Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0043_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0043_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0043_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0043_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGAGGGAGTGAATCGC-P0043_2, TGCACTTGTTGAGGTC-P0043_2, CTGGTTACAAGGTGGC-P0043_2, AAGCTATGTTACTTCA-P0043_2, ATAGCATGTTCAAGAT-P0043_2 (top 5 of 4036 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
94,057,817
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 94057817
chr1 7618633
chr2 6109038
chr3 4307157
chr4 4913156
chr5 8142412
chr6 4688684
chr7 6305349
chr8 3657251
chr9 4540312
chr10 5049683
chr11 5054214
chr12 5147510
chr13 3416423
chr14 3454334
chr15 3637363
chr16 2734988
chr17 2055169
chr18 1831675
chr19 1973863
chr20 1930328
chr21 1383513
chr22 4184866
chrUn_NW_026528016v1 9
chrUn_NW_026528017v1 239
chrUn_NW_026528021v1 454
chrUn_NW_026528026v1 213
chrUn_NW_026528029v1 304
chrUn_NW_026528038v1 280
chrUn_NW_026528039v1 524
chrUn_NW_026528065v1 171
chrUn_NW_026528075v1 99
chrUn_NW_026528103v1 27
chrUn_NW_026528125v1 42
chrUn_NW_026528140v1 399
chrUn_NW_026528210v1 37
chrUn_NW_026528215v1 123
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 15
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 48
chrUn_NW_026528226v1 138
chrUn_NW_026528228v1 100
chrUn_NW_026528230v1 136
chrUn_NW_026528232v1 556
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 298
chrUn_NW_026528285v1 33
chrUn_NW_026528292v1 10
chrUn_NW_026528295v1 96
chrUn_NW_026528296v1 7778
chrUn_NW_026528310v1 83
chrUn_NW_026528320v1 14
chrUn_NW_026528327v1 8
chrUn_NW_026528332v1 8
chrUn_NW_026528335v1 19
chrUn_NW_026528338v1 10
chrUn_NW_026528339v1 15
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 2
chrUn_NW_026528350v1 13
chrUn_NW_026528353v1 23
chrUn_NW_026528356v1 7
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 138
chrUn_NW_026528370v1 108
chrUn_NW_026528371v1 485
chrUn_NW_026528372v1 225
chrUn_NW_026528373v1 521
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 22
chrUn_NW_026528385v1 16
chrUn_NW_026528390v1 30
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 23
chrUn_NW_026528431v1 123
chrUn_NW_026528432v1 386
chrUn_NW_026528433v1 1939
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528480v1 238
chrUn_NW_026528558v1 925
chrUn_NW_026528559v1 51
chrUn_NW_026528561v1 171
chrUn_NW_026528588v1 8
chrUn_NW_026528589v1 14
chrUn_NW_026528590v1 890
chrUn_NW_026528596v1 909
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 19
chrUn_NW_026528621v1 22
chrUn_NW_026528631v1 143
chrUn_NW_026528634v1 95
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 16
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 12
chrUn_NW_026528677v1 5
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 308
chrUn_NW_026528737v1 101
chrUn_NW_026528739v1 13
chrUn_NW_026528745v1 14
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 6
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 53
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 11
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 16
chrUn_NW_026528786v1 14
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 62
chrUn_NW_026528795v1 41
chrUn_NW_026528796v1 127
chrUn_NW_026528797v1 1606
chrUn_NW_026528798v1 689
chrUn_NW_026528799v1 117
chrUn_NW_026528880v1 24
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528887v1 56
chrUn_NW_026528888v1 16
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 27
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 232
chrUn_NW_026528899v1 10
chrUn_NW_026528900v1 121
chrUn_NW_026528902v1 91
chrUn_NW_026528903v1 557
chrUn_NW_026528917v1 201
chrUn_NW_026528926v1 45
chrUn_NW_026528928v1 362
chrUn_NW_026528937v1 51
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 11
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 483
chrUn_NW_026528960v1 120
chrUn_NW_026528975v1 59
chrUn_NW_026528984v1 33
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 53
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 11
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 21
chrUn_NW_026529007v1 221
chrUn_NW_026529008v1 2858
chrUn_NW_026529013v1 30
chrUn_NW_026529015v1 47
chrUn_NW_026529016v1 575
chrUn_NW_026529060v1 892
chrUn_NW_026529081v1 213
chrUn_NW_026529085v1 661
chrX 1829248
chrX_NW_026527892v1_random 114
chrX_NW_026527894v1_random 349
chrX_NW_026527897v1_random 64
chrY 42504
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 27
chrY_NW_026527911v1_random 126
chrY_NW_026527913v1_random 224
chrY_NW_026527914v1_random 204
chrY_NW_026527915v1_random 6
chrY_NW_026527916v1_random 53
chrY_NW_026527918v1_random 38
chrY_NW_026527919v1_random 122
chrY_NW_026527927v1_random 27
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 58
chrY_NW_026527938v1_random 216
chrY_NW_026527939v1_random 15
chrY_NW_026527942v1_random 242
chrY_NW_026527945v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 32
chrY_NW_026527949v1_random 53
chrY_NW_026527950v1_random 1071
chrY_NW_026527951v1_random 106
chrY_NW_026527955v1_random 136
chrY_NW_026527956v1_random 1983
chrY_NW_026527958v1_random 704
chrY_NW_026527960v1_random 72
chrY_NW_026527961v1_random 334
chrY_NW_026527966v1_random 11412
chrY_NW_026527967v1_random 124
chrY_NW_026527968v1_random 754
chrY_NW_026527969v1_random 79
chrY_NW_026527974v1_random 36
chrY_NW_026527980v1_random 27

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 94057817 1 5031 119.46 85
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0043_2.h5ad.gz 913.49 MB 5a10f6accd8d3ac13dc778f62bdd66e4
P0043_2.h5ad.gz.tbi 730.4 KB 39e9f770b8d32598a84d550cd3820eec
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 947ddc7aefba1c797db89b3cbf49b971
statistics/