Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0047_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0047_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0047_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0047_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TCAAGGAAGTAAGTCC-P0047_1, TTAGGCTAGGGACCTC-P0047_1, CTTGCAACATTAAGTC-P0047_1, TGCCTGTTCACAGGAA-P0047_1, ACCAGGCTCGTTCACC-P0047_1 (top 5 of 1862 values)
count	int	count			[1, 1]	n 47,605,236 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	47605236
chr1	3837370
chr2	3041964
chr3	2235993
chr4	2580387
chr5	3968933
chr6	2459037
chr7	3030882
chr8	1790559
chr9	2196761
chr10	2517345
chr11	2526208
chr12	2563987
chr13	1740057
chr14	1769583
chr15	1814419
chr16	1379757
chr17	1101694
chr18	926896
chr19	1025100
chr20	1008451
chr21	684116
chr22	2162194
chrUn_NW_026528016v1	9
chrUn_NW_026528017v1	42
chrUn_NW_026528021v1	156
chrUn_NW_026528026v1	222
chrUn_NW_026528029v1	150
chrUn_NW_026528038v1	89
chrUn_NW_026528039v1	117
chrUn_NW_026528065v1	159
chrUn_NW_026528075v1	98
chrUn_NW_026528103v1	27
chrUn_NW_026528123v1	4
chrUn_NW_026528125v1	38
chrUn_NW_026528140v1	295
chrUn_NW_026528210v1	33
chrUn_NW_026528215v1	44
chrUn_NW_026528219v1	4
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	3
chrUn_NW_026528224v1	1
chrUn_NW_026528225v1	24
chrUn_NW_026528226v1	83
chrUn_NW_026528228v1	61
chrUn_NW_026528230v1	56
chrUn_NW_026528232v1	137
chrUn_NW_026528259v1	3
chrUn_NW_026528278v1	159
chrUn_NW_026528285v1	5
chrUn_NW_026528292v1	5
chrUn_NW_026528295v1	112
chrUn_NW_026528296v1	3685
chrUn_NW_026528310v1	35
chrUn_NW_026528320v1	10
chrUn_NW_026528327v1	11
chrUn_NW_026528332v1	8
chrUn_NW_026528335v1	1
chrUn_NW_026528338v1	13
chrUn_NW_026528339v1	18
chrUn_NW_026528345v1	13
chrUn_NW_026528347v1	3
chrUn_NW_026528350v1	6
chrUn_NW_026528353v1	10
chrUn_NW_026528356v1	7
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	92
chrUn_NW_026528370v1	101
chrUn_NW_026528371v1	190
chrUn_NW_026528372v1	81
chrUn_NW_026528373v1	185
chrUn_NW_026528378v1	6
chrUn_NW_026528380v1	3
chrUn_NW_026528384v1	10
chrUn_NW_026528385v1	12
chrUn_NW_026528390v1	6
chrUn_NW_026528393v1	5
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	5
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	4
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	2
chrUn_NW_026528413v1	1
chrUn_NW_026528416v1	1
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	20
chrUn_NW_026528431v1	53
chrUn_NW_026528432v1	169
chrUn_NW_026528433v1	2834
chrUn_NW_026528440v1	5
chrUn_NW_026528480v1	204
chrUn_NW_026528558v1	934
chrUn_NW_026528559v1	19
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	5
chrUn_NW_026528589v1	5
chrUn_NW_026528590v1	378
chrUn_NW_026528596v1	855
chrUn_NW_026528609v1	3
chrUn_NW_026528611v1	2
chrUn_NW_026528615v1	7
chrUn_NW_026528621v1	35
chrUn_NW_026528631v1	7
chrUn_NW_026528634v1	93
chrUn_NW_026528650v1	5
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	3
chrUn_NW_026528668v1	5
chrUn_NW_026528677v1	7
chrUn_NW_026528708v1	8
chrUn_NW_026528719v1	211
chrUn_NW_026528737v1	9
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	8
chrUn_NW_026528750v1	10
chrUn_NW_026528754v1	1
chrUn_NW_026528755v1	46
chrUn_NW_026528772v1	4
chrUn_NW_026528775v1	5
chrUn_NW_026528777v1	2
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	9
chrUn_NW_026528786v1	6
chrUn_NW_026528788v1	1
chrUn_NW_026528793v1	48
chrUn_NW_026528795v1	34
chrUn_NW_026528796v1	116
chrUn_NW_026528797v1	1525
chrUn_NW_026528798v1	282
chrUn_NW_026528799v1	43
chrUn_NW_026528880v1	9
chrUn_NW_026528882v1	4
chrUn_NW_026528884v1	4
chrUn_NW_026528885v1	2
chrUn_NW_026528887v1	15
chrUn_NW_026528888v1	11
chrUn_NW_026528889v1	5
chrUn_NW_026528891v1	9
chrUn_NW_026528893v1	3
chrUn_NW_026528894v1	172
chrUn_NW_026528899v1	7
chrUn_NW_026528900v1	41
chrUn_NW_026528902v1	54
chrUn_NW_026528903v1	227
chrUn_NW_026528917v1	79
chrUn_NW_026528926v1	61
chrUn_NW_026528928v1	503
chrUn_NW_026528937v1	33
chrUn_NW_026528938v1	6
chrUn_NW_026528950v1	8
chrUn_NW_026528952v1	5
chrUn_NW_026528957v1	539
chrUn_NW_026528960v1	51
chrUn_NW_026528975v1	105
chrUn_NW_026528984v1	7
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	34
chrUn_NW_026528989v1	9
chrUn_NW_026528996v1	10
chrUn_NW_026529007v1	156
chrUn_NW_026529008v1	1457
chrUn_NW_026529013v1	38
chrUn_NW_026529015v1	71
chrUn_NW_026529016v1	514
chrUn_NW_026529060v1	327
chrUn_NW_026529081v1	68
chrUn_NW_026529085v1	166
chrX	1194978
chrX_NW_026527892v1_random	81
chrX_NW_026527894v1_random	174
chrX_NW_026527897v1_random	26
chrY	5936
chrY_NW_026527911v1_random	2
chrY_NW_026527913v1_random	6
chrY_NW_026527914v1_random	112
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	2
chrY_NW_026527927v1_random	1
chrY_NW_026527932v1_random	4
chrY_NW_026527938v1_random	263
chrY_NW_026527939v1_random	9
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	440
chrY_NW_026527950v1_random	557
chrY_NW_026527951v1_random	48
chrY_NW_026527955v1_random	26
chrY_NW_026527956v1_random	4722
chrY_NW_026527958v1_random	2810
chrY_NW_026527960v1_random	29
chrY_NW_026527961v1_random	82
chrY_NW_026527966v1_random	13140
chrY_NW_026527967v1_random	56
chrY_NW_026527968v1_random	487
chrY_NW_026527969v1_random	1
chrY_NW_026527980v1_random	33

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	47605236	1	5040	181.28	142

Files

Filename	Size	md5
P0047_1.h5ad.gz	441.31 MB	d13819b5321d1d2195a53ff2e81d01f9
P0047_1.h5ad.gz.tbi	596.64 KB	7889876fb7757f2ffd6c25e02ba7a07a
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	0c082754dcac1f1f8e1e2f64146cd988
statistics/