Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0045_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0045_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0045_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0045_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCCCAAATCTAATTGG-P0045_2, CCTTACTCAATGCGCT-P0045_2, GCTAGCTCAACCCTCC-P0045_2, AGTGCGGAGAGGGACT-P0045_2, TTGAGCTAGTTACCGG-P0045_2 (top 5 of 420 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
12,907,679
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 12907679
chr1 1014230
chr2 826645
chr3 570807
chr4 704063
chr5 1129445
chr6 614557
chr7 850011
chr8 480718
chr9 649024
chr10 700552
chr11 698079
chr12 705147
chr13 464266
chr14 476002
chr15 509330
chr16 344620
chr17 285035
chr18 271537
chr19 279517
chr20 258432
chr21 181141
chr22 630205
chrUn_NW_026528016v1 2
chrUn_NW_026528017v1 46
chrUn_NW_026528021v1 45
chrUn_NW_026528026v1 29
chrUn_NW_026528029v1 20
chrUn_NW_026528038v1 25
chrUn_NW_026528039v1 53
chrUn_NW_026528065v1 23
chrUn_NW_026528075v1 13
chrUn_NW_026528103v1 2
chrUn_NW_026528125v1 1
chrUn_NW_026528140v1 77
chrUn_NW_026528210v1 8
chrUn_NW_026528215v1 30
chrUn_NW_026528219v1 4
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528225v1 8
chrUn_NW_026528226v1 30
chrUn_NW_026528228v1 6
chrUn_NW_026528230v1 2
chrUn_NW_026528232v1 62
chrUn_NW_026528278v1 43
chrUn_NW_026528285v1 3
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 11
chrUn_NW_026528296v1 1082
chrUn_NW_026528310v1 5
chrUn_NW_026528327v1 1
chrUn_NW_026528332v1 1
chrUn_NW_026528335v1 1
chrUn_NW_026528339v1 1
chrUn_NW_026528345v1 1
chrUn_NW_026528353v1 3
chrUn_NW_026528356v1 3
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 10
chrUn_NW_026528370v1 19
chrUn_NW_026528371v1 84
chrUn_NW_026528372v1 21
chrUn_NW_026528373v1 44
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528384v1 3
chrUn_NW_026528385v1 2
chrUn_NW_026528390v1 3
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528408v1 1
chrUn_NW_026528412v1 1
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528423v1 3
chrUn_NW_026528431v1 16
chrUn_NW_026528432v1 43
chrUn_NW_026528433v1 416
chrUn_NW_026528480v1 26
chrUn_NW_026528558v1 103
chrUn_NW_026528559v1 6
chrUn_NW_026528561v1 17
chrUn_NW_026528588v1 2
chrUn_NW_026528589v1 2
chrUn_NW_026528590v1 118
chrUn_NW_026528596v1 104
chrUn_NW_026528615v1 6
chrUn_NW_026528621v1 2
chrUn_NW_026528631v1 20
chrUn_NW_026528634v1 5
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528677v1 1
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 24
chrUn_NW_026528737v1 22
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528755v1 3
chrUn_NW_026528772v1 1
chrUn_NW_026528784v1 1
chrUn_NW_026528786v1 2
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528793v1 11
chrUn_NW_026528795v1 2
chrUn_NW_026528796v1 17
chrUn_NW_026528797v1 209
chrUn_NW_026528798v1 98
chrUn_NW_026528799v1 29
chrUn_NW_026528880v1 3
chrUn_NW_026528882v1 2
chrUn_NW_026528887v1 8
chrUn_NW_026528888v1 10
chrUn_NW_026528891v1 2
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 28
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 4
chrUn_NW_026528900v1 5
chrUn_NW_026528902v1 5
chrUn_NW_026528903v1 75
chrUn_NW_026528917v1 62
chrUn_NW_026528926v1 4
chrUn_NW_026528928v1 38
chrUn_NW_026528937v1 2
chrUn_NW_026528938v1 1
chrUn_NW_026528950v1 2
chrUn_NW_026528952v1 1
chrUn_NW_026528957v1 74
chrUn_NW_026528960v1 36
chrUn_NW_026528975v1 4
chrUn_NW_026528984v1 1
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528988v1 8
chrUn_NW_026528996v1 6
chrUn_NW_026529007v1 36
chrUn_NW_026529008v1 304
chrUn_NW_026529013v1 8
chrUn_NW_026529015v1 7
chrUn_NW_026529016v1 62
chrUn_NW_026529060v1 70
chrUn_NW_026529081v1 29
chrUn_NW_026529085v1 76
chrX 251434
chrX_NW_026527892v1_random 15
chrX_NW_026527894v1_random 39
chrX_NW_026527897v1_random 13
chrY 5362
chrY_NW_026527909v1_random 3
chrY_NW_026527911v1_random 15
chrY_NW_026527913v1_random 15
chrY_NW_026527914v1_random 31
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527916v1_random 10
chrY_NW_026527918v1_random 3
chrY_NW_026527919v1_random 15
chrY_NW_026527927v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 4
chrY_NW_026527938v1_random 24
chrY_NW_026527942v1_random 39
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 6
chrY_NW_026527949v1_random 10
chrY_NW_026527950v1_random 227
chrY_NW_026527951v1_random 4
chrY_NW_026527955v1_random 12
chrY_NW_026527956v1_random 499
chrY_NW_026527958v1_random 181
chrY_NW_026527960v1_random 8
chrY_NW_026527961v1_random 27
chrY_NW_026527966v1_random 2062
chrY_NW_026527967v1_random 18
chrY_NW_026527968v1_random 90
chrY_NW_026527969v1_random 8
chrY_NW_026527974v1_random 3
chrY_NW_026527980v1_random 5

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 12907679 1 5017 133.38 91
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0045_2.h5ad.gz 113.23 MB f892135e886669d8cf4c006bb779a0dd
P0045_2.h5ad.gz.tbi 651.37 KB 1ac5d49841d4d8ed7be5f83040f1f4bd
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB efd2b27450cc681f71f0c3ea15eb21a3
statistics/