Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0043_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0043_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0043_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0043_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGTGGCCAGCTTTGTT-P0043_1, AGTGAGTCATAATCCG-P0043_1, GGGATTAAGGAGGCAT-P0043_1, TGATCGAGTGAATCGC-P0043_1, CGTTAGTAGCAAGACA-P0043_1 (top 5 of 12574 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
308,526,410
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 308526410
chr1 24820652
chr2 19874785
chr3 13908514
chr4 16042764
chr5 26544672
chr6 15520002
chr7 20876963
chr8 12082034
chr9 15374993
chr10 16757504
chr11 16560508
chr12 16777279
chr13 11393242
chr14 11351295
chr15 12276020
chr16 8999874
chr17 6643151
chr18 6009182
chr19 6439334
chr20 6259622
chr21 4508710
chr22 13303953
chrUn_NW_026528016v1 40
chrUn_NW_026528017v1 608
chrUn_NW_026528021v1 1758
chrUn_NW_026528026v1 555
chrUn_NW_026528029v1 1090
chrUn_NW_026528038v1 1058
chrUn_NW_026528039v1 1570
chrUn_NW_026528065v1 476
chrUn_NW_026528075v1 312
chrUn_NW_026528103v1 75
chrUn_NW_026528123v1 7
chrUn_NW_026528125v1 137
chrUn_NW_026528140v1 1008
chrUn_NW_026528210v1 122
chrUn_NW_026528215v1 447
chrUn_NW_026528217v1 7
chrUn_NW_026528218v1 20
chrUn_NW_026528219v1 49
chrUn_NW_026528220v1 6
chrUn_NW_026528221v1 12
chrUn_NW_026528222v1 14
chrUn_NW_026528224v1 30
chrUn_NW_026528225v1 161
chrUn_NW_026528226v1 264
chrUn_NW_026528228v1 302
chrUn_NW_026528230v1 429
chrUn_NW_026528232v1 1759
chrUn_NW_026528259v1 9
chrUn_NW_026528278v1 1125
chrUn_NW_026528285v1 85
chrUn_NW_026528292v1 25
chrUn_NW_026528295v1 301
chrUn_NW_026528296v1 27547
chrUn_NW_026528310v1 199
chrUn_NW_026528320v1 47
chrUn_NW_026528327v1 22
chrUn_NW_026528332v1 34
chrUn_NW_026528335v1 38
chrUn_NW_026528338v1 48
chrUn_NW_026528339v1 48
chrUn_NW_026528345v1 28
chrUn_NW_026528347v1 18
chrUn_NW_026528350v1 28
chrUn_NW_026528353v1 57
chrUn_NW_026528356v1 29
chrUn_NW_026528358v1 5
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 428
chrUn_NW_026528370v1 349
chrUn_NW_026528371v1 1483
chrUn_NW_026528372v1 772
chrUn_NW_026528373v1 1848
chrUn_NW_026528378v1 14
chrUn_NW_026528380v1 9
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 51
chrUn_NW_026528385v1 74
chrUn_NW_026528390v1 87
chrUn_NW_026528393v1 28
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 8
chrUn_NW_026528402v1 9
chrUn_NW_026528403v1 20
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 20
chrUn_NW_026528413v1 15
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 65
chrUn_NW_026528431v1 446
chrUn_NW_026528432v1 952
chrUn_NW_026528433v1 5096
chrUn_NW_026528440v1 7
chrUn_NW_026528471v1 4
chrUn_NW_026528480v1 660
chrUn_NW_026528558v1 2669
chrUn_NW_026528559v1 140
chrUn_NW_026528561v1 697
chrUn_NW_026528588v1 32
chrUn_NW_026528589v1 49
chrUn_NW_026528590v1 2308
chrUn_NW_026528596v1 2334
chrUn_NW_026528609v1 36
chrUn_NW_026528611v1 8
chrUn_NW_026528615v1 33
chrUn_NW_026528621v1 78
chrUn_NW_026528631v1 512
chrUn_NW_026528634v1 283
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 11
chrUn_NW_026528650v1 48
chrUn_NW_026528656v1 9
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 13
chrUn_NW_026528668v1 21
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 26
chrUn_NW_026528708v1 12
chrUn_NW_026528719v1 858
chrUn_NW_026528737v1 223
chrUn_NW_026528739v1 50
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 21
chrUn_NW_026528748v1 8
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 18
chrUn_NW_026528754v1 10
chrUn_NW_026528755v1 203
chrUn_NW_026528772v1 46
chrUn_NW_026528775v1 32
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 38
chrUn_NW_026528785v1 27
chrUn_NW_026528786v1 53
chrUn_NW_026528788v1 19
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 5
chrUn_NW_026528793v1 191
chrUn_NW_026528795v1 187
chrUn_NW_026528796v1 543
chrUn_NW_026528797v1 6140
chrUn_NW_026528798v1 2012
chrUn_NW_026528799v1 406
chrUn_NW_026528880v1 50
chrUn_NW_026528882v1 22
chrUn_NW_026528883v1 9
chrUn_NW_026528884v1 10
chrUn_NW_026528885v1 9
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 185
chrUn_NW_026528888v1 51
chrUn_NW_026528889v1 27
chrUn_NW_026528891v1 87
chrUn_NW_026528893v1 10
chrUn_NW_026528894v1 681
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 29
chrUn_NW_026528900v1 409
chrUn_NW_026528902v1 290
chrUn_NW_026528903v1 1700
chrUn_NW_026528917v1 368
chrUn_NW_026528926v1 130
chrUn_NW_026528928v1 1186
chrUn_NW_026528937v1 124
chrUn_NW_026528938v1 28
chrUn_NW_026528950v1 29
chrUn_NW_026528952v1 16
chrUn_NW_026528957v1 1450
chrUn_NW_026528960v1 513
chrUn_NW_026528975v1 205
chrUn_NW_026528984v1 134
chrUn_NW_026528985v1 7
chrUn_NW_026528986v1 6
chrUn_NW_026528987v1 20
chrUn_NW_026528988v1 134
chrUn_NW_026528989v1 17
chrUn_NW_026528992v1 47
chrUn_NW_026528994v1 6
chrUn_NW_026528995v1 4
chrUn_NW_026528996v1 47
chrUn_NW_026529007v1 596
chrUn_NW_026529008v1 7607
chrUn_NW_026529013v1 97
chrUn_NW_026529015v1 173
chrUn_NW_026529016v1 1535
chrUn_NW_026529060v1 3662
chrUn_NW_026529081v1 813
chrUn_NW_026529085v1 2073
chrX 5930734
chrX_NW_026527892v1_random 381
chrX_NW_026527894v1_random 1078
chrX_NW_026527897v1_random 166
chrY 127086
chrY_NW_026527906v1_random 21
chrY_NW_026527909v1_random 96
chrY_NW_026527911v1_random 334
chrY_NW_026527913v1_random 648
chrY_NW_026527914v1_random 596
chrY_NW_026527915v1_random 32
chrY_NW_026527916v1_random 183
chrY_NW_026527918v1_random 142
chrY_NW_026527919v1_random 378
chrY_NW_026527927v1_random 75
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 165
chrY_NW_026527938v1_random 655
chrY_NW_026527939v1_random 24
chrY_NW_026527942v1_random 896
chrY_NW_026527945v1_random 31
chrY_NW_026527948v1_random 129
chrY_NW_026527949v1_random 212
chrY_NW_026527950v1_random 2290
chrY_NW_026527951v1_random 329
chrY_NW_026527955v1_random 425
chrY_NW_026527956v1_random 3569
chrY_NW_026527958v1_random 1329
chrY_NW_026527960v1_random 223
chrY_NW_026527961v1_random 817
chrY_NW_026527966v1_random 25640
chrY_NW_026527967v1_random 375
chrY_NW_026527968v1_random 2350
chrY_NW_026527969v1_random 226
chrY_NW_026527974v1_random 108
chrY_NW_026527980v1_random 70

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 308526410 1 5038 117.35 85
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0043_1.gz 2.85 GB 95df1ba2577ebe599202ee8e4f891c9e
P0043_1.gz.tbi 1.19 MB 4310ac89b6032b8ee044c17382dc1feb
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB f75951e148ab48c193588f45b62ad8a5
statistics/