Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0046_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0046_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0046_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0046_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GGCCGTTAGGGATGCG-P0046_1, GTGCTCCGTCCTCCAA-P0046_1, GTCTAATCACTTGTTC-P0046_1, TTCGGTACAATCGCAC-P0046_1, TTAACTGAGCCTTAAA-P0046_1 (top 5 of 3622 values)
count	int	count			[1, 1]	n 230,251,814 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	230251814
chr1	18580276
chr2	15166649
chr3	11004746
chr4	12162125
chr5	18860583
chr6	12030795
chr7	15294389
chr8	9265076
chr9	11310240
chr10	12277334
chr11	12253113
chr12	12165963
chr13	8901245
chr14	8689044
chr15	9019811
chr16	6970486
chr17	5228613
chr18	4325203
chr19	4851342
chr20	4696726
chr21	3485221
chr22	8096794
chrUn_NW_026528016v1	49
chrUn_NW_026528017v1	94
chrUn_NW_026528021v1	1082
chrUn_NW_026528026v1	768
chrUn_NW_026528029v1	636
chrUn_NW_026528038v1	719
chrUn_NW_026528039v1	1065
chrUn_NW_026528065v1	286
chrUn_NW_026528075v1	284
chrUn_NW_026528103v1	81
chrUn_NW_026528123v1	5
chrUn_NW_026528125v1	120
chrUn_NW_026528140v1	790
chrUn_NW_026528210v1	143
chrUn_NW_026528215v1	249
chrUn_NW_026528217v1	2
chrUn_NW_026528218v1	9
chrUn_NW_026528219v1	13
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	4
chrUn_NW_026528224v1	4
chrUn_NW_026528225v1	62
chrUn_NW_026528226v1	159
chrUn_NW_026528228v1	271
chrUn_NW_026528230v1	365
chrUn_NW_026528232v1	1547
chrUn_NW_026528259v1	8
chrUn_NW_026528278v1	633
chrUn_NW_026528285v1	54
chrUn_NW_026528292v1	17
chrUn_NW_026528295v1	366
chrUn_NW_026528296v1	17673
chrUn_NW_026528310v1	155
chrUn_NW_026528320v1	29
chrUn_NW_026528327v1	25
chrUn_NW_026528332v1	29
chrUn_NW_026528335v1	17
chrUn_NW_026528338v1	47
chrUn_NW_026528339v1	48
chrUn_NW_026528345v1	35
chrUn_NW_026528347v1	16
chrUn_NW_026528350v1	24
chrUn_NW_026528353v1	54
chrUn_NW_026528356v1	39
chrUn_NW_026528358v1	3
chrUn_NW_026528360v1	4
chrUn_NW_026528363v1	300
chrUn_NW_026528370v1	215
chrUn_NW_026528371v1	1100
chrUn_NW_026528372v1	553
chrUn_NW_026528373v1	1484
chrUn_NW_026528378v1	5
chrUn_NW_026528380v1	7
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	13
chrUn_NW_026528385v1	30
chrUn_NW_026528390v1	18
chrUn_NW_026528393v1	9
chrUn_NW_026528396v1	8
chrUn_NW_026528397v1	15
chrUn_NW_026528402v1	2
chrUn_NW_026528403v1	9
chrUn_NW_026528404v1	1
chrUn_NW_026528408v1	6
chrUn_NW_026528409v1	12
chrUn_NW_026528412v1	8
chrUn_NW_026528413v1	5
chrUn_NW_026528416v1	6
chrUn_NW_026528419v1	5
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	55
chrUn_NW_026528431v1	389
chrUn_NW_026528432v1	718
chrUn_NW_026528433v1	3624
chrUn_NW_026528440v1	7
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	582
chrUn_NW_026528558v1	2659
chrUn_NW_026528559v1	81
chrUn_NW_026528561v1	4
chrUn_NW_026528588v1	6
chrUn_NW_026528589v1	26
chrUn_NW_026528590v1	1474
chrUn_NW_026528596v1	2362
chrUn_NW_026528609v1	38
chrUn_NW_026528611v1	17
chrUn_NW_026528615v1	13
chrUn_NW_026528621v1	330
chrUn_NW_026528631v1	87
chrUn_NW_026528634v1	192
chrUn_NW_026528635v1	6
chrUn_NW_026528644v1	2
chrUn_NW_026528650v1	29
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528661v1	21
chrUn_NW_026528668v1	23
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	19
chrUn_NW_026528708v1	16
chrUn_NW_026528719v1	848
chrUn_NW_026528737v1	53
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528741v1	2
chrUn_NW_026528745v1	7
chrUn_NW_026528748v1	5
chrUn_NW_026528750v1	14
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528752v1	1
chrUn_NW_026528754v1	6
chrUn_NW_026528755v1	140
chrUn_NW_026528772v1	19
chrUn_NW_026528775v1	9
chrUn_NW_026528777v1	6
chrUn_NW_026528784v1	21
chrUn_NW_026528785v1	11
chrUn_NW_026528786v1	15
chrUn_NW_026528788v1	9
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	2
chrUn_NW_026528793v1	151
chrUn_NW_026528795v1	193
chrUn_NW_026528796v1	433
chrUn_NW_026528797v1	5758
chrUn_NW_026528798v1	1349
chrUn_NW_026528799v1	264
chrUn_NW_026528880v1	35
chrUn_NW_026528882v1	15
chrUn_NW_026528883v1	4
chrUn_NW_026528884v1	9
chrUn_NW_026528885v1	6
chrUn_NW_026528887v1	75
chrUn_NW_026528888v1	33
chrUn_NW_026528889v1	11
chrUn_NW_026528891v1	65
chrUn_NW_026528893v1	6
chrUn_NW_026528894v1	447
chrUn_NW_026528896v1	2
chrUn_NW_026528899v1	21
chrUn_NW_026528900v1	199
chrUn_NW_026528902v1	163
chrUn_NW_026528903v1	1661
chrUn_NW_026528917v1	315
chrUn_NW_026528926v1	147
chrUn_NW_026528928v1	1442
chrUn_NW_026528937v1	76
chrUn_NW_026528938v1	11
chrUn_NW_026528950v1	22
chrUn_NW_026528952v1	13
chrUn_NW_026528957v1	1382
chrUn_NW_026528960v1	316
chrUn_NW_026528975v1	308
chrUn_NW_026528984v1	45
chrUn_NW_026528985v1	10
chrUn_NW_026528986v1	2
chrUn_NW_026528987v1	8
chrUn_NW_026528988v1	125
chrUn_NW_026528989v1	22
chrUn_NW_026528992v1	1
chrUn_NW_026528994v1	3
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	36
chrUn_NW_026529007v1	557
chrUn_NW_026529008v1	6295
chrUn_NW_026529013v1	116
chrUn_NW_026529015v1	216
chrUn_NW_026529016v1	1714
chrUn_NW_026529060v1	2588
chrUn_NW_026529081v1	217
chrUn_NW_026529085v1	628
chrX	5487875
chrX_NW_026527892v1_random	494
chrX_NW_026527894v1_random	1087
chrX_NW_026527897v1_random	191
chrY	30665
chrY_NW_026527911v1_random	36
chrY_NW_026527913v1_random	141
chrY_NW_026527914v1_random	752
chrY_NW_026527915v1_random	2
chrY_NW_026527919v1_random	28
chrY_NW_026527927v1_random	8
chrY_NW_026527932v1_random	13
chrY_NW_026527938v1_random	855
chrY_NW_026527939v1_random	47
chrY_NW_026527942v1_random	8
chrY_NW_026527949v1_random	2710
chrY_NW_026527950v1_random	1632
chrY_NW_026527951v1_random	140
chrY_NW_026527955v1_random	159
chrY_NW_026527956v1_random	2065
chrY_NW_026527958v1_random	896
chrY_NW_026527960v1_random	177
chrY_NW_026527961v1_random	520
chrY_NW_026527966v1_random	10571
chrY_NW_026527967v1_random	158
chrY_NW_026527968v1_random	1317
chrY_NW_026527969v1_random	21
chrY_NW_026527980v1_random	100

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	230251814	1	5041	166.93	139

Files

Filename	Size	md5
P0046_1.gz	2.12 GB	d886c0b0c41ec89a50461c88a75896c8
P0046_1.gz.tbi	1.04 MB	1414cdcb1251f3d4d09c4de3e495741f
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	922c2df90793f93cf901ed87a8b3d7c4
statistics/