1_random 266
chrY_NW_026527966v1_random 10157
chrY_NW_026527967v1_random 85
chrY_NW_026527968v1_random 605
chrY_NW_026527969v1_random 75
chrY_NW_026527974v1_random 32
chrY_NW_026527980v1_random 22

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 84817473 1 5024 118.24 85
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0043_1.h5ad.gz 823.76 MB 016d20f6a8611540684e0166e1dbec23
P0043_1.h5ad.gz.tbi 704.71 KB a090cb5d8f0744e50eedfe1a134a359e
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB b8cbd85b022fb7a045075c3c969e9c82
statistics/