Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0046_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0046_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0046_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0046_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GGCCGTTAGGGATGCG-P0046_1, CAAGGCTGTCGACTAA-P0046_1, TTGTCCATCATTAGCA-P0046_1, CCATAGCCAAGCCACT-P0046_1, TCCATCATCGGGATTT-P0046_1 (top 5 of 1480 values)
count	int	count			[1, 1]	n 98,656,615 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	98656615
chr1	8042250
chr2	6451942
chr3	4658734
chr4	5169689
chr5	8139035
chr6	5134376
chr7	6570271
chr8	3985781
chr9	4806821
chr10	5290709
chr11	5271675
chr12	5284233
chr13	3795420
chr14	3717344
chr15	3842094
chr16	2983692
chr17	2216816
chr18	1838921
chr19	2091878
chr20	2023710
chr21	1475708
chr22	3502715
chrUn_NW_026528016v1	16
chrUn_NW_026528017v1	33
chrUn_NW_026528021v1	443
chrUn_NW_026528026v1	307
chrUn_NW_026528029v1	296
chrUn_NW_026528038v1	314
chrUn_NW_026528039v1	438
chrUn_NW_026528065v1	106
chrUn_NW_026528075v1	87
chrUn_NW_026528103v1	28
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	32
chrUn_NW_026528140v1	362
chrUn_NW_026528210v1	57
chrUn_NW_026528215v1	112
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	2
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	3
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	28
chrUn_NW_026528226v1	57
chrUn_NW_026528228v1	113
chrUn_NW_026528230v1	157
chrUn_NW_026528232v1	678
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	268
chrUn_NW_026528285v1	24
chrUn_NW_026528292v1	7
chrUn_NW_026528295v1	125
chrUn_NW_026528296v1	7374
chrUn_NW_026528310v1	50
chrUn_NW_026528320v1	12
chrUn_NW_026528327v1	4
chrUn_NW_026528332v1	9
chrUn_NW_026528335v1	8
chrUn_NW_026528338v1	22
chrUn_NW_026528339v1	21
chrUn_NW_026528345v1	15
chrUn_NW_026528347v1	6
chrUn_NW_026528350v1	7
chrUn_NW_026528353v1	20
chrUn_NW_026528356v1	22
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	106
chrUn_NW_026528370v1	83
chrUn_NW_026528371v1	501
chrUn_NW_026528372v1	208
chrUn_NW_026528373v1	640
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528384v1	5
chrUn_NW_026528385v1	17
chrUn_NW_026528390v1	7
chrUn_NW_026528393v1	3
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	4
chrUn_NW_026528403v1	1
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	6
chrUn_NW_026528412v1	3
chrUn_NW_026528413v1	2
chrUn_NW_026528416v1	1
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	21
chrUn_NW_026528431v1	141
chrUn_NW_026528432v1	313
chrUn_NW_026528433v1	1365
chrUn_NW_026528440v1	4
chrUn_NW_026528480v1	194
chrUn_NW_026528558v1	809
chrUn_NW_026528559v1	26
chrUn_NW_026528588v1	5
chrUn_NW_026528589v1	9
chrUn_NW_026528590v1	566
chrUn_NW_026528596v1	889
chrUn_NW_026528609v1	15
chrUn_NW_026528611v1	8
chrUn_NW_026528615v1	3
chrUn_NW_026528621v1	146
chrUn_NW_026528631v1	48
chrUn_NW_026528634v1	72
chrUn_NW_026528635v1	4
chrUn_NW_026528650v1	17
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528661v1	9
chrUn_NW_026528668v1	5
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	6
chrUn_NW_026528708v1	7
chrUn_NW_026528719v1	307
chrUn_NW_026528737v1	19
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528748v1	1
chrUn_NW_026528750v1	2
chrUn_NW_026528755v1	48
chrUn_NW_026528772v1	7
chrUn_NW_026528775v1	6
chrUn_NW_026528777v1	4
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	6
chrUn_NW_026528786v1	7
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528793v1	59
chrUn_NW_026528795v1	74
chrUn_NW_026528796v1	160
chrUn_NW_026528797v1	2272
chrUn_NW_026528798v1	620
chrUn_NW_026528799v1	112
chrUn_NW_026528880v1	16
chrUn_NW_026528882v1	8
chrUn_NW_026528883v1	4
chrUn_NW_026528884v1	2
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	30
chrUn_NW_026528888v1	14
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	26
chrUn_NW_026528893v1	5
chrUn_NW_026528894v1	143
chrUn_NW_026528896v1	2
chrUn_NW_026528899v1	13
chrUn_NW_026528900v1	78
chrUn_NW_026528902v1	66
chrUn_NW_026528903v1	656
chrUn_NW_026528917v1	128
chrUn_NW_026528926v1	49
chrUn_NW_026528928v1	457
chrUn_NW_026528937v1	31
chrUn_NW_026528938v1	4
chrUn_NW_026528950v1	9
chrUn_NW_026528952v1	2
chrUn_NW_026528957v1	430
chrUn_NW_026528960v1	145
chrUn_NW_026528975v1	114
chrUn_NW_026528984v1	13
chrUn_NW_026528985v1	4
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	6
chrUn_NW_026528988v1	36
chrUn_NW_026528989v1	9
chrUn_NW_026528992v1	1
chrUn_NW_026528994v1	1
chrUn_NW_026528996v1	11
chrUn_NW_026529007v1	252
chrUn_NW_026529008v1	3049
chrUn_NW_026529013v1	40
chrUn_NW_026529015v1	74
chrUn_NW_026529016v1	553
chrUn_NW_026529060v1	1120
chrUn_NW_026529081v1	65
chrUn_NW_026529085v1	247
chrX	2309436
chrX_NW_026527892v1_random	209
chrX_NW_026527894v1_random	494
chrX_NW_026527897v1_random	92
chrY	13491
chrY_NW_026527911v1_random	15
chrY_NW_026527913v1_random	56
chrY_NW_026527914v1_random	317
chrY_NW_026527919v1_random	7
chrY_NW_026527927v1_random	4
chrY_NW_026527932v1_random	5
chrY_NW_026527938v1_random	286
chrY_NW_026527939v1_random	18
chrY_NW_026527942v1_random	5
chrY_NW_026527949v1_random	1238
chrY_NW_026527950v1_random	694
chrY_NW_026527951v1_random	53
chrY_NW_026527955v1_random	67
chrY_NW_026527956v1_random	945
chrY_NW_026527958v1_random	380
chrY_NW_026527960v1_random	90
chrY_NW_026527961v1_random	262
chrY_NW_026527966v1_random	4488
chrY_NW_026527967v1_random	61
chrY_NW_026527968v1_random	455
chrY_NW_026527969v1_random	9
chrY_NW_026527980v1_random	33

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	98656615	1	5030	168.68	142

Files

Filename	Size	md5
P0046_1.h5ad.gz	924.03 MB	fa9023263df0f79fe27796046fd50a93
P0046_1.h5ad.gz.tbi	743.25 KB	725ca0e2ae2f010fd88ca614753e858f
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	47eecee7f58dc7c857d06cb102f1fe8c
statistics/