Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0045_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0045_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0045_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0045_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GACACCGGTGACCTGG-P0045_2, GCCCAAATCTAATTGG-P0045_2, GAGGCTTGTTCCTGTG-P0045_2, ATATGCATCGCAATCG-P0045_2, GTATTGATCGAAGTGA-P0045_2 (top 5 of 6552 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
320,604,813
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 320604813
chr1 25262180
chr2 21047895
chr3 15330774
chr4 17444605
chr5 26190823
chr6 16521838
chr7 21613212
chr8 13121236
chr9 16275719
chr10 17546192
chr11 17119541
chr12 16804649
chr13 12407572
chr14 12254373
chr15 13129298
chr16 9580101
chr17 7296838
chr18 6167839
chr19 6848379
chr20 6240670
chr21 4685104
chr22 11298286
chrUn_NW_026528016v1 51
chrUn_NW_026528017v1 605
chrUn_NW_026528021v1 1826
chrUn_NW_026528026v1 533
chrUn_NW_026528029v1 760
chrUn_NW_026528038v1 989
chrUn_NW_026528039v1 1343
chrUn_NW_026528065v1 470
chrUn_NW_026528075v1 293
chrUn_NW_026528103v1 53
chrUn_NW_026528123v1 7
chrUn_NW_026528125v1 100
chrUn_NW_026528140v1 1210
chrUn_NW_026528210v1 145
chrUn_NW_026528215v1 592
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 20
chrUn_NW_026528219v1 43
chrUn_NW_026528220v1 10
chrUn_NW_026528221v1 8
chrUn_NW_026528222v1 8
chrUn_NW_026528224v1 24
chrUn_NW_026528225v1 206
chrUn_NW_026528226v1 122
chrUn_NW_026528228v1 275
chrUn_NW_026528230v1 423
chrUn_NW_026528232v1 2065
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 810
chrUn_NW_026528285v1 66
chrUn_NW_026528292v1 41
chrUn_NW_026528295v1 248
chrUn_NW_026528296v1 24574
chrUn_NW_026528310v1 171
chrUn_NW_026528320v1 35
chrUn_NW_026528327v1 24
chrUn_NW_026528332v1 32
chrUn_NW_026528335v1 23
chrUn_NW_026528338v1 24
chrUn_NW_026528339v1 38
chrUn_NW_026528345v1 11
chrUn_NW_026528347v1 13
chrUn_NW_026528350v1 35
chrUn_NW_026528353v1 47
chrUn_NW_026528356v1 33
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 5
chrUn_NW_026528363v1 308
chrUn_NW_026528370v1 393
chrUn_NW_026528371v1 1382
chrUn_NW_026528372v1 827
chrUn_NW_026528373v1 2157
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 9
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 49
chrUn_NW_026528385v1 80
chrUn_NW_026528390v1 87
chrUn_NW_026528393v1 14
chrUn_NW_026528396v1 11
chrUn_NW_026528397v1 11
chrUn_NW_026528402v1 5
chrUn_NW_026528403v1 23
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 10
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 11
chrUn_NW_026528413v1 9
chrUn_NW_026528416v1 11
chrUn_NW_026528419v1 6
chrUn_NW_026528420v1 6
chrUn_NW_026528423v1 63
chrUn_NW_026528431v1 485
chrUn_NW_026528432v1 760
chrUn_NW_026528433v1 6316
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 602
chrUn_NW_026528558v1 2365
chrUn_NW_026528559v1 125
chrUn_NW_026528561v1 793
chrUn_NW_026528588v1 39
chrUn_NW_026528589v1 41
chrUn_NW_026528590v1 2409
chrUn_NW_026528596v1 2895
chrUn_NW_026528609v1 40
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 39
chrUn_NW_026528621v1 50
chrUn_NW_026528631v1 529
chrUn_NW_026528634v1 243
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 10
chrUn_NW_026528650v1 32
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 12
chrUn_NW_026528668v1 13
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 23
chrUn_NW_026528708v1 12
chrUn_NW_026528719v1 738
chrUn_NW_026528737v1 227
chrUn_NW_026528739v1 39
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 32
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 13
chrUn_NW_026528751v1 3
chrUn_NW_026528752v1 17
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 171
chrUn_NW_026528772v1 55
chrUn_NW_026528775v1 32
chrUn_NW_026528777v1 17
chrUn_NW_026528784v1 31
chrUn_NW_026528785v1 20
chrUn_NW_026528786v1 49
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 8
chrUn_NW_026528792v1 12
chrUn_NW_026528793v1 185
chrUn_NW_026528795v1 226
chrUn_NW_026528796v1 606
chrUn_NW_026528797v1 7993
chrUn_NW_026528798v1 1929
chrUn_NW_026528799v1 374
chrUn_NW_026528880v1 54
chrUn_NW_026528882v1 22
chrUn_NW_026528883v1 10
chrUn_NW_026528884v1 16
chrUn_NW_026528885v1 14
chrUn_NW_026528887v1 199
chrUn_NW_026528888v1 59
chrUn_NW_026528889v1 27
chrUn_NW_026528891v1 106
chrUn_NW_026528893v1 18
chrUn_NW_026528894v1 711
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 24
chrUn_NW_026528900v1 407
chrUn_NW_026528902v1 332
chrUn_NW_026528903v1 2501
chrUn_NW_026528917v1 362
chrUn_NW_026528926v1 112
chrUn_NW_026528928v1 1042
chrUn_NW_026528937v1 91
chrUn_NW_026528938v1 16
chrUn_NW_026528950v1 25
chrUn_NW_026528952v1 13
chrUn_NW_026528957v1 1311
chrUn_NW_026528960v1 903
chrUn_NW_026528975v1 222
chrUn_NW_026528984v1 165
chrUn_NW_026528985v1 14
chrUn_NW_026528986v1 11
chrUn_NW_026528987v1 13
chrUn_NW_026528988v1 142
chrUn_NW_026528989v1 15
chrUn_NW_026528992v1 54
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 67
chrUn_NW_026529007v1 629
chrUn_NW_026529008v1 7783
chrUn_NW_026529013v1 87
chrUn_NW_026529015v1 173
chrUn_NW_026529016v1 1340
chrUn_NW_026529060v1 3410
chrUn_NW_026529081v1 1053
chrUn_NW_026529085v1 2374
chrX 6163399
chrX_NW_026527892v1_random 498
chrX_NW_026527894v1_random 937
chrX_NW_026527897v1_random 210
chrY 120163
chrY_NW_026527906v1_random 24
chrY_NW_026527909v1_random 101
chrY_NW_026527911v1_random 368
chrY_NW_026527913v1_random 568
chrY_NW_026527914v1_random 689
chrY_NW_026527915v1_random 36
chrY_NW_026527916v1_random 126
chrY_NW_026527918v1_random 100
chrY_NW_026527919v1_random 453
chrY_NW_026527927v1_random 87
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 180
chrY_NW_026527938v1_random 547
chrY_NW_026527939v1_random 25
chrY_NW_026527942v1_random 670
chrY_NW_026527945v1_random 30
chrY_NW_026527948v1_random 108
chrY_NW_026527949v1_random 199
chrY_NW_026527950v1_random 1853
chrY_NW_026527951v1_random 277
chrY_NW_026527955v1_random 381
chrY_NW_026527956v1_random 2166
chrY_NW_026527958v1_random 853
chrY_NW_026527960v1_random 175
chrY_NW_026527961v1_random 656
chrY_NW_026527966v1_random 17386
chrY_NW_026527967v1_random 472
chrY_NW_026527968v1_random 3081
chrY_NW_026527969v1_random 158
chrY_NW_026527974v1_random 111
chrY_NW_026527980v1_random 86

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 320604813 1 5040 143.11 100
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0045_2.gz 2.93 GB 4e8e3585fc5e278f21096c233f6c9aef
P0045_2.gz.tbi 1.2 MB b849f585245e06733ed3df0ecc0bbd91
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB db9ab45ec4a40d6a067bdd1e99052eeb
statistics/