Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0044_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0044_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0044_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0044_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCTCACAAGCTCGCTT-P0044_1, TTGTTGCGTTGCTTCG-P0044_1, TAGTGAGAGCGCCTTT-P0044_1, GGTTATATCAGGGCCT-P0044_1, ACAGGATCAATGCGCT-P0044_1 (top 5 of 8014 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
215,820,172
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 215820172
chr1 16856396
chr2 14391073
chr3 10817697
chr4 12194677
chr5 17045447
chr6 10789586
chr7 13871648
chr8 8750598
chr9 10905070
chr10 11692894
chr11 11516937
chr12 11153825
chr13 8422187
chr14 8392140
chr15 8388578
chr16 6522351
chr17 4995071
chr18 4132437
chr19 4476051
chr20 4109326
chr21 3217400
chr22 8575025
chrUn_NW_026528016v1 41
chrUn_NW_026528017v1 537
chrUn_NW_026528021v1 693
chrUn_NW_026528026v1 596
chrUn_NW_026528029v1 450
chrUn_NW_026528038v1 467
chrUn_NW_026528039v1 729
chrUn_NW_026528065v1 232
chrUn_NW_026528075v1 325
chrUn_NW_026528103v1 84
chrUn_NW_026528123v1 9
chrUn_NW_026528125v1 123
chrUn_NW_026528140v1 566
chrUn_NW_026528210v1 90
chrUn_NW_026528215v1 318
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 24
chrUn_NW_026528220v1 6
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 16
chrUn_NW_026528225v1 91
chrUn_NW_026528226v1 134
chrUn_NW_026528228v1 265
chrUn_NW_026528230v1 212
chrUn_NW_026528232v1 1859
chrUn_NW_026528259v1 7
chrUn_NW_026528278v1 775
chrUn_NW_026528285v1 45
chrUn_NW_026528292v1 22
chrUn_NW_026528295v1 341
chrUn_NW_026528296v1 13920
chrUn_NW_026528310v1 175
chrUn_NW_026528320v1 42
chrUn_NW_026528327v1 33
chrUn_NW_026528332v1 23
chrUn_NW_026528335v1 34
chrUn_NW_026528338v1 24
chrUn_NW_026528339v1 43
chrUn_NW_026528345v1 18
chrUn_NW_026528347v1 18
chrUn_NW_026528350v1 25
chrUn_NW_026528353v1 48
chrUn_NW_026528356v1 34
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 309
chrUn_NW_026528370v1 166
chrUn_NW_026528371v1 1182
chrUn_NW_026528372v1 300
chrUn_NW_026528373v1 701
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 9
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 25
chrUn_NW_026528385v1 58
chrUn_NW_026528390v1 64
chrUn_NW_026528393v1 25
chrUn_NW_026528396v1 7
chrUn_NW_026528397v1 7
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 13
chrUn_NW_026528412v1 21
chrUn_NW_026528413v1 9
chrUn_NW_026528416v1 11
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 56
chrUn_NW_026528431v1 284
chrUn_NW_026528432v1 677
chrUn_NW_026528433v1 4266
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 654
chrUn_NW_026528558v1 3368
chrUn_NW_026528559v1 120
chrUn_NW_026528561v1 474
chrUn_NW_026528588v1 30
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1931
chrUn_NW_026528596v1 3093
chrUn_NW_026528609v1 32
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 37
chrUn_NW_026528621v1 61
chrUn_NW_026528631v1 508
chrUn_NW_026528634v1 200
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 24
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 7
chrUn_NW_026528668v1 11
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 14
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 890
chrUn_NW_026528737v1 114
chrUn_NW_026528739v1 35
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528741v1 6
chrUn_NW_026528745v1 28
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 18
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 14
chrUn_NW_026528754v1 15
chrUn_NW_026528755v1 143
chrUn_NW_026528772v1 20
chrUn_NW_026528775v1 18
chrUn_NW_026528777v1 10
chrUn_NW_026528784v1 14
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 31
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 106
chrUn_NW_026528795v1 75
chrUn_NW_026528796v1 235
chrUn_NW_026528797v1 2718
chrUn_NW_026528798v1 1722
chrUn_NW_026528799v1 461
chrUn_NW_026528880v1 43
chrUn_NW_026528882v1 8
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 6
chrUn_NW_026528886v1 2
chrUn_NW_026528887v1 112
chrUn_NW_026528888v1 28
chrUn_NW_026528889v1 28
chrUn_NW_026528891v1 62
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 525
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 20
chrUn_NW_026528900v1 232
chrUn_NW_026528902v1 211
chrUn_NW_026528903v1 848
chrUn_NW_026528917v1 332
chrUn_NW_026528926v1 150
chrUn_NW_026528928v1 1364
chrUn_NW_026528937v1 151
chrUn_NW_026528938v1 34
chrUn_NW_026528950v1 36
chrUn_NW_026528952v1 27
chrUn_NW_026528957v1 1868
chrUn_NW_026528960v1 921
chrUn_NW_026528975v1 226
chrUn_NW_026528984v1 85
chrUn_NW_026528985v1 9
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 12
chrUn_NW_026528988v1 120
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 19
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528996v1 34
chrUn_NW_026529007v1 570
chrUn_NW_026529008v1 3936
chrUn_NW_026529013v1 102
chrUn_NW_026529015v1 201
chrUn_NW_026529016v1 1678
chrUn_NW_026529060v1 1894
chrUn_NW_026529081v1 583
chrUn_NW_026529085v1 1659
chrX 4418345
chrX_NW_026527892v1_random 234
chrX_NW_026527894v1_random 590
chrX_NW_026527897v1_random 130
chrY 83571
chrY_NW_026527906v1_random 21
chrY_NW_026527909v1_random 87
chrY_NW_026527911v1_random 305
chrY_NW_026527913v1_random 293
chrY_NW_026527914v1_random 331
chrY_NW_026527915v1_random 18
chrY_NW_026527916v1_random 120
chrY_NW_026527918v1_random 97
chrY_NW_026527919v1_random 369
chrY_NW_026527927v1_random 37
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 101
chrY_NW_026527938v1_random 736
chrY_NW_026527939v1_random 21
chrY_NW_026527942v1_random 673
chrY_NW_026527945v1_random 28
chrY_NW_026527948v1_random 109
chrY_NW_026527949v1_random 147
chrY_NW_026527950v1_random 1372
chrY_NW_026527951v1_random 171
chrY_NW_026527955v1_random 199
chrY_NW_026527956v1_random 3180
chrY_NW_026527958v1_random 1193
chrY_NW_026527960v1_random 94
chrY_NW_026527961v1_random 356
chrY_NW_026527966v1_random 21025
chrY_NW_026527967v1_random 351
chrY_NW_026527968v1_random 1915
chrY_NW_026527969v1_random 117
chrY_NW_026527974v1_random 95
chrY_NW_026527980v1_random 80

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 215820172 1 5040 121.53 86
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0044_1.h5ad.gz 2.03 GB 05050b537992ff7afe52e97e46ba1d7a
P0044_1.h5ad.gz.tbi 1.03 MB ac66a78e9510fd2318d8654c68d77ac0
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 337f84c9c89916c1a0759bc749fad379
statistics/