Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0048_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0048_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0048_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0048_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GAGTATCTCGCTCCAT-P0048_1, AACCCGCAGGGTCTAT-P0048_1, AGACACGCAGATTCAT-P0048_1, ATTTGCGCAAGGGTTG-P0048_1, CTGTTAAAGGGTTAGA-P0048_1 (top 5 of 3429 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
169,958,626
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 169958626
chr1 13168748
chr2 11054875
chr3 7852028
chr4 9336440
chr5 14227788
chr6 8404862
chr7 11273702
chr8 6887614
chr9 8516499
chr10 9398791
chr11 9158435
chr12 9142284
chr13 6586767
chr14 6548511
chr15 6887684
chr16 4819317
chr17 3675780
chr18 3262225
chr19 3600556
chr20 3279632
chr21 2434568
chr22 6973083
chrUn_NW_026528016v1 23
chrUn_NW_026528017v1 226
chrUn_NW_026528021v1 692
chrUn_NW_026528026v1 340
chrUn_NW_026528029v1 480
chrUn_NW_026528038v1 487
chrUn_NW_026528039v1 821
chrUn_NW_026528065v1 271
chrUn_NW_026528075v1 199
chrUn_NW_026528103v1 47
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 79
chrUn_NW_026528140v1 465
chrUn_NW_026528210v1 67
chrUn_NW_026528215v1 224
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 12
chrUn_NW_026528219v1 16
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 15
chrUn_NW_026528225v1 57
chrUn_NW_026528226v1 63
chrUn_NW_026528228v1 133
chrUn_NW_026528230v1 184
chrUn_NW_026528232v1 2042
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 567
chrUn_NW_026528285v1 53
chrUn_NW_026528292v1 17
chrUn_NW_026528295v1 165
chrUn_NW_026528296v1 10914
chrUn_NW_026528310v1 78
chrUn_NW_026528320v1 25
chrUn_NW_026528327v1 7
chrUn_NW_026528332v1 11
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 24
chrUn_NW_026528339v1 29
chrUn_NW_026528345v1 13
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 22
chrUn_NW_026528356v1 25
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 171
chrUn_NW_026528370v1 146
chrUn_NW_026528371v1 836
chrUn_NW_026528372v1 222
chrUn_NW_026528373v1 686
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 17
chrUn_NW_026528385v1 36
chrUn_NW_026528390v1 36
chrUn_NW_026528393v1 14
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 10
chrUn_NW_026528412v1 17
chrUn_NW_026528413v1 11
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 56
chrUn_NW_026528431v1 246
chrUn_NW_026528432v1 395
chrUn_NW_026528433v1 2973
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 416
chrUn_NW_026528558v1 1719
chrUn_NW_026528559v1 67
chrUn_NW_026528561v1 282
chrUn_NW_026528588v1 26
chrUn_NW_026528589v1 28
chrUn_NW_026528590v1 1388
chrUn_NW_026528596v1 1874
chrUn_NW_026528609v1 24
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 25
chrUn_NW_026528621v1 65
chrUn_NW_026528631v1 403
chrUn_NW_026528634v1 151
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 10
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 7
chrUn_NW_026528719v1 542
chrUn_NW_026528737v1 76
chrUn_NW_026528739v1 20
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 21
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 123
chrUn_NW_026528772v1 20
chrUn_NW_026528775v1 13
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 28
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 60
chrUn_NW_026528795v1 49
chrUn_NW_026528796v1 138
chrUn_NW_026528797v1 1794
chrUn_NW_026528798v1 1408
chrUn_NW_026528799v1 404
chrUn_NW_026528880v1 21
chrUn_NW_026528882v1 8
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 89
chrUn_NW_026528888v1 11
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 37
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 444
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 21
chrUn_NW_026528900v1 157
chrUn_NW_026528902v1 171
chrUn_NW_026528903v1 579
chrUn_NW_026528917v1 180
chrUn_NW_026528926v1 86
chrUn_NW_026528928v1 789
chrUn_NW_026528937v1 79
chrUn_NW_026528938v1 17
chrUn_NW_026528950v1 21
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 961
chrUn_NW_026528960v1 619
chrUn_NW_026528975v1 137
chrUn_NW_026528984v1 37
chrUn_NW_026528985v1 5
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 88
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 23
chrUn_NW_026529007v1 375
chrUn_NW_026529008v1 3049
chrUn_NW_026529013v1 51
chrUn_NW_026529015v1 101
chrUn_NW_026529016v1 916
chrUn_NW_026529060v1 1954
chrUn_NW_026529081v1 402
chrUn_NW_026529085v1 1128
chrX 3336261
chrX_NW_026527892v1_random 195
chrX_NW_026527894v1_random 470
chrX_NW_026527897v1_random 80
chrY 62288
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 62
chrY_NW_026527911v1_random 207
chrY_NW_026527913v1_random 280
chrY_NW_026527914v1_random 284
chrY_NW_026527915v1_random 17
chrY_NW_026527916v1_random 89
chrY_NW_026527918v1_random 71
chrY_NW_026527919v1_random 234
chrY_NW_026527927v1_random 44
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 74
chrY_NW_026527938v1_random 414
chrY_NW_026527939v1_random 20
chrY_NW_026527942v1_random 400
chrY_NW_026527945v1_random 23
chrY_NW_026527948v1_random 49
chrY_NW_026527949v1_random 102
chrY_NW_026527950v1_random 906
chrY_NW_026527951v1_random 109
chrY_NW_026527955v1_random 170
chrY_NW_026527956v1_random 1469
chrY_NW_026527958v1_random 584
chrY_NW_026527960v1_random 71
chrY_NW_026527961v1_random 232
chrY_NW_026527966v1_random 12744
chrY_NW_026527967v1_random 245
chrY_NW_026527968v1_random 1267
chrY_NW_026527969v1_random 93
chrY_NW_026527974v1_random 61
chrY_NW_026527980v1_random 43

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 169958626 1 5037 137.92 100
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0048_1.h5ad.gz 1.54 GB e87204a555ecbd7a062bb35ed864ec7f
P0048_1.h5ad.gz.tbi 913.65 KB c3ab9e3fd44fa7ba955d2b2b875a54a6
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 8b13daa0821cf64538cec140bb36b353
statistics/