Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0045_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0045_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0045_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0045_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CGAATATGTAGGTTGC-P0045_1, AGCGATTTCTTGGACG-P0045_1, AGTGCCGGTAACAGGG-P0045_1, CCTAATAAGTCATTTC-P0045_1, TGGCCTTTCTTAGCGG-P0045_1 (top 5 of 4270 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
264,785,263
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 264785263
chr1 20948134
chr2 17347986
chr3 12626483
chr4 14421214
chr5 21764356
chr6 13641276
chr7 17830993
chr8 10775441
chr9 13399974
chr10 14438362
chr11 14100961
chr12 13843259
chr13 10221017
chr14 10071221
chr15 10778351
chr16 7900280
chr17 5983480
chr18 5109552
chr19 5651295
chr20 5201176
chr21 3854903
chr22 9475568
chrUn_NW_026528016v1 48
chrUn_NW_026528017v1 446
chrUn_NW_026528021v1 1479
chrUn_NW_026528026v1 492
chrUn_NW_026528029v1 711
chrUn_NW_026528038v1 916
chrUn_NW_026528039v1 1015
chrUn_NW_026528065v1 388
chrUn_NW_026528075v1 222
chrUn_NW_026528103v1 37
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 96
chrUn_NW_026528140v1 928
chrUn_NW_026528210v1 118
chrUn_NW_026528215v1 528
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 18
chrUn_NW_026528219v1 23
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 14
chrUn_NW_026528224v1 26
chrUn_NW_026528225v1 156
chrUn_NW_026528226v1 111
chrUn_NW_026528228v1 214
chrUn_NW_026528230v1 339
chrUn_NW_026528232v1 1815
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 633
chrUn_NW_026528285v1 67
chrUn_NW_026528292v1 26
chrUn_NW_026528295v1 171
chrUn_NW_026528296v1 20538
chrUn_NW_026528310v1 180
chrUn_NW_026528320v1 44
chrUn_NW_026528327v1 24
chrUn_NW_026528332v1 31
chrUn_NW_026528335v1 34
chrUn_NW_026528338v1 34
chrUn_NW_026528339v1 39
chrUn_NW_026528345v1 11
chrUn_NW_026528347v1 7
chrUn_NW_026528350v1 31
chrUn_NW_026528353v1 54
chrUn_NW_026528356v1 41
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 302
chrUn_NW_026528370v1 288
chrUn_NW_026528371v1 1202
chrUn_NW_026528372v1 721
chrUn_NW_026528373v1 1782
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 11
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 47
chrUn_NW_026528385v1 63
chrUn_NW_026528390v1 83
chrUn_NW_026528393v1 20
chrUn_NW_026528396v1 8
chrUn_NW_026528397v1 5
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 9
chrUn_NW_026528408v1 13
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 12
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 5
chrUn_NW_026528423v1 70
chrUn_NW_026528431v1 394
chrUn_NW_026528432v1 707
chrUn_NW_026528433v1 5240
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 499
chrUn_NW_026528558v1 1879
chrUn_NW_026528559v1 106
chrUn_NW_026528561v1 588
chrUn_NW_026528588v1 26
chrUn_NW_026528589v1 38
chrUn_NW_026528590v1 2047
chrUn_NW_026528596v1 2526
chrUn_NW_026528609v1 34
chrUn_NW_026528611v1 7
chrUn_NW_026528615v1 33
chrUn_NW_026528621v1 71
chrUn_NW_026528631v1 450
chrUn_NW_026528634v1 227
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 16
chrUn_NW_026528650v1 37
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 9
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 26
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 626
chrUn_NW_026528737v1 177
chrUn_NW_026528739v1 30
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 35
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 9
chrUn_NW_026528752v1 13
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 148
chrUn_NW_026528772v1 39
chrUn_NW_026528775v1 26
chrUn_NW_026528777v1 12
chrUn_NW_026528784v1 34
chrUn_NW_026528785v1 17
chrUn_NW_026528786v1 55
chrUn_NW_026528788v1 13
chrUn_NW_026528791v1 8
chrUn_NW_026528792v1 6
chrUn_NW_026528793v1 170
chrUn_NW_026528795v1 186
chrUn_NW_026528796v1 472
chrUn_NW_026528797v1 6605
chrUn_NW_026528798v1 1625
chrUn_NW_026528799v1 312
chrUn_NW_026528880v1 41
chrUn_NW_026528882v1 17
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 17
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 161
chrUn_NW_026528888v1 45
chrUn_NW_026528889v1 24
chrUn_NW_026528891v1 96
chrUn_NW_026528893v1 17
chrUn_NW_026528894v1 605
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 24
chrUn_NW_026528900v1 352
chrUn_NW_026528902v1 231
chrUn_NW_026528903v1 2159
chrUn_NW_026528917v1 275
chrUn_NW_026528926v1 96
chrUn_NW_026528928v1 912
chrUn_NW_026528937v1 77
chrUn_NW_026528938v1 23
chrUn_NW_026528950v1 17
chrUn_NW_026528952v1 15
chrUn_NW_026528957v1 1080
chrUn_NW_026528960v1 811
chrUn_NW_026528975v1 176
chrUn_NW_026528984v1 157
chrUn_NW_026528985v1 15
chrUn_NW_026528986v1 6
chrUn_NW_026528987v1 22
chrUn_NW_026528988v1 139
chrUn_NW_026528989v1 17
chrUn_NW_026528992v1 55
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 3
chrUn_NW_026528996v1 41
chrUn_NW_026529007v1 532
chrUn_NW_026529008v1 6442
chrUn_NW_026529013v1 73
chrUn_NW_026529015v1 146
chrUn_NW_026529016v1 1066
chrUn_NW_026529060v1 3075
chrUn_NW_026529081v1 914
chrUn_NW_026529085v1 2039
chrX 5185217
chrX_NW_026527892v1_random 403
chrX_NW_026527894v1_random 791
chrX_NW_026527897v1_random 154
chrY 101505
chrY_NW_026527906v1_random 13
chrY_NW_026527909v1_random 90
chrY_NW_026527911v1_random 372
chrY_NW_026527913v1_random 502
chrY_NW_026527914v1_random 636
chrY_NW_026527915v1_random 43
chrY_NW_026527916v1_random 127
chrY_NW_026527918v1_random 69
chrY_NW_026527919v1_random 396
chrY_NW_026527927v1_random 58
chrY_NW_026527928v1_random 9
chrY_NW_026527931v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 138
chrY_NW_026527938v1_random 473
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 624
chrY_NW_026527945v1_random 21
chrY_NW_026527948v1_random 96
chrY_NW_026527949v1_random 174
chrY_NW_026527950v1_random 1595
chrY_NW_026527951v1_random 216
chrY_NW_026527955v1_random 379
chrY_NW_026527956v1_random 1701
chrY_NW_026527958v1_random 745
chrY_NW_026527960v1_random 139
chrY_NW_026527961v1_random 609
chrY_NW_026527966v1_random 14930
chrY_NW_026527967v1_random 440
chrY_NW_026527968v1_random 2549
chrY_NW_026527969v1_random 147
chrY_NW_026527974v1_random 86
chrY_NW_026527980v1_random 70

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 264785263 1 5041 153.78 113
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0045_1.gz 2.39 GB aecb9559c52c3ac5bf7130fb7a2d78c0
P0045_1.gz.tbi 1.09 MB 08187db3f8400e81dd663da6731af355
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB a743d43111942c91707e2a0af3952f65
statistics/