Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0043_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0043_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0043_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0043_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGAGGGAGTGAATCGC-P0043_2, TGTGGCCAGGCGAAAC-P0043_2, ACCATAATCCCTCATA-P0043_2, TACCTCATCTAATCTC-P0043_2, TACGTACAGCACGATT-P0043_2 (top 5 of 11608 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
342,045,758
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 342045758
chr1 27449243
chr2 22275440
chr3 16135157
chr4 18057495
chr5 28860634
chr6 17320150
chr7 22977737
chr8 13546541
chr9 16910999
chr10 18417259
chr11 18340203
chr12 18329024
chr13 12840158
chr14 12705807
chr15 13503157
chr16 10163251
chr17 7589013
chr18 6602068
chr19 7121883
chr20 6895274
chr21 5107727
chr22 13892609
chrUn_NW_026528016v1 54
chrUn_NW_026528017v1 729
chrUn_NW_026528021v1 1928
chrUn_NW_026528026v1 766
chrUn_NW_026528029v1 1172
chrUn_NW_026528038v1 1129
chrUn_NW_026528039v1 1847
chrUn_NW_026528065v1 559
chrUn_NW_026528075v1 385
chrUn_NW_026528103v1 119
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 155
chrUn_NW_026528140v1 1232
chrUn_NW_026528210v1 159
chrUn_NW_026528215v1 532
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 17
chrUn_NW_026528219v1 46
chrUn_NW_026528220v1 17
chrUn_NW_026528221v1 10
chrUn_NW_026528222v1 9
chrUn_NW_026528224v1 27
chrUn_NW_026528225v1 197
chrUn_NW_026528226v1 319
chrUn_NW_026528228v1 344
chrUn_NW_026528230v1 453
chrUn_NW_026528232v1 2157
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 1062
chrUn_NW_026528285v1 96
chrUn_NW_026528292v1 44
chrUn_NW_026528295v1 347
chrUn_NW_026528296v1 28553
chrUn_NW_026528310v1 268
chrUn_NW_026528320v1 55
chrUn_NW_026528327v1 28
chrUn_NW_026528332v1 34
chrUn_NW_026528335v1 63
chrUn_NW_026528338v1 58
chrUn_NW_026528339v1 45
chrUn_NW_026528345v1 25
chrUn_NW_026528347v1 15
chrUn_NW_026528350v1 42
chrUn_NW_026528353v1 68
chrUn_NW_026528356v1 35
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 505
chrUn_NW_026528370v1 377
chrUn_NW_026528371v1 1536
chrUn_NW_026528372v1 807
chrUn_NW_026528373v1 2056
chrUn_NW_026528378v1 14
chrUn_NW_026528380v1 12
chrUn_NW_026528381v1 3
chrUn_NW_026528382v1 9
chrUn_NW_026528384v1 60
chrUn_NW_026528385v1 93
chrUn_NW_026528390v1 106
chrUn_NW_026528393v1 25
chrUn_NW_026528396v1 10
chrUn_NW_026528397v1 10
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 15
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 11
chrUn_NW_026528412v1 22
chrUn_NW_026528413v1 7
chrUn_NW_026528416v1 12
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 84
chrUn_NW_026528431v1 532
chrUn_NW_026528432v1 1124
chrUn_NW_026528433v1 6329
chrUn_NW_026528440v1 6
chrUn_NW_026528471v1 4
chrUn_NW_026528480v1 885
chrUn_NW_026528558v1 3500
chrUn_NW_026528559v1 168
chrUn_NW_026528561v1 891
chrUn_NW_026528588v1 41
chrUn_NW_026528589v1 53
chrUn_NW_026528590v1 3029
chrUn_NW_026528596v1 3477
chrUn_NW_026528609v1 45
chrUn_NW_026528611v1 10
chrUn_NW_026528615v1 49
chrUn_NW_026528621v1 84
chrUn_NW_026528631v1 549
chrUn_NW_026528634v1 312
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 16
chrUn_NW_026528650v1 62
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 14
chrUn_NW_026528668v1 36
chrUn_NW_026528670v1 8
chrUn_NW_026528677v1 38
chrUn_NW_026528708v1 12
chrUn_NW_026528719v1 1058
chrUn_NW_026528737v1 237
chrUn_NW_026528739v1 41
chrUn_NW_026528741v1 5
chrUn_NW_026528745v1 34
chrUn_NW_026528748v1 9
chrUn_NW_026528750v1 25
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 22
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 245
chrUn_NW_026528772v1 52
chrUn_NW_026528775v1 43
chrUn_NW_026528777v1 16
chrUn_NW_026528784v1 40
chrUn_NW_026528785v1 33
chrUn_NW_026528786v1 73
chrUn_NW_026528788v1 18
chrUn_NW_026528791v1 4
chrUn_NW_026528792v1 10
chrUn_NW_026528793v1 222
chrUn_NW_026528795v1 223
chrUn_NW_026528796v1 584
chrUn_NW_026528797v1 7234
chrUn_NW_026528798v1 2235
chrUn_NW_026528799v1 439
chrUn_NW_026528880v1 70
chrUn_NW_026528882v1 16
chrUn_NW_026528883v1 11
chrUn_NW_026528884v1 20
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 251
chrUn_NW_026528888v1 39
chrUn_NW_026528889v1 34
chrUn_NW_026528891v1 100
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 865
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 41
chrUn_NW_026528900v1 457
chrUn_NW_026528902v1 345
chrUn_NW_026528903v1 2015
chrUn_NW_026528917v1 471
chrUn_NW_026528926v1 163
chrUn_NW_026528928v1 1583
chrUn_NW_026528937v1 159
chrUn_NW_026528938v1 40
chrUn_NW_026528950v1 33
chrUn_NW_026528952v1 21
chrUn_NW_026528957v1 2026
chrUn_NW_026528960v1 574
chrUn_NW_026528975v1 275
chrUn_NW_026528984v1 145
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 17
chrUn_NW_026528988v1 189
chrUn_NW_026528989v1 19
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 48
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 64
chrUn_NW_026529007v1 697
chrUn_NW_026529008v1 8648
chrUn_NW_026529013v1 108
chrUn_NW_026529015v1 181
chrUn_NW_026529016v1 1935
chrUn_NW_026529060v1 3565
chrUn_NW_026529081v1 951
chrUn_NW_026529085v1 2458
chrX 6696044
chrX_NW_026527892v1_random 498
chrX_NW_026527894v1_random 1184
chrX_NW_026527897v1_random 224
chrY 143976
chrY_NW_026527906v1_random 44
chrY_NW_026527909v1_random 136
chrY_NW_026527911v1_random 401
chrY_NW_026527913v1_random 741
chrY_NW_026527914v1_random 718
chrY_NW_026527915v1_random 36
chrY_NW_026527916v1_random 205
chrY_NW_026527918v1_random 182
chrY_NW_026527919v1_random 404
chrY_NW_026527927v1_random 78
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 209
chrY_NW_026527938v1_random 837
chrY_NW_026527939v1_random 39
chrY_NW_026527942v1_random 1081
chrY_NW_026527945v1_random 43
chrY_NW_026527948v1_random 155
chrY_NW_026527949v1_random 198
chrY_NW_026527950v1_random 2643
chrY_NW_026527951v1_random 363
chrY_NW_026527955v1_random 485
chrY_NW_026527956v1_random 3856
chrY_NW_026527958v1_random 1437
chrY_NW_026527960v1_random 264
chrY_NW_026527961v1_random 1017
chrY_NW_026527966v1_random 29492
chrY_NW_026527967v1_random 478
chrY_NW_026527968v1_random 3088
chrY_NW_026527969v1_random 245
chrY_NW_026527974v1_random 139
chrY_NW_026527980v1_random 102

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 342045758 1 5032 118.67 85
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0043_2.gz 3.15 GB 6143a442ab17ec041a355a702b4fe43f
P0043_2.gz.tbi 1.26 MB 49805411d1fe9e811b081c1c6c09b4f1
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 78c12bbc508a9292dcc6ec882adf7fe4
statistics/