Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0045_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0045_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0045_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0045_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CGAATATGTAGGTTGC-P0045_1, TTTGTGAAGGCCTAAT-P0045_1, CGCTTCTAGGAGGTTA-P0045_1, CCGCTAGCAGCCTGCA-P0045_1, ACCCGGTAGCTTAGCG-P0045_1 (top 5 of 300 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
10,398,369
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 10398369
chr1 816514
chr2 654076
chr3 458612
chr4 574244
chr5 905207
chr6 496107
chr7 682294
chr8 398037
chr9 505823
chr10 558866
chr11 566474
chr12 569525
chr13 369278
chr14 385711
chr15 407664
chr16 286409
chr17 226676
chr18 220128
chr19 233536
chr20 204310
chr21 145950
chr22 515743
chrUn_NW_026528016v1 1
chrUn_NW_026528017v1 16
chrUn_NW_026528021v1 22
chrUn_NW_026528026v1 21
chrUn_NW_026528029v1 29
chrUn_NW_026528038v1 26
chrUn_NW_026528039v1 42
chrUn_NW_026528065v1 15
chrUn_NW_026528075v1 11
chrUn_NW_026528103v1 3
chrUn_NW_026528125v1 4
chrUn_NW_026528140v1 31
chrUn_NW_026528215v1 20
chrUn_NW_026528225v1 5
chrUn_NW_026528226v1 29
chrUn_NW_026528228v1 11
chrUn_NW_026528230v1 8
chrUn_NW_026528232v1 68
chrUn_NW_026528278v1 36
chrUn_NW_026528285v1 5
chrUn_NW_026528295v1 6
chrUn_NW_026528296v1 923
chrUn_NW_026528310v1 8
chrUn_NW_026528320v1 2
chrUn_NW_026528335v1 1
chrUn_NW_026528339v1 2
chrUn_NW_026528345v1 1
chrUn_NW_026528350v1 1
chrUn_NW_026528353v1 4
chrUn_NW_026528356v1 2
chrUn_NW_026528363v1 14
chrUn_NW_026528370v1 11
chrUn_NW_026528371v1 72
chrUn_NW_026528372v1 17
chrUn_NW_026528373v1 35
chrUn_NW_026528384v1 2
chrUn_NW_026528385v1 6
chrUn_NW_026528390v1 1
chrUn_NW_026528393v1 2
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528412v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528431v1 6
chrUn_NW_026528432v1 31
chrUn_NW_026528433v1 405
chrUn_NW_026528480v1 31
chrUn_NW_026528558v1 146
chrUn_NW_026528559v1 9
chrUn_NW_026528561v1 10
chrUn_NW_026528588v1 3
chrUn_NW_026528589v1 1
chrUn_NW_026528590v1 142
chrUn_NW_026528596v1 135
chrUn_NW_026528621v1 3
chrUn_NW_026528631v1 24
chrUn_NW_026528634v1 6
chrUn_NW_026528650v1 2
chrUn_NW_026528719v1 53
chrUn_NW_026528737v1 27
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528755v1 6
chrUn_NW_026528784v1 1
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 1
chrUn_NW_026528793v1 5
chrUn_NW_026528795v1 9
chrUn_NW_026528796v1 6
chrUn_NW_026528797v1 174
chrUn_NW_026528798v1 83
chrUn_NW_026528799v1 15
chrUn_NW_026528880v1 1
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 6
chrUn_NW_026528888v1 5
chrUn_NW_026528891v1 1
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 45
chrUn_NW_026528899v1 2
chrUn_NW_026528900v1 6
chrUn_NW_026528902v1 8
chrUn_NW_026528903v1 57
chrUn_NW_026528917v1 18
chrUn_NW_026528926v1 9
chrUn_NW_026528928v1 34
chrUn_NW_026528937v1 4
chrUn_NW_026528938v1 3
chrUn_NW_026528950v1 1
chrUn_NW_026528952v1 1
chrUn_NW_026528957v1 67
chrUn_NW_026528960v1 31
chrUn_NW_026528975v1 16
chrUn_NW_026528984v1 5
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 12
chrUn_NW_026528996v1 1
chrUn_NW_026529007v1 22
chrUn_NW_026529008v1 268
chrUn_NW_026529013v1 4
chrUn_NW_026529015v1 8
chrUn_NW_026529016v1 90
chrUn_NW_026529060v1 95
chrUn_NW_026529081v1 24
chrUn_NW_026529085v1 70
chrX 205954
chrX_NW_026527892v1_random 9
chrX_NW_026527894v1_random 34
chrX_NW_026527897v1_random 4
chrY 4520
chrY_NW_026527909v1_random 4
chrY_NW_026527911v1_random 11
chrY_NW_026527913v1_random 9
chrY_NW_026527914v1_random 25
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527918v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 9
chrY_NW_026527932v1_random 2
chrY_NW_026527938v1_random 38
chrY_NW_026527942v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 4
chrY_NW_026527949v1_random 10
chrY_NW_026527950v1_random 180
chrY_NW_026527951v1_random 4
chrY_NW_026527955v1_random 10
chrY_NW_026527956v1_random 437
chrY_NW_026527958v1_random 171
chrY_NW_026527961v1_random 15
chrY_NW_026527966v1_random 1824
chrY_NW_026527967v1_random 21
chrY_NW_026527968v1_random 92
chrY_NW_026527969v1_random 4
chrY_NW_026527974v1_random 1
chrY_NW_026527980v1_random 2

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 10398369 1 4991 144.22 100
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0045_1.h5ad.gz 88.11 MB 977d1837b4d64a10fbed359e1c43e1ae
P0045_1.h5ad.gz.tbi 666.64 KB 8ab80b2da403eaa171e608417bc97e80
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB e84ac7f1c64443767f62525950da24af
statistics/