Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0044_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0044_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0044_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0044_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCTCACAAGCTCGCTT-P0044_1, TTGTTGCGTTGCTTCG-P0044_1, CTTCAGGAGCCTAACG-P0044_1, CATAGGCGTCATCATC-P0044_1, TAGTGAGAGCGCCTTT-P0044_1 (top 5 of 9157 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
256,279,846
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 256279846
chr1 20074693
chr2 17130555
chr3 12816860
chr4 14400847
chr5 20309820
chr6 12911555
chr7 16459185
chr8 10350474
chr9 12924625
chr10 13795674
chr11 13638031
chr12 13274530
chr13 10005918
chr14 9922645
chr15 10014604
chr16 7821729
chr17 5926124
chr18 4903294
chr19 5316161
chr20 4864795
chr21 3816673
chr22 10129631
chrUn_NW_026528016v1 47
chrUn_NW_026528017v1 649
chrUn_NW_026528021v1 853
chrUn_NW_026528026v1 741
chrUn_NW_026528029v1 546
chrUn_NW_026528038v1 571
chrUn_NW_026528039v1 933
chrUn_NW_026528065v1 287
chrUn_NW_026528075v1 389
chrUn_NW_026528103v1 98
chrUn_NW_026528123v1 11
chrUn_NW_026528125v1 146
chrUn_NW_026528140v1 700
chrUn_NW_026528210v1 116
chrUn_NW_026528215v1 357
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 11
chrUn_NW_026528219v1 25
chrUn_NW_026528220v1 6
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 18
chrUn_NW_026528225v1 115
chrUn_NW_026528226v1 156
chrUn_NW_026528228v1 327
chrUn_NW_026528230v1 257
chrUn_NW_026528232v1 2142
chrUn_NW_026528259v1 9
chrUn_NW_026528278v1 986
chrUn_NW_026528285v1 56
chrUn_NW_026528292v1 28
chrUn_NW_026528295v1 414
chrUn_NW_026528296v1 16217
chrUn_NW_026528310v1 209
chrUn_NW_026528320v1 51
chrUn_NW_026528327v1 39
chrUn_NW_026528332v1 27
chrUn_NW_026528335v1 37
chrUn_NW_026528338v1 30
chrUn_NW_026528339v1 52
chrUn_NW_026528345v1 22
chrUn_NW_026528347v1 19
chrUn_NW_026528350v1 29
chrUn_NW_026528353v1 61
chrUn_NW_026528356v1 45
chrUn_NW_026528358v1 5
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 373
chrUn_NW_026528370v1 186
chrUn_NW_026528371v1 1351
chrUn_NW_026528372v1 377
chrUn_NW_026528373v1 905
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 11
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 31
chrUn_NW_026528385v1 78
chrUn_NW_026528390v1 80
chrUn_NW_026528393v1 30
chrUn_NW_026528396v1 13
chrUn_NW_026528397v1 8
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 11
chrUn_NW_026528408v1 9
chrUn_NW_026528409v1 16
chrUn_NW_026528412v1 25
chrUn_NW_026528413v1 11
chrUn_NW_026528416v1 13
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 68
chrUn_NW_026528431v1 340
chrUn_NW_026528432v1 778
chrUn_NW_026528433v1 4805
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 813
chrUn_NW_026528558v1 4049
chrUn_NW_026528559v1 157
chrUn_NW_026528561v1 616
chrUn_NW_026528588v1 31
chrUn_NW_026528589v1 31
chrUn_NW_026528590v1 2302
chrUn_NW_026528596v1 3736
chrUn_NW_026528609v1 41
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 42
chrUn_NW_026528621v1 72
chrUn_NW_026528631v1 559
chrUn_NW_026528634v1 252
chrUn_NW_026528635v1 9
chrUn_NW_026528644v1 9
chrUn_NW_026528650v1 30
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 10
chrUn_NW_026528668v1 16
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 15
chrUn_NW_026528708v1 11
chrUn_NW_026528719v1 1114
chrUn_NW_026528737v1 134
chrUn_NW_026528739v1 44
chrUn_NW_026528740v1 3
chrUn_NW_026528741v1 6
chrUn_NW_026528745v1 39
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528750v1 23
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 18
chrUn_NW_026528754v1 15
chrUn_NW_026528755v1 175
chrUn_NW_026528772v1 30
chrUn_NW_026528775v1 20
chrUn_NW_026528777v1 13
chrUn_NW_026528784v1 22
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 38
chrUn_NW_026528788v1 12
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 134
chrUn_NW_026528795v1 88
chrUn_NW_026528796v1 285
chrUn_NW_026528797v1 3353
chrUn_NW_026528798v1 1937
chrUn_NW_026528799v1 506
chrUn_NW_026528880v1 51
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 11
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528886v1 2
chrUn_NW_026528887v1 132
chrUn_NW_026528888v1 34
chrUn_NW_026528889v1 33
chrUn_NW_026528891v1 70
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 617
chrUn_NW_026528896v1 5
chrUn_NW_026528899v1 25
chrUn_NW_026528900v1 278
chrUn_NW_026528902v1 263
chrUn_NW_026528903v1 1147
chrUn_NW_026528917v1 405
chrUn_NW_026528926v1 167
chrUn_NW_026528928v1 1645
chrUn_NW_026528937v1 183
chrUn_NW_026528938v1 40
chrUn_NW_026528950v1 42
chrUn_NW_026528952v1 28
chrUn_NW_026528957v1 2292
chrUn_NW_026528960v1 962
chrUn_NW_026528975v1 279
chrUn_NW_026528984v1 127
chrUn_NW_026528985v1 12
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 15
chrUn_NW_026528988v1 151
chrUn_NW_026528989v1 10
chrUn_NW_026528992v1 27
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 40
chrUn_NW_026529007v1 652
chrUn_NW_026529008v1 4783
chrUn_NW_026529013v1 121
chrUn_NW_026529015v1 253
chrUn_NW_026529016v1 2016
chrUn_NW_026529060v1 2300
chrUn_NW_026529081v1 817
chrUn_NW_026529085v1 2233
chrX 5250234
chrX_NW_026527892v1_random 350
chrX_NW_026527894v1_random 710
chrX_NW_026527897v1_random 159
chrY 100298
chrY_NW_026527906v1_random 28
chrY_NW_026527909v1_random 103
chrY_NW_026527911v1_random 367
chrY_NW_026527913v1_random 369
chrY_NW_026527914v1_random 407
chrY_NW_026527915v1_random 26
chrY_NW_026527916v1_random 139
chrY_NW_026527918v1_random 119
chrY_NW_026527919v1_random 405
chrY_NW_026527927v1_random 43
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 116
chrY_NW_026527938v1_random 893
chrY_NW_026527939v1_random 27
chrY_NW_026527942v1_random 788
chrY_NW_026527945v1_random 37
chrY_NW_026527948v1_random 129
chrY_NW_026527949v1_random 175
chrY_NW_026527950v1_random 1639
chrY_NW_026527951v1_random 209
chrY_NW_026527955v1_random 235
chrY_NW_026527956v1_random 3569
chrY_NW_026527958v1_random 1355
chrY_NW_026527960v1_random 112
chrY_NW_026527961v1_random 420
chrY_NW_026527966v1_random 24239
chrY_NW_026527967v1_random 453
chrY_NW_026527968v1_random 2362
chrY_NW_026527969v1_random 137
chrY_NW_026527974v1_random 117
chrY_NW_026527980v1_random 95

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 256279846 1 5040 121.73 86
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0044_1.gz 2.41 GB dbc6625488e6cd9e1e4b353a1b64e79a
P0044_1.gz.tbi 1.12 MB c3bc686759c171a60696f717b8f57d70
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 2e1aad8558bad3cc969c8364591dbc48
statistics/